Spezifische Locus-amplifizierte Fragmentsequenzierung (SLAF-Seq)
Workflow
Der Dienst verfügt über einige Vorentwürfe in silico, um die optimale Enzymauswahl bei der Vorbereitung der Bibliothek zu gewährleisten.
Technisches Schema
Servicefunktionen
● Sequenzierung auf NovaSeq mit PE150.
● Bibliotheksvorbereitung mit doppelter Barcode-Erstellung, die das Zusammenfassen von über 1.000 Proben ermöglicht.
● Unabhängig vom Referenzgenom:
Mit Referenzgenom: SNP- und InDel-Entdeckung
Ohne Referenzgenom: Probenclustering und SNP-Entdeckung
● ImIn-SilicoIn der Vorentwurfsphase werden mehrere Restriktionsenzymkombinationen gescreent, um diejenigen zu finden, die eine gleichmäßige Verteilung der SLAF-Tags entlang des Genoms erzeugen.
● Während des Vorexperiments werden drei Enzymkombinationen in drei Proben getestet, um neun SLAF-Bibliotheken zu erstellen. Diese Informationen werden verwendet, um die optimale Restriktionsenzymkombination für das Projekt auszuwählen.
Servicevorteile
●Entdeckung hochgradiger genetischer Marker: Wir integrieren ein Hochdurchsatz-Doppelbarcodesystem, das die gleichzeitige Sequenzierung großer Populationen ermöglicht, und eine locusspezifische Amplifikation, die die Effizienz steigert und sicherstellt, dass die Tag-Nummern den vielfältigen Anforderungen verschiedener Forschungsfragen gerecht werden.
● Geringe Abhängigkeit vom Genom: Es kann auf Arten mit oder ohne Referenzgenom angewendet werden.
●Flexibles Schemadesign: Je nach Forschungszielen oder Spezies können Einzelenzym-, Doppelenzym- und Multienzymverdauung sowie verschiedene Enzymtypen ausgewählt werden.
● Hohe Effizienz bei der enzymatischen Verdauung: Die Durchführung einerIn-SilicoVorentwurf und Vorexperiment gewährleisten einen optimalen Entwurf mit gleichmäßiger Verteilung der SLAF-Tags auf dem Chromosom (1 SLAF-Tag/4 Kb) und reduzierter repetitiver Sequenz (<5 %).
●Umfangreiches Fachwissen: Wir bringen einen großen Erfahrungsschatz in jedes Projekt ein und können auf eine Erfolgsbilanz von über 5.000 abgeschlossenen SLAF-Seq-Projekten an Hunderten von Arten zurückblicken, darunter Pflanzen, Säugetiere, Vögel, Insekten und Wasserorganismen.
● Selbst entwickelter bioinformatischer Workflow: Wir haben einen integrierten bioinformatischen Workflow für SLAF-Seq entwickelt, um die Zuverlässigkeit und Genauigkeit der endgültigen Ausgabe sicherzustellen.
Leistungsbeschreibung
| Art der Analyse | Empfohlene Bevölkerungsskala | Sequenzierungsstrategie | |
| Tiefe der Tag-Sequenzierung | Tag-Nummer | ||
| Genetische Karten | 2 Eltern und >150 Nachkommen | Eltern: 20x WGS Nachkommen: 10x | Genomgröße: <400 MB: WGS wird empfohlen <1 GB: 100.000 Tags 1–2 GB:: 200.000 Tags >2 GB: 300.000 Tags Max. 500.000 Tags |
| Genomweite Assoziationsstudien (GWAS) | ≥200 Proben | 10x | |
| Genetische Evolution | ≥30 Proben, mit >10 Proben aus jeder Untergruppe | 10x | |
Serviceanforderungen
Konzentration ≥ 5 ng/µL
Gesamtmenge ≥ 80 ng
Nanotropfen OD260/280=1,6-2,5
Agarosegel: keine oder begrenzte Zersetzung oder Kontamination
Empfohlene Probenlieferung
Behälter: 2 ml Zentrifugenröhrchen
(Für die meisten Proben empfehlen wir, sie nicht in Ethanol aufzubewahren.)
Probenbeschriftung: Proben müssen deutlich beschriftet sein und mit dem eingereichten Probeninformationsformular übereinstimmen.
Versand: Trockeneis: Proben müssen zuerst in Beutel verpackt und in Trockeneis vergraben werden.
Service-Workflow
Proben-Qualitätskontrolle
Pilotversuch
SLAF-Experiment
Bibliotheksvorbereitung
Sequenzierung
Datenanalyse
Kundendienst
Unsere bioinformatische Analyse umfasst:
Daten-Qualitätskontrolle und Datentrimmung zum Entfernen von N-reichen Reads, Adapter-Reads oder Reads geringer Qualität.
Eine zweite Qualitätskontrolle der Clean Reads zur Überprüfung der Basenverteilung, Sequenzqualität und Datenbewertung, aber auch zur Überprüfung der Verdauungseffizienz und der erhaltenen Inserts.
Sobald die Lesevorgänge überprüft wurden, gibt es zwei Optionen:
- Zuordnung zum Referenzgenom
- Ohne Referenzgenom: Clustering
Anschließend wird die Analyse der SLAF-Tags verwendet, um einige Variantenaufrufe durchzuführen, die bei der Markererkennung helfen: SNP, InDel, SNV, CV-Aufruf und Annotation
Verteilung der SLAF-Tags auf Chromosomen:
Verteilung der SNPs auf Chromosomen:
SNP-Annotation
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Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Die Identifizierung von st1 zeigt eine Selektion, die eine Übertragung der Samenmorphologie und des Ölgehalts während der Domestizierung der Sojabohne beinhaltet.Zeitschrift für Pflanzenbiotechnologie, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
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| Jahr | Zeitschrift | IF | Titel | Anwendungen |
| 2022 | Naturkommunikation | 17.694 | Genomische Grundlagen der Gigachromosomen und des Gigagenoms der Strauchpfingstrose Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Neuer Phytologe | 7.433 | Domestizierungs-Fußabdrücke verankern genomische Regionen von agronomischer Bedeutung in Sojabohnen | SLAF-GWAS |
| 2022 | Zeitschrift für fortgeschrittene Forschung | 12.822 | Genomweite künstliche Introgressionen von Gossypium barbadense in G. hirsutum Aufdeckung überlegener Loci zur gleichzeitigen Verbesserung der Baumwollfaserqualität und des Ertrags Eigenschaften | SLAF-Evolutionäre Genetik |
| 2019 | Molekulare Pflanze | 10,81 | Populationsgenomanalyse und De-Novo-Assemblierung enthüllen den Ursprung von Weedy Reis als evolutionäres Spiel | SLAF-Evolutionäre Genetik |
| 2019 | Naturgenetik | 31.616 | Genomsequenz und genetische Vielfalt des Karpfens, Cyprinus carpio | SLAF-Verknüpfungskarte |
| 2014 | Naturgenetik | 25.455 | Das Genom der Kulturerdnuss gibt Einblick in Leguminosen-Karyotypen, polyploide Evolution und Domestizierung von Nutzpflanzen. | SLAF-Verknüpfungskarte |
| 2022 | Zeitschrift für Pflanzenbiotechnologie | 9.803 | Die Identifizierung von ST1 zeigt eine Selektion, die auf dem Trampen der Samenmorphologie beruht und Ölgehalt während der Sojabohnendomestizierung | SLAF-Marker-Entwicklung |
| 2022 | Internationale Zeitschrift für Molekularwissenschaften | 6.208 | Identifizierung und DNA-Marker-Entwicklung für einen Weizen-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomische Chromosomensubstitution | SLAF-Marker-Entwicklung |
| Jahr | Zeitschrift | IF | Titel | Anwendungen |
| 2023 | Grenzen der Pflanzenwissenschaft | 6.735 | QTL-Kartierung und Transkriptomanalyse des Zuckergehalts während der Fruchtreife von Pyrus pyrifolia | Genetische Karte |
| 2022 | Zeitschrift für Pflanzenbiotechnologie | 8.154 | Die Identifizierung von ST1 zeigt eine Selektion, die eine Übertragung der Samenmorphologie und des Ölgehalts während der Domestizierung der Sojabohne beinhaltet
| SNP-Aufruf |
| 2022 | Grenzen der Pflanzenwissenschaft | 6.623 | Genomweite Assoziationskartierung von Hulless Barely-Phänotypen in Dürreumgebungen.
| GWAS |
