Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
● Χαμηλή προκατάληψη ακολουθίας
● Αποκάλυψη μορίων cDNA πλήρους μήκους
● Απαιτούνται λιγότερα δεδομένα για την κάλυψη του ίδιου αριθμού μεταγραφών
● Ταυτοποίηση πολλαπλών ισομορφών ανά γονίδιο
● Ποσοτικοποίηση έκφρασης σε επίπεδο ισομορφής
Προδιαγραφές Υπηρεσίας
| Βιβλιοθήκη | Πλατφόρμα | Προτεινόμενη απόδοση δεδομένων (Gb) | Ελεγχος ποιότητας |
| cDNA-PCR (εμπλουτισμένο με Poly-A) | Nanopore PromethION P48 | 6 Gb/δείγμα (Ανάλογα με το είδος) | Αναλογία πλήρους μήκους - 70% Μέση βαθμολογία ποιότητας: Q10
|
Βιοπληροφορικές αναλύσεις
●Επεξεργασία ακατέργαστων δεδομένων
● Αναγνώριση μεταγραφής
● Εναλλακτικό μάτισμα
● Ποσοτικοποίηση έκφρασης σε επίπεδο γονιδίου και επίπεδο ισομορφής
● Ανάλυση διαφορικής έκφρασης
● Σχολιασμός και εμπλουτισμός συναρτήσεων (DEG και DET)
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
Απαιτήσεις δειγμάτων:
Νουκλεοτίδια:
| Συμπ.(ng/μl) | Ποσότητα (μg) | Καθαρότητα | Ακεραιότητα |
| ≥ 100 | ≥ 0,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Περιορισμένη ή καθόλου μόλυνση πρωτεϊνών ή DNA που εμφανίζεται στο gel. | Για φυτά: RIN≥7,0; Για ζώα: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; περιορισμένη ή καθόλου βασική ανύψωση |
Ιστός: Βάρος (ξηρός): ≥1 g
*Για ιστό μικρότερο από 5 mg, συνιστούμε να στείλετε δείγμα ιστού κατεψυγμένου (σε υγρό άζωτο).
Εναιώρημα κυττάρων: Αριθμός κυττάρων = 3×106- 1×107
*Συνιστούμε την αποστολή κατεψυγμένων κυτταρολυμάτων.Σε περίπτωση που αυτό το κελί μετράει μικρότερο από 5×105, συνιστάται η κατάψυξη σε υγρό άζωτο, το οποίο είναι προτιμότερο για μικροεκχύλιση.
Δείγματα αίματος: Όγκος≥1 ml
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Δοχείο: Σωλήνας φυγοκέντρησης 2 ml (δεν συνιστάται αλουμινόχαρτο)
Επισήμανση δείγματος: Ομάδα+αντίγραφο π.χ. A1, A2, A3;Β1, Β2, Β3... ...
Αποστολή: 2, Ξηρός πάγος: Τα δείγματα πρέπει να συσκευάζονται σε σάκους και να ταφούν σε ξηρό πάγο.
- Σωλήνες σταθεροί σε RNA: Τα δείγματα RNA μπορούν να στεγνώσουν σε σωλήνα σταθεροποίησης RNA (π.χ. RNAstable®) και να αποσταλούν σε θερμοκρασία δωματίου.
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Νουκλεοτίδια:
Παράδοση δειγμάτων
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Ιστός:
Σχεδιασμός πειράματος
Παράδοση δειγμάτων
Εκχύλιση RNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
1.Ανάλυση διαφορικής έκφρασης - Ηφαίστειο
Η ανάλυση διαφορικής έκφρασης μπορεί να υποβληθεί σε επεξεργασία τόσο σε επίπεδο γονιδίου για τον εντοπισμό διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων (DEGs) όσο και σε επίπεδο ισομορφής για διαφορική ταυτοποίηση
εκφρασμένες μεταγραφές (DETs)
2.Χάρτης θερμότητας ιεραρχικής ομαδοποίησης
3.Εναλλακτική ταυτοποίηση και ταξινόμηση ματίσματος
Πέντε τύποι εναλλακτικών γεγονότων ματίσματος μπορούν να προβλεφθούν από την Astalavista.
4.Αναγνώριση γεγονότων εναλλακτικής πολυαδενυλίωσης (APA) και μοτίβο στα 50 bp ανάντη του πολυ-Α
Θήκη BMK
Εναλλακτική ταυτοποίηση ματίσματος και ποσοτικός προσδιορισμός σε επίπεδο ισομορφής με αλληλουχία μεταγραφής πλήρους μήκους νανοπόρων
Δημοσίευσε:Nature Communications, 2020
Στρατηγική αλληλουχίας:
Ομαδοποίηση: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (μετάλλαξη K700E);3. Φυσιολογικά Β-κύτταρα
Στρατηγική αλληλουχίας: Αλληλουχία βιβλιοθήκης MinION 2D, αλληλουχία βιβλιοθήκης PromethION 1D.δεδομένα σύντομης ανάγνωσης από τα ίδια δείγματα
Πλατφόρμα αλληλούχισης: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;
Βασικά αποτελέσματα
1.Εναλλακτική αναγνώριση ματίσματος σε επίπεδο ισομορφής
Οι μακροχρόνιες αναγνωσμένες αλληλουχίες ενδυναμώνουν την ταυτοποίηση του μεταλλαγμένου SF3B1K700E- αλλαγμένες θέσεις ματίσματος σε επίπεδο ισομορφής.35 εναλλακτικά 3'SS και 10 εναλλακτικά 5'SS βρέθηκαν να συνδέονται σημαντικά διαφορετικά μεταξύ του SF3B1K700Eκαι SF3B1WT.33 από τις 35 αλλοιώσεις ανακαλύφθηκαν πρόσφατα από μακροχρόνιες αναγνωσμένες ακολουθίες.
2.Ποσοτικοποίηση εναλλακτικού ματίσματος σε επίπεδο ισομορφής
Έκφραση ισομορφών κατακράτησης ιντρονίων (IR) στο SF3B1K700Eκαι SF3B1WTποσοτικοποιήθηκαν με βάση αλληλουχίες νανοπόρων, αποκαλύπτοντας μια παγκόσμια προς τα κάτω ρύθμιση των ισομορφών IR στο SF3B1K700E.
Αναφορά
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Ο χαρακτηρισμός μεταγραφής πλήρους μήκους της μετάλλαξης SF3B1 στη χρόνια λεμφοκυτταρική λευχαιμία αποκαλύπτει μείωση της ρύθμισης των κατακρατημένων ιντρονίων [J].Επικοινωνίες για τη φύση.
