Συγκριτική Γονιδιωματική
Πλεονεκτήματα Υπηρεσίας
●Εκτεταμένη εμπειρογνωμοσύνη και αρχεία δημοσιεύσεωνΜε συσσωρευμένα στοιχεία, το BMKGene έχει ολοκληρώσει πάνω από 90 έργα συγκριτικής γονιδιωματικής, με συνολικό συντελεστή αντίκτυπου που έφτασε το 900.
●Ολοκληρωμένη βιοπληροφορική ανάλυση: το πακέτο αναλύσεων περιέχει τις οκτώ πιο συχνά απαιτούμενες αναλύσεις, παρέχοντας καλά σχεδιασμένα, έτοιμα προς δημοσίευση στοιχεία και επιτρέποντας την εύκολη ερμηνεία των αποτελεσμάτων
●Ομάδα βιοπληροφορικής με υψηλές δεξιότητες και σύντομος κύκλος ανάλυσηςΜε μεγάλη εμπειρία στην συγκριτική γονιδιωματική ανάλυση, η ομάδα της BMKGene καλύπτει ποικίλες απαιτήσεις εξατομικευμένης ανάλυσης σε σύντομο χρονικό διάστημα.
●Υποστήριξη μετά την πώληση:Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με μια περίοδο εξυπηρέτησης μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε παρακολούθηση του έργου, βοήθεια στην αντιμετώπιση προβλημάτων και συνεδρίες ερωτήσεων και απαντήσεων για να απαντήσουμε σε τυχόν απορίες σχετικά με τα αποτελέσματα.
Προδιαγραφές υπηρεσίας
| Εκτιμώμενος χρόνος ολοκλήρωσης | Αριθμός ειδών | Αναλύσεις |
| 30 εργάσιμες ημέρες | 6 - 12 | Ομαδοποίηση γονιδιακών οικογενειών Επέκταση και συστολή της γονιδιακής οικογένειας Κατασκευή φυλογενετικού δέντρου Εκτίμηση χρόνου απόκλισης (απαιτείται βαθμονόμηση ορυκτών) Χρόνος εισαγωγής LTR (Για φυτά) Διπλασιασμός ολόκληρου του γονιδιώματος (Για φυτά) Επιλεκτική πίεση Ανάλυση συντενίου |
Βιοπληροφορικές αναλύσεις
● Οικογένεια γονιδίων
● Φυλογενετική
● Χρόνος απόκλισης
● Επιλεκτική πίεση
● Ανάλυση συντενίνης
Απαιτήσεις Δείγματος και Παράδοση
Απαιτήσεις Δείγματος:
Ιστός ή DNA για αλληλούχιση και συναρμολόγηση γονιδιώματος
Για τον ιστό
| Είδος | Ιστός | Επισκόπηση | PacBio CCS |
| Ζώο | Σπλαχνικός ιστός | 0,5 ~ 1 γρ. | ≥ 3,5 γρ. |
| Μυϊκός ιστός | |||
| ≥ 5,0 γρ. | |||
| ≥ 5,0 mL | |||
| Αίμα θηλαστικών | |||
| ≥ 0,5 mL | |||
| Αίμα πουλερικών/ψαριών | |||
| Φυτό | Φρέσκο Φύλλο | 1 ~ 2 γρ. | ≥ 5,0 γρ. |
| Πέταλο/Στελέχος | 1 ~ 2 γρ. | ≥ 10,0 g | |
| Ρίζα/Σπόρος | 1 ~ 2 γρ. | ≥ 20,0 g | |
| Κύτταρα | Καλλιεργημένο κύτταρο | - | ≥ 1 x 108 |
Δεδομένα
Αρχεία αλληλουχίας γονιδιώματος (.fasta) και αρχεία σχολιασμού (.gff3) στενά συγγενικών ειδών
Ροή εργασίας εξυπηρέτησης
Σχεδιασμός πειράματος
Παράδοση δειγμάτων
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλούχιση
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
*Τα αποτελέσματα επίδειξης που εμφανίζονται εδώ προέρχονται όλα από γονιδιώματα που έχουν δημοσιευτεί με την Biomarker Technologies.
1. Εκτίμηση χρόνου εισαγωγής LTR: Το σχήμα έδειξε μια μοναδική διτροπική κατανομή στους χρόνους εισαγωγής LTR-RT στο γονιδίωμα της σίκαλης Weining, σε σύγκριση με άλλα είδη. Η πιο πρόσφατη κορυφή εμφανίστηκε περίπου 0,5 εκατομμύρια χρόνια πριν.
Λι Γκουάνγκ κ.ά.,Γενετική της Φύσης, 2021
2. Φυλογένεση και ανάλυση γονιδιακής οικογένειας στο καγιότ (Sechium edule): Αναλύοντας το καγιότ και τα άλλα 13 συγγενικά είδη στην γονιδιακή οικογένεια, το καγιότ βρέθηκε να είναι πιο στενά συγγενικό με την κολοκύθα (Trichosanthes anguina). Το καγιότ προέρχεται από την κολοκύθα περίπου 27-45 εκατομμύρια χρόνια πριν και παρατηρήθηκε διπλασιασμός ολόκληρου του γονιδιώματος (WGD) στο καγιότ σε 25±4 εκατομμύρια χρόνια πριν, το οποίο είναι το τρίτο συμβάν WGD στα cucuibitaceae.
Fu A et al.,Έρευνα Κηπευτικής, 2021
3. Ανάλυση συντενίνης: Ορισμένα γονίδια που σχετίζονται με φυτοορμόνες στην ανάπτυξη των καρπών βρέθηκαν στο καγιότ, την κολοκύθα και την κολοκύθα. Η συσχέτιση μεταξύ του καγιότ και της κολοκύθας είναι ελαφρώς υψηλότερη από ό,τι μεταξύ του καγιότ και της κολοκύθας.
Fu A et al.,Έρευνα Κηπευτικής, 2021
4. Ανάλυση γονιδιακής οικογένειας: Ο εμπλουτισμός με KEGG στην επέκταση και συστολή γονιδιακής οικογένειας στα γονιδιώματα G.thurberi και G.davidsonii έδειξε ότι τα γονίδια που σχετίζονται με τη βιοσύνθεση στεροειδών και τη βιοσύνθεση βρασσινοστεροειδών επεκτάθηκαν.
Yang Z κ.ά.,Βιολογία BMC, 2021
5. Ανάλυση διπλασιασμού ολόκληρου του γονιδιώματος: Η ανάλυση κατανομής 4DTV και Ks έδειξε συμβάν διπλασιασμού ολόκληρου του γονιδιώματος. Οι κορυφές εντός του είδους έδειξαν συμβάντα διπλασιασμού. Οι κορυφές μεταξύ ειδών έδειξαν συμβάντα ειδογένεσης. Η ανάλυση έδειξε ότι σε σύγκριση με τα άλλα τρία στενά συγγενικά είδη, το O. europaea υπέστη μια γονιδιακή διπλασιασμό μεγάλης κλίμακας πιο πρόσφατα.
Rao G κ.ά.,Έρευνα Κηπευτικής, 2021
Θήκη BMK
Τριαντάφυλλο χωρίς αγκάθι: γονιδιωματικές γνώσεις που συνδέονται με την προσαρμογή στην υγρασία
Δημοσιεύτηκε: Εθνική Επιστημονική Επιθεώρηση, 2021
Στρατηγική αλληλούχισης:
«Μπάσεϊς»Χωρίς αγκάθια'(Ρ.)Γουιτσουραϊνάν) γονιδίωμα:
Περίπου 93 X PacBio + περίπου 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Βασικά αποτελέσματα
1. Κατασκευάστηκε γονιδίωμα R.wichuraiana υψηλής ποιότητας χρησιμοποιώντας τεχνικές αλληλούχισης μακράς ανάγνωσης, οι οποίες απέδωσαν μια συναρμολόγηση 530,07 Mb (Το εκτιμώμενο μέγεθος γονιδιώματος ήταν περίπου 525,9 Mb με κυτταρομετρία ροής και 525,5 Mb με έρευνα γονιδιώματος. Η ετεροζυγωτία ήταν περίπου 1,03%). Η εκτιμώμενη βαθμολογία BUSCO ήταν 93,9%. Σε σύγκριση με το "Old blush" (haploOB), η ποιότητα και η πληρότητα αυτού του γονιδιώματος επιβεβαιώθηκαν από την ακρίβεια μίας βάσης και τον δείκτη συναρμολόγησης LTR (LAI=20,03). Το γονιδίωμα R.wichuraiana περιέχει 32.674 γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες.
2. Η πολυ-ομική κοινή ανάλυση, που αποτελείται από συγκριτική γονιδιωματική, μεταγραφομική και ανάλυση QTL του γενετικού πληθυσμού, αποκάλυψε την κρίσιμη ειδογένεση μεταξύ του R. wichuraiana και του Rosa chinensis. Επίσης, η διακύμανση έκφρασης σχετικών γονιδίων στο QTL ήταν πιθανό να σχετίζεται με τη διαμόρφωση των αγκαθιών του στελέχους.
Η συγκριτική γονιδιωματική ανάλυση μεταξύ του Basye's Thornless και του Rosa chinensis, συμπεριλαμβανομένης της ανάλυσης συντενίνης, της συστάδας γονιδιακών οικογενειών, της ανάλυσης διαστολής και συστολής, αποκάλυψε μεγάλο αριθμό παραλλαγών, οι οποίες σχετίζονταν με κρίσιμα χαρακτηριστικά στα τριαντάφυλλα. Η μοναδική διαστολή στις οικογένειες γονιδίων NAC και FAR1/FRS ήταν πολύ πιθανό να σχετίζεται με την ανθεκτικότητα στη μαύρη κηλίδα.
Συγκριτική γονιδιωματική ανάλυση μεταξύ γονιδιωμάτων BT και haploOB.
Zhong, M., et al. «Τριαντάφυλλο χωρίς αγκάθι: γονιδιωματικές γνώσεις που συνδέονται με την προσαρμογή στην υγρασία»Εθνική Επιστημονική Επιθεώρηση, 2021;, nwab092.
