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Chromatin-Immunpräzipitationssequenzierung (ChIP-seq)
ChIP-Seq ermöglicht die genomweite Profilierung von DNA-Zielen für Histonmodifikationen, Transkriptionsfaktoren und andere DNA-assoziierte Proteine.Es kombiniert die Selektivität der Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP) zur Gewinnung spezifischer Protein-DNA-Komplexe mit der Leistungsfähigkeit des Next-Generation-Sequencing (NGS) zur Hochdurchsatzsequenzierung der gewonnenen DNA.Da die Protein-DNA-Komplexe außerdem aus lebenden Zellen gewonnen werden, können Bindungsstellen in verschiedenen Zelltypen und Geweben oder unter verschiedenen Bedingungen verglichen werden.Die Anwendungen reichen von der Transkriptionsregulation über Entwicklungspfade bis hin zu Krankheitsmechanismen und darüber hinaus.
Plattform: Illumina NovaSeq-Plattform
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Bisulfit-Sequenzierung des gesamten Genoms
Die DNA-Methylierung an der fünften Position in Cytosin (5-mC) hat einen grundlegenden Einfluss auf die Genexpression und die Zellaktivität.Abnormale Methylierungsmuster wurden mit verschiedenen Erkrankungen und Erkrankungen in Verbindung gebracht, beispielsweise mit Krebs.WGBS hat sich zum Goldstandard für die Untersuchung der genomweiten Methylierung mit Einzelbasenauflösung entwickelt.
Plattform: Illumina NovaSeq-Plattform
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Assay für Transposase-zugängliches Chromatin mit Hochdurchsatzsequenzierung (ATAC-seq)
ATAC-seq ist eine Hochdurchsatz-Sequenzierungsmethode zur Analyse der genomweiten Zugänglichkeit von Chromatin, die für die globale epigenetische Kontrolle der Genexpression wichtig ist.Sequenzierungsadapter werden durch hyperaktive Tn5-Transposase in offene Chromatinregionen eingefügt.Nach der PCR-Amplifikation wird eine Sequenzierungsbibliothek erstellt.Alle offenen Chromatinregionen können unter bestimmten Raum-Zeit-Bedingungen erhalten werden und sind nicht nur auf die Bindungsstellen eines Transkriptionsfaktors oder eine bestimmte Histon-modifizierte Region beschränkt.
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Bisulfit-Sequenzierung mit reduzierter Repräsentation (RRBS)
Die DNA-Methylierungsforschung war schon immer ein heißes Thema in der Krankheitsforschung und steht in engem Zusammenhang mit der Genexpression und phänotypischen Merkmalen.RRBS ist eine genaue, effiziente und wirtschaftliche Methode zur DNA-Methylierungsforschung.Die Anreicherung von Promotor- und CpG-Inselregionen durch enzymatische Spaltung (Msp I) in Kombination mit Bisulfit-Sequenzierung ermöglicht einen hochauflösenden Nachweis der DNA-Methylierung.
Plattform: Illumina NovaSeq-Plattform
