Εξελικτική Γενετική
Πλεονεκτήματα Υπηρεσίας
Τακάγκι κ.ά.,Το περιοδικό των φυτών, 2013
●Ολοκληρωμένη βιοπληροφορική ανάλυση:επιτρέποντας την εκτίμηση της γενετικής ποικιλομορφίας, η οποία αντικατοπτρίζει το εξελικτικό δυναμικό των ειδών, και αποκαλύπτοντας αξιόπιστη φυλογενετική σχέση μεταξύ των ειδών με ελαχιστοποιημένη επιρροή της συγκλίνουσας εξέλιξης και της παράλληλης εξέλιξης
●Προαιρετική προσαρμοσμένη ανάλυση: όπως η εκτίμηση του χρόνου και της ταχύτητας απόκλισης με βάση τις διακυμάνσεις σε επίπεδο νουκλεοτιδίων και αμινοξέων.
●Εκτεταμένη εμπειρογνωμοσύνη και αρχεία δημοσιεύσεωνΗ BMKGene έχει συσσωρεύσει τεράστια εμπειρία σε έργα πληθυσμιακής και εξελικτικής γενετικής για πάνω από 15 χρόνια, καλύπτοντας χιλιάδες είδη κ.λπ. και συνέβαλε σε πάνω από 1000 έργα υψηλού επιπέδου που δημοσιεύθηκαν στα Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal κ.λπ.
● Ομάδα βιοπληροφορικής με υψηλή εξειδίκευση και σύντομος κύκλος ανάλυσηςΜε μεγάλη εμπειρία στην προηγμένη γονιδιωματική ανάλυση, η ομάδα της BMKGene παρέχει ολοκληρωμένες αναλύσεις με γρήγορο χρόνο παράδοσης.
● Υποστήριξη μετά την πώληση:Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με μια περίοδο εξυπηρέτησης μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε παρακολούθηση του έργου, βοήθεια στην αντιμετώπιση προβλημάτων και συνεδρίες ερωτήσεων και απαντήσεων για να απαντήσουμε σε τυχόν απορίες σχετικά με τα αποτελέσματα.
Προδιαγραφές και απαιτήσεις υπηρεσίας
| Τύπος αλληλούχισης | Συνιστώμενη κλίμακα πληθυσμού | Στρατηγική αλληλούχισης | Απαιτήσεις σε νουκλεοτίδια |
| Αλληλούχιση ολόκληρου του γονιδιώματος | ≥ 30 άτομα, με ≥ 10 άτομα από κάθε υποομάδα
| 10x | Συγκέντρωση: ≥ 1 ng/µL Συνολική ποσότητα ≥ 30ng Περιορισμένη ή καθόλου υποβάθμιση ή μόλυνση |
| Ενισχυμένο Θραύσμα Ειδικού Τόπου (SLAF) | Βάθος ετικέτας: 10x Αριθμός ετικετών: <400 Mb: Συνιστάται το WGS <1Gb: 100K ετικέτες 1Gb >2Gb: 300K ετικέτες Μέγιστο 500k ετικέτες | Συγκέντρωση ≥ 5 ng/µL Συνολική ποσότητα ≥ 80 ng Νανοσταγόνα OD260/280=1,6-2,5 Γέλη αγαρόζης: καθόλου ή περιορισμένη αποικοδόμηση ή μόλυνση
|
Ροή εργασίας εξυπηρέτησης
Σχεδιασμός πειράματος
Παράδοση δειγμάτων
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλούχιση
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Η υπηρεσία περιλαμβάνει ανάλυση της δομής του πληθυσμού (φυλογενετικό δέντρο, PCA, διάγραμμα στρωματοποίησης πληθυσμού), της ποικιλομορφίας του πληθυσμού και της επιλογής πληθυσμού (ανισορροπία σύνδεσης, επιλεκτική σάρωση-επιλογή πλεονεκτικών τοποθεσιών). Η υπηρεσία μπορεί επίσης να περιλαμβάνει προσαρμοσμένη ανάλυση (π.χ. χρόνος απόκλισης, ροή γονιδίων).
*Τα αποτελέσματα επίδειξης που εμφανίζονται εδώ προέρχονται όλα από γονιδιώματα που έχουν δημοσιευτεί με το BMKGENE
1. Η ανάλυση της εξέλιξης περιλαμβάνει την κατασκευή φυλογενετικού δέντρου, δομής πληθυσμού και PCA με βάση γενετικές παραλλαγές.
Το φυλογενετικό δέντρο αντιπροσωπεύει τις ταξινομικές και εξελικτικές σχέσεις μεταξύ ειδών με κοινό πρόγονο.
Η PCA στοχεύει στην οπτικοποίηση της εγγύτητας μεταξύ υποπληθυσμών.
Η δομή του πληθυσμού δείχνει την παρουσία γενετικά διακριτού υποπληθυσμού όσον αφορά τις συχνότητες αλληλόμορφων.
Τσεν, κ.ά.,PNAS, 2020
2.Επιλεκτική σάρωση
Η επιλεκτική σάρωση αναφέρεται σε μια διαδικασία κατά την οποία επιλέγεται μια πλεονεκτική τοποθεσία και οι συχνότητες των συνδεδεμένων ουδέτερων τοποθεσιών αυξάνονται και αυτές των μη συνδεδεμένων τοποθεσιών μειώνονται, με αποτέλεσμα τη μείωση των περιφερειακών.
Η ανίχνευση σε ολόκληρο το γονιδίωμα σε επιλεκτικές περιοχές σάρωσης υποβάλλεται σε επεξεργασία υπολογίζοντας τον γενετικό δείκτη πληθυσμού (π, Fst, Tajima's D) όλων των SNPs εντός ενός συρόμενου παραθύρου (100 Kb) σε ένα συγκεκριμένο βήμα (10 Kb).
Ποικιλομορφία νουκλεοτιδίων (π)
Το Δ του Τατζίμα
Δείκτης στερέωσης (Fst)
Wu, κ.ά.,Μοριακό Εργοστάσιο, 2018
3. Ροή γονιδίων
Wu, κ.ά.,Μοριακό Εργοστάσιο, 2018
4. Δημογραφική ιστορία
Zhang, κ.ά.,Οικολογία και Εξέλιξη της Φύσης, 2021
5. Χρόνος απόκλισης
Zhang, κ.ά.,Οικολογία και Εξέλιξη της Φύσης, 2021
Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνονται από τις υπηρεσίες εξελικτικής γενετικής του BMKGene μέσα από μια επιμελημένη συλλογή δημοσιεύσεων:
Hassanyar, AK et al. (2023) «Ανακάλυψη Μοριακών Δεικτών SNP και Υποψήφιων Γονιδίων που Σχετίζονται με την Ανθεκτικότητα στον Ιό του Σακγογονώματος σε Προνύμφες Apis cerana cerana μέσω Επαναπροσδιορισμού Ολόκληρου του Γονιδιώματος»,Διεθνές περιοδικό μοριακών επιστημών, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) «Η ανακάλυψη μιας άγριας, γενετικά καθαρής κινεζικής γιγάντιας σαλαμάνδρας δημιουργεί νέες ευκαιρίες διατήρησης»,Ζωολογική Έρευνα, 2022, Τόμος 43, Τεύχος 3, Σελίδες: 469-480, 43(3), σελ. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) «Φυλογεωγραφικό Πρότυπο και Ιστορία της Εξέλιξης του Πληθυσμού του Αυτόχθονου Elymus sibiricus L. στο Οροπέδιο Qinghai-Θιβέτ»,Σύνορα στην Επιστήμη των Φυτών, 13, σελ. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) «Γονιδιωματικές γνώσεις σχετικά με την εξέλιξη του longan από μια συναρμολόγηση γονιδιώματος σε επίπεδο χρωμοσώματος και γονιδιωματική πληθυσμού των προσθηκών longan»,Έρευνα Κηπευτικής, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
