Kleine RNA-Sequenzierung – Illumina
Merkmale
● Vorbereitung der Größenauswahlbibliothek.
● Bioinformatische Analyse mit Schwerpunkt auf miRNA-Vorhersage und -Zielen.
Servicevorteile
●Umfangreiches Fachwissen: Wir haben über 300 Proben unterschiedlichster Art verarbeitet. Wir bringen unser umfangreiches Fachwissen in jedes Projekt ein.
●Strenge Qualitätskontrolle: Wir implementieren zentrale Kontrollpunkte in allen Phasen, von der Probenvorbereitung über die Bibliotheksvorbereitung bis hin zur Sequenzierung und Bioinformatik. Unsere sorgfältige Überwachung gewährleistet die Bereitstellung gleichbleibend hochwertiger Ergebnisse.
●Umfassende bioinformatische Analyse:Es ermöglicht die Identifizierung sowohl bekannter als auch neuer miRNAs, die Identifizierung von miRNA-Zielen und die entsprechende funktionelle Annotation und Anreicherung mit mehreren Datenbanken (KEGG, GO).
●Post-Sales-Support: Wir wissen, wie wichtig es ist, präsent zu sein. Deshalb bieten wir Ihnen auch nach Projektabschluss einen dreimonatigen Kundendienst. Während dieser Zeit bieten wir Projektnachverfolgung, Unterstützung bei der Fehlerbehebung und Q&A-Sitzungen für alle Fragen zu den Ergebnissen.
Probenanforderungen und -lieferung
| Bibliothek | Plattform | Empfohlene Daten | Datenqualitätskontrolle |
| Ausgewählte Größe | Illumina SE50 | 10–20 Mio. Lesevorgänge | Q30 ≥ 85 % |
Probenanforderungen:
Nukleotide:
| Konz. (ng/μl) | Menge (μg) | Reinheit | Integrität |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | AD260/280=1,7-2,5 AD260/230=0,5-2,5 Auf dem Gel ist nur eine begrenzte oder keine Protein- oder DNA-Kontamination erkennbar. | RIN≥6,0; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; begrenzte oder keine Grundlinienerhöhung |
● Pflanzen:
Wurzel, Stängel oder Blütenblatt: 450 mg
Blatt oder Samen: 300 mg
Frucht: 1,2 g
● Tier:
Herz oder Darm: 450 mg
Eingeweide oder Gehirn: 240 mg
Muskeln: 600 mg
Knochen, Haare oder Haut: 1,5 g
● Arthropoden:
Insekten: 9 g
Krebstiere: 450 mg
● Vollblut: 2 Röhren
● Zellen: 106 Zellen
● Serum und Plasma:6 ml
Empfohlene Probenlieferung
Behälter: 2 ml Zentrifugenröhrchen (Alufolie wird nicht empfohlen)
Probenbeschriftung: Gruppieren + replizieren, z. B. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lieferung:
1. Trockeneis: Proben müssen in Beutel verpackt und in Trockeneis vergraben werden.
2. RNAstable-Röhrchen: RNA-Proben können in RNA-Stabilisierungsröhrchen (z. B. RNAstable®) getrocknet und bei Raumtemperatur versendet werden.
Service-Workflow
Versuchsaufbau
Musterlieferung
RNA-Extraktion
Bibliotheksbau
Sequenzierung
Datenanalyse
Kundendienst
Bioinformatik
● Qualitätskontrolle der Rohdaten
● Kleine RNA-Klassifizierung
● miRNA-Expression und differentielle Expressionsanalyse
● miRNA-Zielgen und Annotation des differentiell exprimierten miRNA-Zielgens
● Zielgen-Annotation und Anreicherung differentiell exprimierter miRNA-Genfunktionen
Identifizierung von miRNA: Struktur und Tiefe
Differenzielle Expression von miRNA – hierarchische Clusterung
Funktionelle Annotation des Ziels differentiell exprimierter miRNAs
Erkunden Sie die Forschungsfortschritte, die durch die sRNA-Sequenzierungsdienste von BMKGene ermöglicht werden, anhand einer kuratierten Sammlung von Veröffentlichungen.
Chen, H. et al. (2023) „Virale Infektionen hemmen die Saponinbiosynthese und Photosynthese in Panax notoginseng“,Pflanzenphysiologie und -biochemie, 203, S. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) „Das pflanzliche FYVE-Domänen-haltige Protein FREE1 assoziiert mit Mikroprozessorkomponenten, um die miRNA-Biogenese zu unterdrücken“,EMBO-Berichte, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) „Die MicroRNA Ame-Bantam-3p steuert die Larven-Puppen-Entwicklung, indem sie das Gen für multiple epidermale Wachstumsfaktor-ähnliche Domänen 8 (megf8) in der Honigbiene, Apis mellifera, angreift“,Internationale Zeitschrift für Molekularwissenschaften, 24(6), S. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) „Integrierte Analyse von MiRNA und Genen, die mit der Fleischqualität in Zusammenhang stehen, zeigt, dass Gga-MiR-140-5p die intramuskuläre Fettablagerung bei Hühnern beeinflusst“,Zellphysiologie und Biochemie, 46(6), S. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
