circRNA sequencing-Illumina
Χαρακτηριστικά
● Εξάντληση rRNA ακολουθούμενη από κατευθυντική προετοιμασία βιβλιοθήκης, επιτρέποντας την αλληλούχιση δεδομένων που είναι ειδικά για τον κλώνο.
● Η ροή εργασίας βιοπληροφορικής επιτρέπει την πρόβλεψη του circRNA και την ποσοτικοποίηση της έκφρασης
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
●Πιο ολοκληρωμένες βιβλιοθήκες RNA:χρησιμοποιούμε εξάντληση rRNA αντί για γραμμική εξάντληση RNA στην προετοιμασία μας πριν από τη βιβλιοθήκη, διασφαλίζοντας ότι τα δεδομένα αλληλουχίας δεν περιλαμβάνουν μόνο το circRNA αλλά και mRNA και lncRNA, επιτρέποντας την κοινή ανάλυση σε αυτά τα σύνολα δεδομένων
●Προαιρετική ανάλυση ανταγωνιστικών ενδογενών δικτύων RNA (ceRNA).: παροχή βαθύτερων γνώσεων για τους κυτταρικούς ρυθμιστικούς μηχανισμούς
●Εκτεταμένη Τεχνογνωσία: με ιστορικό επεξεργασίας πάνω από 20.000 δειγμάτων στο BMK, που καλύπτουν διαφορετικούς τύπους δειγμάτων και έργα lncRNA, η ομάδα μας προσφέρει πλούσια εμπειρία σε κάθε έργο.
●Αυστηρός ποιοτικός έλεγχος: εφαρμόζουμε βασικά σημεία ελέγχου σε όλα τα στάδια, από την προετοιμασία του δείγματος και της βιβλιοθήκης μέχρι την αλληλούχιση και τη βιοπληροφορική.Αυτή η σχολαστική παρακολούθηση διασφαλίζει την παροχή σταθερά υψηλής ποιότητας αποτελεσμάτων.
● Υποστήριξη μετά την πώληση: Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με περίοδο εξυπηρέτησης μετά την πώληση 3 μηνών.Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε παρακολούθηση έργου, βοήθεια για την αντιμετώπιση προβλημάτων και συνεδρίες Q&A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτημάτων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
| Βιβλιοθήκη | Πλατφόρμα | Προτεινόμενα δεδομένα | QC δεδομένων |
| Πολυ Α εμπλουτισμένο | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Απαιτήσεις δειγμάτων:
Νουκλεοτίδια:
| Συμπ.(ng/μl) | Ποσότητα (μg) | Καθαρότητα | Ακεραιότητα |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Περιορισμένη ή καθόλου μόλυνση πρωτεϊνών ή DNA που εμφανίζεται στο gel. | Για φυτά: RIN≥6,5; Για ζώα: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; περιορισμένη ή καθόλου βασική ανύψωση |
● Φυτά:
Ρίζα, στέλεχος ή πέταλο: 450 mg
Φύλλο ή Σπόρος: 300 mg
Φρούτα: 1,2 γρ
● Ζώο:
Καρδιά ή Έντερο: 450 mg
Σπλάχνα ή Εγκέφαλος: 240 mg
Μύες: 600 mg
Οστά, μαλλιά ή δέρμα: 1,5 γρ
● Αρθρόποδα:
Έντομα: 9γρ
Οστρακόδερμα: 450 mg
● Ολικό αίμα:2 σωλήνες
● Κύτταρα: 106 κύτταρα
● Ορός και πλάσμα: 6 mL
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Δοχείο: Σωλήνας φυγοκέντρησης 2 ml (δεν συνιστάται αλουμινόχαρτο)
Επισήμανση δείγματος: Ομάδα+αντίγραφο π.χ. A1, A2, A3;Β1, Β2, Β3... ...
Αποστολή:
1. Ξηρός πάγος: Τα δείγματα πρέπει να συσκευάζονται σε σάκους και να ταφούν σε ξηρό πάγο.
2. Σωλήνες σταθεροί σε RNA: Τα δείγματα RNA μπορούν να στεγνώσουν σε σωλήνα σταθεροποίησης RNA (π.χ. RNAstable®) και να αποσταλούν σε θερμοκρασία δωματίου.
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Σχεδιασμός πειράματος
Παράδοση δειγμάτων
Εκχύλιση RNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Βιοπληροφορική
Πρόβλεψη circRNA: χρωμοσωμική κατανομή
Διαφορικά εκφρασμένα circRNA – Διάγραμμα ηφαιστείων
Διαφορικά εκφρασμένα circRNAs – ιεραρχική ομαδοποίηση
Λειτουργικός εμπλουτισμός των γονιδίων ξενιστών του circRNA
Εξερευνήστε τις ερευνητικές προόδους που διευκολύνονται από τις υπηρεσίες προσδιορισμού αλληλουχίας circRNA του BMKGene μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων.
Wang, Χ. et αϊ.(2021) «Το CPSF4 ρυθμίζει τον σχηματισμό circRNA και τη διαμεσολαβούμενη από το microRNA γονιδιακή σίγαση στο ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα», Oncogene 2021 40:25, 40(25), σελ. 4338-4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, Κ. et αϊ.(2023) «Η μεταγραφή που ανταποκρίνεται στο X oo αποκαλύπτει το ρόλο του κυκλικού RNA133 στην αντοχή σε ασθένειες ρυθμίζοντας την έκφραση του OsARAB στο ρύζι», Phytopathology Research, 5(1), σελ. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Υ, Η. et αϊ.(2023) «Το CPSF3 ρυθμίζει την ισορροπία των κυκλικών και γραμμικών μεταγραφών στο ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα».doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Υ. et αϊ.(2023) 'Ολοκληρωμένη αξιολόγηση των circRNAs στην κιρρωτική μυοκαρδιοπάθεια πριν και μετά τη μεταμόσχευση ήπατος', International Immunopharmacology, 114, σελ.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
