Προκατασκευασμένες βιβλιοθήκες Illumina
Χαρακτηριστικά
●Πλατφόρμες:Illumina NovaSeq 6000 και NovaSeq X Plus
●Λειτουργίες αλληλούχισης:PE150 και PE250
●Έλεγχος ποιότητας των βιβλιοθηκών πριν από την αλληλούχιση
●Δεδομένα αλληλούχισης, ποιοτικός έλεγχος και παράδοση:παράδοση αναφοράς QC και ακατέργαστων δεδομένων σε μορφή fastq μετά από αποπολυπλεξία και φιλτράρισμα των αναγνώσεων Q30
Πλεονεκτήματα Υπηρεσίας
●Ευελιξία υπηρεσιών αλληλούχισης:Ο πελάτης μπορεί να επιλέξει την αλληλουχία ανά λωρίδα, κελί ροής ή ανά ποσότητα δεδομένων που απαιτούνται (μερική αλληλούχιση λωρίδων).
●Εκτεταμένη εμπειρία στην πλατφόρμα αλληλούχισης Illumina:με χιλιάδες κλειστά έργα με διάφορα είδη.
●Παράδοση αναφοράς ποιοτικού ελέγχου αλληλούχισης:με μετρήσεις ποιότητας, ακρίβεια δεδομένων και συνολική απόδοση του έργου αλληλούχισης.
●Διαδικασία αλληλούχισης ώριμων γονιδίων:με σύντομο χρόνο ανακύκλωσης.
●Αυστηρός έλεγχος ποιότηταςΕφαρμόζουμε αυστηρές απαιτήσεις ποιοτικού ελέγχου (QC) για να εγγυηθούμε την παροχή αποτελεσμάτων σταθερά υψηλής ποιότητας.
Δείγματα πλατφορμών
| Πλατφόρμα | Κύτταρο ροής | Λειτουργία αλληλούχισης | Μονάδα | Εκτιμώμενη απόδοση |
| NovaSeq X | 10Β (8 λωρίδες κυκλοφορίας) | PE150 | Μονή λωρίδα Μερική λωρίδα | 375Gb / Λωρίδα |
| 25Β (8 λωρίδες κυκλοφορίας) | PE150 | Μονή λωρίδα Μερική λωρίδα | 1000 Gb/Λωρίδα | |
| NovaSeq 6000 | Κυψελίδα ροής SP (2 λωρίδες) | PE250 | Κύτταρο ροής Μονή λωρίδα Μερική λωρίδα | 325-400 M αναγνώσεις / Λωρίδα |
| Κυψελίδα ροής S4 (4 λωρίδες) | PE150 | Κύτταρο ροής Μονή λωρίδα Μερική λωρίδα | ~800 Gb / Λωρίδα |
Απαιτήσεις Δείγματος
| Ποσότητα δεδομένων (X) | Συγκέντρωση (qPCR/nM) | Τόμος | |
| Μερική αλληλουχία λωρίδων
| Χ ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
| 10 Gb < X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 Gb < X ≤ 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| Χ > 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Ακολουθία λωρίδων | Ανά λωρίδα | ≥ 1,5 nM / δεξαμενή βιβλιοθήκης | ≥ 25 μl / δεξαμενή βιβλιοθήκης |
Εκτός από τη συγκέντρωση και τη συνολική ποσότητα, απαιτείται επίσης ένα κατάλληλο πρότυπο κορυφής.
Σημείωση: Η αλληλούχιση λωρίδων βιβλιοθηκών χαμηλής ποικιλομορφίας απαιτεί την προσθήκη PhiX για να διασφαλιστεί η ισχυρή κλήση βάσης.
Συνιστούμε την υποβολή προ-ομαδοποιημένων βιβλιοθηκών ως δειγμάτων. Εάν χρειάζεστε από το BMKGENE να πραγματοποιήσει ομαδοποίηση βιβλιοθηκών, ανατρέξτε στο
τις απαιτήσεις της βιβλιοθήκης για μερική αλληλούχιση λωρίδων.
Μέγεθος βιβλιοθήκης (Χάρτης κορυφής)
Η κύρια κορυφή θα πρέπει να είναι μεταξύ 300-450 bp.
Οι βιβλιοθήκες θα πρέπει να έχουν μία μόνο κύρια κορυφή, χωρίς μόλυνση προσαρμογέα και χωρίς διμερή εκκινητή.
Επικοινωνήστε μαζί μας εάν τα δείγματά σας δεν πληρούν τις απαιτήσεις για τα αρχικά υλικά.
Ροή εργασίας υπηρεσίας
Έλεγχος ποιότητας βιβλιοθήκης
Αλληλούχιση
Έλεγχος ποιότητας δεδομένων
Παράδοση έργου
Έκθεση ποιοτικού ελέγχου βιβλιοθήκης
Παρέχεται μια έκθεση σχετικά με την ποιότητα της βιβλιοθήκης πριν από την αλληλούχιση, την αξιολόγηση του όγκου της βιβλιοθήκης και τον κατακερματισμό.
Αναφορά ποιοτικού ελέγχου αλληλούχισης
Πίνακας 1. Στατιστικά στοιχεία για τα δεδομένα αλληλούχισης.
| Δείγμα ID | BMKID | Ακατέργαστες αναγνώσεις | Ακατέργαστα Δεδομένα (bp) | Καθαρές αναγνώσεις (%) | Q20 (%) | Q30(%) | Αέριο χρωματογραφίας (%) |
| C_01 | BMK_01 | 22.870.120 | 6.861.036.000 | 96,48 | 99,14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14.717.867 | 4.415.360.100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37.08 |
Σχήμα 1. Κατανομή ποιότητας κατά μήκος των μετρήσεων σε κάθε δείγμα
Σχήμα 2. Κατανομή βασικού περιεχομένου
Σχήμα 3. Κατανομή των αναγνωσμένων περιεχομένων στα δεδομένα αλληλούχισης
