条形banner-03

Προϊόντα

De novo Συγκρότηση Μυκητιασικού Γονιδιώματος

图片53

 

 

Η BMKGENE προσφέρει ευέλικτες λύσεις για γονιδιώματα μυκήτων, καλύπτοντας διαφορετικές ερευνητικές ανάγκες και την επιθυμητή πληρότητα γονιδιώματος. Η χρήση της αλληλουχίας Illumina σύντομης ανάγνωσης και μόνο επιτρέπει τη δημιουργία ενός προσχέδιου γονιδιώματος. Οι σύντομες αναγνώσεις και η μακροχρόνια αλληλουχία με χρήση Nanopore ή Pacbio συνδυάζονται για ένα πιο εκλεπτυσμένο μυκητιακό γονιδίωμα με μακρύτερες κολλήσεις. Επιπλέον, η ενσωμάτωση της αλληλουχίας Hi-C ενισχύει περαιτέρω τις δυνατότητες, επιτρέποντας την επίτευξη ενός πλήρους γονιδιώματος σε επίπεδο χρωμοσώματος.


Στοιχεία υπηρεσίας

Βιοπληροφορική

Αποτελέσματα επίδειξης

Προβεβλημένες δημοσιεύσεις

Χαρακτηριστικά υπηρεσίας

Με τρεις πιθανές επιλογές για να διαλέξετε ανάλογα με τον επιθυμητό βαθμό πληρότητας γονιδιώματος:

● Πρόχειρη επιλογή γονιδιώματος: Σύντομη ανάγνωση αλληλουχίας με Illumina NovaSeq PE150.

● Επιλογή Fungal Fine Genome:

Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.

Συγκρότημα γονιδιώματος: PacBio Revio (διαβάζει HiFi) ή Nanopore PromethION 48.

● Μυκητιακό γονιδίωμα σε επίπεδο χρωμοσώματος:

Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.

Συγκρότημα γονιδιώματος: PacBio Revio (διαβάζει HiFi) ή Nanopore PromethION 48.

Συνεχίστε την αγκύρωση με συγκρότημα Hi-C.

Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης

Διαθέσιμες στρατηγικές πολλαπλής αλληλουχίας: Για διαφορετικούς ερευνητικούς στόχους και απαιτήσεις πληρότητας γονιδιώματος

Πλήρης ροή εργασιών Βιοπληροφορικής:Αυτό περιλαμβάνει τη συναρμολόγηση γονιδιώματος και την πρόβλεψη πολλαπλών γονιδιωματικών στοιχείων, τον σχολιασμό λειτουργικών γονιδίων και τη συνεχή αγκύρωση.

Εκτεταμένη Τεχνογνωσία: Με περισσότερα από 12.000 μικροβιακά γονιδιώματα συγκεντρωμένα, φέρνουμε πάνω από μια δεκαετία εμπειρίας, μια ομάδα ανάλυσης υψηλής εξειδίκευσης, ολοκληρωμένο περιεχόμενο και εξαιρετική υποστήριξη μετά την πώληση.

Υποστήριξη μετά την πώληση:Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα ​​από την ολοκλήρωση του έργου με περίοδο εξυπηρέτησης μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε παρακολούθηση έργου, βοήθεια για την αντιμετώπιση προβλημάτων και συνεδρίες Q&A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτημάτων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.

Προδιαγραφές Υπηρεσίας

Υπηρεσία

Στρατηγική Αλληλουχίας

Ποιοτικός έλεγχος

Σχέδιο Γονιδιώματος

Illumina PE150 100x

Q30≥85%

Λεπτό γονιδίωμα

Έρευνα γονιδιώματος: Illumina PE150 50 x

Συναρμολόγηση: PacBio HiFi 30x ή Nanopore 100x

contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular)

contig N50 ≥2Mb (ONT Unicellular)

contig N50 ≥500kb (Άλλα)

Γονιδίωμα σε επίπεδο χρωμοσώματος

Έρευνα γονιδιώματος: Illumina PE150 50 x

Συναρμολόγηση: PacBio HiFi 30x ή Nanopore 100x

Συγκρότημα Hi-C 100x

Συνεχής αναλογία αγκύρωσης>90%

 

Απαιτήσεις υπηρεσιών

 

Συγκέντρωση (ng/µL)

Συνολική ποσότητα (μg)

Όγκος (μL)

OD260/280

OD260/230

PacBio

≥20

≥2

≥20

1,7-2,2

≥1,6

Nanopore

≥40

≥2

≥20

1,7-2,2

1,0-3,0

Illumina

≥1

≥0,06

≥20

-

-

Μονοκύτταρος μύκητας: ≥3,5x1010 κύτταρα

Μακρομύκητας: ≥10 γρ

 

Ροή εργασιών εξυπηρέτησης

παράδοση δείγματος

Παράδοση δειγμάτων

Προετοιμασία Βιβλιοθήκης

Κατασκευή βιβλιοθήκης

Αλληλουχία

Αλληλουχία

Ανάλυση δεδομένων

Ανάλυση δεδομένων

Υπηρεσίες μετά την πώληση

Υπηρεσίες μετά την πώληση


  • Προηγούμενος:
  • Επόμενος:

  • 未标题-1-01

    Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:

    Έρευνα Γονιδιώματος:

    • Έλεγχος ποιότητας δεδομένων αλληλουχίας
    • Εκτίμηση γονιδιώματος: μέγεθος, ετεροζυγωτία, επαναλαμβανόμενα στοιχεία

    Λεπτή συναρμολόγηση γονιδιώματος:

    • Αλληλουχία Έλεγχος Ποιότητας Δεδομένων
    • De novoΣυνέλευση
    • Ανάλυση συστατικών γονιδιώματος: Πρόβλεψη CDS και πολλαπλών γονιδιωματικών στοιχείων
    • Λειτουργικός σχολιασμός με πολλαπλές γενικές βάσεις δεδομένων (GO, KEGG, κ.λπ.) και προηγμένες βάσεις δεδομένων (CARD, VFDB, κ.λπ.)

    Συνέλευση Hi-C:

    • Αξιολόγηση Βιβλιοθήκης Hi-C.
    • Συνέχεια αγκύρωσης ομαδοποίησης, ταξινόμησης και προσανατολισμού
    • Αξιολόγηση της διάταξης HI-C: Με βάση το γονιδίωμα αναφοράς και τον θερμικό χάρτη

    Έρευνα γονιδιώματος: κατανομή k-mer

     

     图片54

    Συγκρότημα γονιδιώματος: γονιδιακός ομόλογος σχολιασμός (βάση δεδομένων NR)

     

     图片55

     

    Συγκρότημα γονιδιώματος: σχολιασμός λειτουργικού γονιδίου (GO)

     

    图片56

    Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνονται από τις υπηρεσίες συναρμολόγησης γονιδιώματος μυκήτων της BMKGene μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων.

     

    Hao, J. et αϊ. (2023) «Ολοκληρωμένο ωμικό προφίλ του φαρμακευτικού μανιταριού Inonotus obliquus υπό συνθήκες βύθισης»,BMC Genomics, 24(1), σελ. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.

    Lu, L. et αϊ. (2023) «Η αλληλουχία του γονιδιώματος αποκαλύπτει την εξέλιξη και τους παθογόνους μηχανισμούς του παθογόνου Rhizoctonia cerealis των αιχμηρών οφθαλμών του σίτου»,The Crop Journal, 11(2), σσ. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.

    Zhang, Η. et αϊ. (2023) «Πόροι γονιδιώματος για τέσσερα είδη Clarireedia που προκαλούν κηλίδα δολαρίου σε διάφορα χλοοτάπητα»,Ασθένεια των φυτών, 107(3), σελ. 929–934. doi: 10.1094/ΠΔΙΣ-08-22-1921-Α

    Zhang, SS et αϊ. (2023) «Γενετική και μοριακή απόδειξη ενός τετραπολικού συστήματος ζευγαρώματος στο βρώσιμο μανιτάρι Grifola frondosa»,Journal of Fungi, 9(10), σελ. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.

    λάβετε μια προσφορά

    Γράψτε το μήνυμά σας εδώ και στείλτε το σε εμάς

    Στείλτε μας το μήνυμά σας: