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Chromatin-Immunpräzipitationssequenzierung (ChIP-seq)
ChIP-Seq ermöglicht die genomweite Profilierung von DNA-Zielen für Histonmodifikationen, Transkriptionsfaktoren und andere DNA-assoziierte Proteine.Es kombiniert die Selektivität der Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP) zur Gewinnung spezifischer Protein-DNA-Komplexe mit der Leistungsfähigkeit des Next-Generation-Sequencing (NGS) zur Hochdurchsatzsequenzierung der gewonnenen DNA.Da die Protein-DNA-Komplexe außerdem aus lebenden Zellen gewonnen werden, können Bindungsstellen in verschiedenen Zelltypen und Geweben oder unter verschiedenen Bedingungen verglichen werden.Die Anwendungen reichen von der Transkriptionsregulation über Entwicklungspfade bis hin zu Krankheitsmechanismen und darüber hinaus.
Plattform: Illumina NovaSeq-Plattform
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Metagenomische Sequenzierung – NGS
Metagenom bezieht sich auf eine Sammlung des gesamten genetischen Materials einer gemischten Organismengemeinschaft, wie z. B. Umweltmetagenom, menschliches Metagenom usw. Es enthält Genome sowohl kultivierbarer als auch nicht kultivierbarer Mikroorganismen.Die metagenomische Sequenzierung ist ein molekulares Werkzeug zur Analyse gemischter genomischer Materialien, die aus Umweltproben extrahiert wurden und detaillierte Informationen zur Artenvielfalt und -häufigkeit, zur Populationsstruktur, zur phylogenetischen Beziehung, zu funktionellen Genen und zum Korrelationsnetzwerk mit Umweltfaktoren liefern.
Plattform:Illumina NovaSeq-Plattform
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Metagenomische Sequenzierung – Nanopore
Metagenomik ist ein molekulares Tool zur Analyse gemischter genomischer Materialien, die aus Umweltproben extrahiert wurden und detaillierte Informationen zu Artenvielfalt und -häufigkeit, Populationsstruktur, phylogenetischer Beziehung, funktionellen Genen und Korrelationsnetzwerken mit Umweltfaktoren usw. liefern. Kürzlich wurden Nanoporen-Sequenzierungsplattformen eingeführt zu metagenomischen Studien.Seine herausragende Leistung bei der Leselänge verbesserte die nachgelagerte metagenomische Analyse, insbesondere die Metagenomassemblierung, erheblich.Unter Nutzung der Vorteile der Leselänge ist die auf Nanoporen basierende Metagenomikstudie im Vergleich zur Schrotflinten-Metagenomik in der Lage, eine kontinuierlichere Assemblierung zu erreichen.Es wurde veröffentlicht, dass die auf Nanoporen basierende Metagenomik erfolgreich vollständige und geschlossene Bakteriengenome aus Mikrobiomen generierte (Moss, EL, et. al,Naturbiotechnologie, 2020)
Plattform:Nanopore PromethION P48
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Bisulfit-Sequenzierung des gesamten Genoms
Die DNA-Methylierung an der fünften Position in Cytosin (5-mC) hat einen grundlegenden Einfluss auf die Genexpression und die Zellaktivität.Abnormale Methylierungsmuster wurden mit verschiedenen Erkrankungen und Erkrankungen in Verbindung gebracht, beispielsweise mit Krebs.WGBS hat sich zum Goldstandard für die Untersuchung der genomweiten Methylierung mit Einzelbasenauflösung entwickelt.
Plattform: Illumina NovaSeq-Plattform
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Assay für Transposase-zugängliches Chromatin mit Hochdurchsatzsequenzierung (ATAC-seq)
ATAC-seq ist eine Hochdurchsatz-Sequenzierungsmethode zur Analyse der genomweiten Zugänglichkeit von Chromatin, die für die globale epigenetische Kontrolle der Genexpression wichtig ist.Sequenzierungsadapter werden durch hyperaktive Tn5-Transposase in offene Chromatinregionen eingefügt.Nach der PCR-Amplifikation wird eine Sequenzierungsbibliothek erstellt.Alle offenen Chromatinregionen können unter bestimmten Raum-Zeit-Bedingungen erhalten werden und sind nicht nur auf die Bindungsstellen eines Transkriptionsfaktors oder eine bestimmte Histon-modifizierte Region beschränkt.
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16S/18S/ITS-Amplikonsequenzierung-PacBio
Die Untereinheit der 16S- und 18S-rRNA, die sowohl hochkonservierte als auch hypervariable Regionen enthält, ist ein perfekter molekularer Fingerabdruck für die Identifizierung prokaryotischer und eukaryotischer Organismen.Durch die Nutzung der Sequenzierung können diese Amplikons auf der Grundlage der konservierten Teile gezielt angesteuert werden und die hypervariablen Regionen können zur mikrobiellen Identifizierung vollständig charakterisiert werden, was zu Studien beiträgt, die die Analyse der mikrobiellen Diversität, Taxonomie, Phylogenie usw. abdecken. Einzelmolekül-Echtzeit (SMRT). ) Die Sequenzierung der PacBio-Plattform ermöglicht das Erhalten hochpräziser langer Lesevorgänge, die Amplifikate voller Länge (ca. 1,5 Kb) abdecken könnten.Die erweiterte Sicht auf das genetische Feld verbesserte die Auflösung bei der Artenanmerkung in Bakterien- oder Pilzgemeinschaften erheblich.
Plattform:PacBio Fortsetzung II
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16S/18S/ITS-Amplikon-Sequenzierung-NGS
Die 16S/18S/ITS-Amplikonsequenzierung zielt darauf ab, Phylogenie, Taxonomie und Artenhäufigkeit in einer mikrobiellen Gemeinschaft aufzudecken, indem PCR-Produkte von Housekeeping-Genmarkern untersucht werden, die sowohl hochkonversierte als auch hypervariable Teile enthalten.Die Einführung dieses perfekten molekularen Fingerabdrucks durch Woeses et al. (1977) ermöglicht eine isolationsfreie Mikrobiom-Profilierung.Die Sequenzierung von 16S (Bakterien), 18S (Pilze) und internen transkribierten Spacern (ITS, Pilze) ermöglicht die Identifizierung sowohl häufiger Arten als auch seltener und nicht identifizierter Arten.Diese Technologie hat sich zu einem weit verbreiteten und wichtigen Instrument zur Identifizierung der unterschiedlichen mikrobiellen Zusammensetzung in verschiedenen Umgebungen entwickelt, beispielsweise im menschlichen Mund, im Darm, im Kot usw.
Plattform:Illumina NovaSeq-Plattform
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Neusequenzierung des gesamten Genoms von Bakterien und Pilzen
Die Neusequenzierung des Gesamtgenoms von Bakterien und Pilzen ist ein wichtiges Instrument zur Vervollständigung der Genome bekannter Bakterien und Pilze sowie zum Vergleich mehrerer Genome oder zur Kartierung der Genome neuer Organismen.Es ist von großer Bedeutung, komplette Genome von Bakterien und Pilzen zu sequenzieren, um genaue Referenzgenome zu erstellen, mikrobielle Identifizierung und andere vergleichende Genomstudien durchzuführen.
Plattform:Illumina NovaSeq-Plattform
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PacBio – 16S/18S/ITS-Amplikonsequenzierung in voller Länge
Die Amplicon-Plattform (16S/18S/ITS) wurde mit jahrelanger Erfahrung in der Projektanalyse der mikrobiellen Diversität entwickelt und umfasst standardisierte Basisanalysen und personalisierte Analysen: Die Basisanalyse deckt den Mainstream-Analyseinhalt der aktuellen mikrobiellen Forschung ab, der Analyseinhalt ist reichhaltig und umfassend. und Analyseergebnisse werden in Form von Projektberichten präsentiert;Die Inhalte der personalisierten Analyse sind vielfältig.Je nach grundlegendem Analysebericht und Forschungszweck können Proben ausgewählt und Parameter flexibel eingestellt werden, um individuelle Anforderungen zu erfüllen.Windows-Betriebssystem, einfach und schnell.
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PacBio-Transkriptom in voller Länge (keine Referenz)
Mithilfe der Isoform-Sequenzierungsdaten von Pacific Biosciences (PacBio) als Eingabe ist diese App in der Lage, Transkriptsequenzen in voller Länge (ohne Assemblierung) zu identifizieren.Durch die Kartierung von Sequenzen voller Länge gegen das Referenzgenom können Transkripte durch bekannte Gene, Transkripte, kodierende Regionen usw. optimiert werden. In diesem Fall kann eine genauere Identifizierung von mRNA-Strukturen, wie z. B. alternatives Spleißen usw., erreicht werden.Die gemeinsame Analyse mit NGS-Transkriptomsequenzierungsdaten ermöglicht eine umfassendere Annotation und eine genauere Quantifizierung der Expression auf Transkriptebene, was der nachgelagerten differenziellen Expression und Funktionsanalyse weitgehend zugute kommt.
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Bisulfit-Sequenzierung mit reduzierter Repräsentation (RRBS)
Die DNA-Methylierungsforschung war schon immer ein heißes Thema in der Krankheitsforschung und steht in engem Zusammenhang mit der Genexpression und phänotypischen Merkmalen.RRBS ist eine genaue, effiziente und wirtschaftliche Methode zur DNA-Methylierungsforschung.Die Anreicherung von Promotor- und CpG-Inselregionen durch enzymatische Spaltung (Msp I) in Kombination mit Bisulfit-Sequenzierung ermöglicht einen hochauflösenden Nachweis der DNA-Methylierung.
Plattform: Illumina NovaSeq-Plattform
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Prokaryotische mRNA-Sequenzierung
Die mRNA-Sequenzierung ermöglicht die umfassende Profilierung aller mRNA-Transkripte in Zellen unter bestimmten Bedingungen.Diese hochmoderne Technologie dient als wirksames Werkzeug und enthüllt komplexe Genexpressionsprofile, Genstrukturen und molekulare Mechanismen, die mit verschiedenen biologischen Prozessen verbunden sind.Die mRNA-Sequenzierung ist in der Grundlagenforschung, der klinischen Diagnostik und der Arzneimittelentwicklung weit verbreitet und bietet Einblicke in die Feinheiten der Zelldynamik und der genetischen Regulation.Unsere prokaryotische mRNA-Probenverarbeitung ist auf prokaryotische Transkriptome zugeschnitten und umfasst die rRNA-Depletion und die gerichtete Bibliotheksvorbereitung.
Plattform: Illumina NovaSeq X
