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PacBio-Sequenzierung des vollständigen 16S/18S/ITS-Amplikons
Die Amplicon (16S/18S/ITS)-Plattform wurde mit jahrelanger Erfahrung in der Analyse mikrobieller Diversitätsprojekte entwickelt und umfasst standardisierte Basisanalysen sowie personalisierte Analysen. Die Basisanalyse deckt die wichtigsten Inhalte aktueller mikrobiologischer Forschung ab, ist umfassend und detailliert, und die Ergebnisse werden in Form von Projektberichten präsentiert. Die personalisierten Analysen bieten vielfältige Möglichkeiten. Proben können ausgewählt und Parameter flexibel entsprechend dem Basisanalysebericht und dem Forschungsziel eingestellt werden, um individuelle Anforderungen zu erfüllen. Die Plattform ist mit dem Windows-Betriebssystem kompatibel und zeichnet sich durch einfache Bedienung und hohe Geschwindigkeit aus.
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PacBio-Vollständiges Transkriptom (Nicht-Referenz)
Diese App nutzt Isoform-Sequenzierungsdaten von Pacific Biosciences (PacBio) als Eingabe und kann vollständige Transkriptsequenzen (ohne Assemblierung) identifizieren. Durch das Mapping vollständiger Sequenzen auf ein Referenzgenom lassen sich Transkripte anhand bekannter Gene, Transkripte, kodierender Regionen usw. optimieren. Dadurch wird eine präzisere Identifizierung von mRNA-Strukturen, wie z. B. alternativem Spleißen, ermöglicht. Die gemeinsame Analyse mit NGS-Transkriptomsequenzierungsdaten erlaubt eine umfassendere Annotation und genauere Quantifizierung der Genexpression auf Transkriptebene, was nachfolgende Analysen der differentiellen Genexpression und der funktionellen Analyse erheblich verbessert.
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Werkzeugkästen
BMKCloud ist eine führende Bioinformatik-Plattform, die eine Komplettlösung für Genomprogramme bietet und von Forschern verschiedenster Fachrichtungen, darunter Medizin, Landwirtschaft und Umwelt, umfassend genutzt wird. BMKCloud hat sich der Bereitstellung integrierter, zuverlässiger und effizienter Dienstleistungen verschrieben, darunter Bioinformatik-Analyseplattformen und -werkzeuge, Rechenressourcen, eine öffentliche Datenbank, Online-Kurse in Bioinformatik und vieles mehr. BMKCloud verfügt über diverse häufig verwendete Bioinformatik-Werkzeuge, darunter Genannotation, Werkzeuge für die Evolutionsgenetik, ncRNA-Analyse, Datenqualitätskontrolle, Assemblierung, Alignment, Datenextraktion, Mutationsanalyse, Statistik, Grafikgenerierung, Sequenzanalyse usw.
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Kleine RNA
Kleine RNAs sind kurze, nicht-kodierende RNA-Moleküle mit einer durchschnittlichen Länge von 18–30 Nukleotiden. Zu ihnen gehören miRNA, siRNA und piRNA. Es ist vielfach belegt, dass diese kleinen RNAs an verschiedenen biologischen Prozessen wie dem mRNA-Abbau, der Translationshemmung und der Heterochromatinbildung beteiligt sind. Die Sequenzanalyse kleiner RNAs findet breite Anwendung in der Forschung zu Tier- und Pflanzenentwicklung, Krankheiten, Viren usw. Die Analyseplattform für kleine RNAs umfasst Standardanalysen und fortgeschrittene Datenanalyse. Basierend auf RNA-Seq-Daten ermöglicht die Standardanalyse die Identifizierung und Vorhersage von miRNAs und miRNA-Zielgenen sowie deren Annotation und Expressionsanalyse. Die fortgeschrittene Analyse erlaubt die benutzerdefinierte Suche und Extraktion von miRNAs, die Erstellung von Venn-Diagrammen und den Aufbau von miRNA- und Zielgennetzwerken.
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NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS ist eine Plattform zur Analyse der vollständigen Genom-Resequenzierung, die auf umfassender Erfahrung im Bereich Biomarker-Technologien basiert. Diese benutzerfreundliche Plattform ermöglicht die schnelle Durchführung eines integrierten Analyse-Workflows durch die einfache Festlegung weniger grundlegender Parameter und eignet sich für DNA-Sequenzierungsdaten, die sowohl von Illumina- als auch von BGI-Sequenzierungsplattformen generiert wurden. Die Plattform wird auf einem Hochleistungsrechner bereitgestellt, was eine hocheffiziente Datenanalyse in kürzester Zeit ermöglicht. Personalisierte Datenanalysen sind auf Basis von Standardanalysen möglich, darunter die Suche nach mutierten Genen, das Design von PCR-Primern usw.
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mRNA (Referenz)
Das Transkriptom bildet die Verbindung zwischen genomischer Information und dem Proteom biologischer Funktionen. Die Regulation der Transkription ist der wichtigste und am besten untersuchte Regulationsmechanismus von Organismen. Die Transkriptomsequenzierung ermöglicht die Sequenzierung des Transkriptoms zu jedem Zeitpunkt und unter allen Bedingungen mit einer Auflösung bis auf ein einzelnes Nukleotid. Sie kann die Gentranskription dynamisch abbilden, seltene und häufige Transkripte gleichzeitig identifizieren und quantifizieren sowie Strukturinformationen probenspezifischer Transkripte liefern.
Die Transkriptomsequenzierungstechnologie wird heutzutage in der Agronomie, Medizin und anderen Forschungsbereichen breit eingesetzt, unter anderem zur Entwicklungsregulation von Tieren und Pflanzen, zur Anpassung an die Umwelt, zur Immuninteraktion, zur Genlokalisierung, zur genetischen Evolution von Arten sowie zur Erkennung von Tumoren und genetischen Erkrankungen.
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Metagenomik (NGS)
Diese Analyseplattform wurde auf Basis jahrelanger Erfahrung für die Shotgun-Metagenomdatenanalyse entwickelt. Sie umfasst einen integrierten Workflow mit verschiedenen gängigen Metagenomanalysen, darunter Datenverarbeitung, Studien auf Spezies- und Genfunktionsebene, Metagenom-Binning usw. Zusätzlich stehen auf Basis des Standard-Analyse-Workflows benutzerdefinierte Data-Mining-Tools zur Verfügung, wie z. B. Gen- und Speziesabfragen, Parametereinstellungen und die Erstellung personalisierter Grafiken.
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LncRNA
Lange nicht-kodierende RNAs (lncRNAs) sind Transkripte mit einer Länge von über 200 Nukleotiden, die keine Proteine kodieren können. Zahlreiche Studien deuten darauf hin, dass die meisten lncRNAs wahrscheinlich funktionell sind. Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologien und bioinformatische Analysetools ermöglichen es uns, lncRNA-Sequenzen und Positionsinformationen effizienter zu ermitteln und lncRNAs mit wichtigen regulatorischen Funktionen zu entdecken. BMKCloud bietet seinen Kunden eine Plattform zur lncRNA-Sequenzanalyse für schnelle, zuverlässige und flexible Analysen.
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GWAS
Genomweite Assoziationsstudien (GWAS) zielen darauf ab, genetische Varianten (Genotypen) zu identifizieren, die mit spezifischen Merkmalen (Phänotypen) assoziiert sind. GWAS untersuchen genetische Marker im gesamten Genom einer großen Anzahl von Individuen und sagen Genotyp-Phänotyp-Assoziationen mittels statistischer Analyse auf Populationsebene voraus. Die vollständige Genom-Resequenzierung kann potenziell alle genetischen Varianten aufdecken. In Kombination mit phänotypischen Daten können GWAS zur Identifizierung phänotypbezogener SNPs, QTLs und Kandidatengene genutzt werden, was die moderne Tier- und Pflanzenzüchtung maßgeblich unterstützt. SLAF ist eine selbstentwickelte, vereinfachte Genomsequenzierungsstrategie, die genomweit verteilte Marker (SNPs) identifiziert. Diese SNPs können als molekulargenetische Marker für Assoziationsstudien mit den Zielmerkmalen verwendet werden. Es handelt sich um eine kosteneffiziente Strategie zur Identifizierung komplexer Merkmale und deren Assoziation mit genetischen Variationen.
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Nanopore-Vollständige Transkriptomik
Komplexe und variable alternative Isoformen in Organismen sind wichtige genetische Mechanismen zur Regulation der Genexpression und der Proteindiversität. Die präzise Identifizierung von Transkriptstrukturen ist die Grundlage für die detaillierte Untersuchung von Genexpressionsregulationsmustern. Die Nanoporen-Sequenzierungsplattform hat die Transkriptomforschung erfolgreich bis auf Isoformebene ermöglicht. Diese Analyseplattform dient der Auswertung von RNA-Seq-Daten, die auf der Nanoporen-Plattform anhand eines Referenzgenoms generiert wurden, und ermöglicht so qualitative und quantitative Analysen sowohl auf Gen- als auch auf Transkriptebene.
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circ-RNA
Zirkuläre RNA (circRNA) ist eine Art nicht-kodierender RNA, die, wie kürzlich entdeckt wurde, eine wichtige Rolle in regulatorischen Netzwerken spielt, die an Entwicklungsprozessen, Umweltresistenz usw. beteiligt sind. Im Gegensatz zu linearen RNA-Molekülen wie mRNA und lncRNA sind die 3′- und 5′-Enden der circRNA miteinander verbunden und bilden eine ringförmige Struktur. Dies schützt sie vor dem Abbau durch Exonukleasen und macht sie stabiler als die meisten linearen RNA-Moleküle. CircRNA besitzt vielfältige Funktionen bei der Regulation der Genexpression. Sie kann als kompetitive endogene RNA (ceRNA) fungieren, die miRNA kompetitiv bindet und somit als miRNA-Schwamm bekannt ist. Die Sequenzierungsanalyseplattform für circRNA ermöglicht die Analyse von circRNA-Struktur und -Expression, die Vorhersage von Zielgenen sowie die gemeinsame Analyse mit anderen RNA-Molekülen.
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BSA
Die Plattform für die Bulked Segregant Analysis (BSA) umfasst eine Standardanalyse in einem Schritt sowie eine erweiterte Analyse mit individuell anpassbaren Parametereinstellungen. BSA ist eine Technik zur schnellen Identifizierung phänotypassoziierter genetischer Marker. Der Hauptworkflow von BSA beinhaltet: 1. Auswahl zweier Gruppen von Individuen mit extrem gegensätzlichen Phänotypen; 2. Zusammenführen der DNA, RNA oder SLAF-Seq-Daten (entwickelt von Biomarker) aller Individuen zu zwei DNA-Proben; 3. Identifizierung differentieller Sequenzen im Vergleich zum Referenzgenom oder dazwischen; 4. Vorhersage potenziell verknüpfter Regionen mithilfe von ED- und SNP-Index-Algorithmen; 5. Funktionelle Analyse und Anreicherung von Genen in den Kandidatenregionen usw. Weiterführende Datenanalysen, einschließlich genetischem Marker-Screening und Primerdesign, sind ebenfalls verfügbar.
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Amplicon (16S/18S/ITS)
Die Amplicon (16S/18S/ITS)-Plattform wurde mit jahrelanger Erfahrung in der Analyse mikrobieller Diversitätsprojekte entwickelt und umfasst standardisierte Basisanalysen sowie personalisierte Analysen. Die Basisanalyse deckt die wichtigsten Inhalte aktueller mikrobiologischer Forschung ab, ist umfassend und detailliert, und die Ergebnisse werden in Form von Projektberichten präsentiert. Die personalisierten Analysen bieten vielfältige Möglichkeiten. Proben können ausgewählt und Parameter flexibel entsprechend dem Basisanalysebericht und dem Forschungsziel eingestellt werden, um individuelle Anforderungen zu erfüllen. Die Plattform ist mit dem Windows-Betriebssystem kompatibel und zeichnet sich durch einfache Bedienung und hohe Geschwindigkeit aus.
