Μαζική Segregant ανάλυση
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
Takagi et al., The plant journal, 2013
● Ακριβής εντοπισμός: Ανάμειξη όγκου με 30+30 έως 200+200 άτομα για ελαχιστοποίηση του θορύβου περιβάλλοντος.πρόβλεψη υποψήφιας περιοχής βάσει μη συνώνυμων μεταλλαγμένων.
● Ολοκληρωμένη ανάλυση: Σε βάθος σχολιασμός λειτουργίας υποψηφίου γονιδίου, συμπεριλαμβανομένων των NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG κ.λπ.
● Ταχύτερος χρόνος διεκπεραίωσης: Ταχύς εντοπισμός γονιδίων εντός 45 εργάσιμων ημερών.
● Εκτεταμένη εμπειρία: Το BMK έχει συμβάλει στον εντοπισμό χιλιάδων χαρακτηριστικών, καλύπτοντας διάφορα είδη όπως καλλιέργειες, υδρόβια προϊόντα, δάση, λουλούδια, φρούτα κ.λπ.
Προδιαγραφές Υπηρεσίας
Πληθυσμός:
Διαχωρισμός απογόνων γονέων με αντίθετους φαινότυπους.
π.χ. απόγονοι F2, Backcrossing (BC), Recombinant inbred line (RIL)
Πισίνα ανάμειξης
Για ποιοτικά χαρακτηριστικά: 30 έως 50 άτομα (τουλάχιστον 20)/χύμα
Για ποσοτικά τράτα: 5% έως 10% άτομα με ακραίους φαινότυπους σε ολόκληρο τον πληθυσμό (τουλάχιστον 30+30).
Συνιστώμενο βάθος αλληλουχίας
Τουλάχιστον 20Χ/γονέας και 1Χ/άτομο απόγονο (π.χ. για ομάδα ανάμειξης απογόνων 30+30 ατόμων, το βάθος αλληλουχίας θα είναι 30Χ ανά όγκο)
Βιοπληροφορικές αναλύσεις
● Αναδιάταξη ολόκληρου του γονιδιώματος
● Επεξεργασία δεδομένων
● Κλήση SNP/Indel
● Έλεγχος υποψήφιας περιοχής
● Σχολιασμός λειτουργίας υποψηφίου γονιδίου
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
Απαιτήσεις δειγμάτων:
Νουκλεοτίδια:
| δείγμα gDNA | Δείγμα ιστού |
| Συγκέντρωση: ≥30 ng/μl | Φυτά: 1-2 γρ |
| Ποσότητα: ≥2 μg (Όγκος ≥15 μl) | Ζώα: 0,5-1 γρ |
| Καθαρότητα: OD260/280= 1,6-2,5 | Ολικό αίμα: 1,5 ml |
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Σχεδιασμός πειράματος
Παράδοση δειγμάτων
Εκχύλιση RNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
1. Βάση ανάλυσης συσχέτισης στην Ευκλείδεια Απόσταση (ED) για τον προσδιορισμό της υποψήφιας περιοχής.Στο παρακάτω σχήμα
Άξονας Χ: Αριθμός χρωμοσώματος.Κάθε κουκκίδα αντιπροσωπεύει μια τιμή ED ενός SNP.Η μαύρη γραμμή αντιστοιχεί στην προσαρμοσμένη τιμή ED.Μια υψηλότερη τιμή ED υποδηλώνει μια πιο σημαντική συσχέτιση μεταξύ της θέσης και του φαινοτύπου.Η κόκκινη παύλα αντιπροσωπεύει το όριο σημαντικής συσχέτισης.
2.Η ανάλυση συσχέτισης δεν βασίζεται σε δείκτη SNP
Άξονας Χ: Αριθμός χρωμοσώματος.Κάθε κουκκίδα αντιπροσωπεύει την τιμή του δείκτη SNP.Η μαύρη γραμμή σημαίνει προσαρμοσμένη τιμή δείκτη SNP.Όσο μεγαλύτερη είναι η τιμή, τόσο πιο σημαντική είναι η συσχέτιση.
Θήκη BMK
Ο τόπος ποσοτικού χαρακτηριστικού μείζονος επίδρασης Fnl7.1 κωδικοποιεί μια άφθονη πρωτεΐνη όψιμης εμβρυογένεσης που σχετίζεται με το μήκος του λαιμού των φρούτων στο αγγούρι
Δημοσίευσε: Plant Biotechnology Journal, 2020
Στρατηγική αλληλουχίας:
Γονείς (Jin5-508, YN): Ανάλυση αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος για 34× και 20×.
Δεξαμενές DNA (50 με μακρύ λαιμό και 50 με κοντό λαιμό): Επανάληψη αλληλουχίας για 61× και 52×
Βασικά αποτελέσματα
Σε αυτή τη μελέτη, ο διαχωρισμός του πληθυσμού (F2 και F2:3) δημιουργήθηκε με τη διασταύρωση της γραμμής αγγουριού με μακρύ λαιμό Jin5-508 και του YN με κοντό λαιμό.Δύο δεξαμενές DNA κατασκευάστηκαν από 50 άτομα με ακραίο μακρύ λαιμό και 50 άτομα με ακραίο κοντό λαιμό.Το QTL μείζονος επίδρασης αναγνωρίστηκε στο Chr07 με ανάλυση BSA και παραδοσιακή χαρτογράφηση QTL.Η υποψήφια περιοχή περιορίστηκε περαιτέρω με λεπτή χαρτογράφηση, ποσοτικοποίηση γονιδιακής έκφρασης και διαγονιδιακά πειράματα, τα οποία αποκάλυψαν το βασικό γονίδιο στον έλεγχο του μήκους του λαιμού, CsFnl7.1.Επιπλέον, ο πολυμορφισμός στην περιοχή προαγωγέα CsFnl7.1 βρέθηκε να σχετίζεται με την αντίστοιχη έκφραση.Περαιτέρω φυλογενετική ανάλυση έδειξε ότι ο τόπος Fnl7.1 είναι πολύ πιθανό να προέρχεται από την Ινδία.
 Χαρτογράφηση QTL σε ανάλυση BSA για τον εντοπισμό υποψήφιας περιοχής που σχετίζεται με το μήκος του λαιμού αγγουριού |  Προφίλ LOD QTL μήκους αγγουριού μέχρι τον λαιμό που εντοπίστηκαν στο Chr07 |
Xu, Χ., et αϊ.«Ο γεωμετρικός τόπος ποσοτικού χαρακτηριστικού μείζονος επίδρασης Fnl7.1 κωδικοποιεί μια άφθονη πρωτεΐνη όψιμης εμβρυογένεσης που σχετίζεται με το μήκος του λαιμού του καρπού στο αγγούρι».Plant Biotechnology Journal 18.7(2020).
