Μακρά μη κωδικοποιητική αλληλουχία-Illumina
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
● Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
● Ειδικά για τα κύτταρα και τους ιστούς
● Το συγκεκριμένο στάδιο εκφράζει και παρουσιάζει δυναμική αλλαγή έκφρασης
● Ακριβή μοτίβα έκφρασης χρόνου και χώρου
● Κοινή ανάλυση με δεδομένα mRNA.
● Παράδοση αποτελεσμάτων βάσει BMKCloud: Προσαρμοσμένη εξόρυξη δεδομένων διαθέσιμη στην πλατφόρμα.
● Οι υπηρεσίες μετά την πώληση ισχύουν για 3 μήνες από την ολοκλήρωση του έργου
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
| Βιβλιοθήκη | Πλατφόρμα | Προτεινόμενα δεδομένα | QC δεδομένων |
| εξάντληση rRNA | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Συμπ.(ng/μl) | Ποσότητα (μg) | Καθαρότητα | Ακεραιότητα |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Περιορισμένη ή καθόλου μόλυνση πρωτεϊνών ή DNA που εμφανίζεται στο gel. | Για φυτά: RIN≥6,5; Για ζώα: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; περιορισμένη ή καθόλου βασική ανύψωση |
Νουκλεοτίδια:
Ιστός: Βάρος (ξηρός): ≥1 g
*Για ιστό μικρότερο από 5 mg, συνιστούμε να στείλετε δείγμα ιστού κατεψυγμένου (σε υγρό άζωτο).
Εναιώρημα κυττάρων: Αριθμός κυττάρων = 3×107
*Συνιστούμε την αποστολή κατεψυγμένων κυτταρολυμάτων.Σε περίπτωση που αυτό το κελί μετράει μικρότερο από 5×105, συνιστάται η κατάψυξη σε υγρό άζωτο.
Δείγματα αίματος:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol και 2mL αίματος (TRIzol:Blood=3:1)
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Δοχείο: Σωλήνας φυγοκέντρησης 2 ml (δεν συνιστάται αλουμινόχαρτο)
Επισήμανση δείγματος: Ομάδα+αντίγραφο π.χ. A1, A2, A3;Β1, Β2, Β3... ...
Αποστολή:
1. Ξηρός πάγος: Τα δείγματα πρέπει να συσκευάζονται σε σάκους και να ταφούν σε ξηρό πάγο.
2.Σταθεροί σωλήνες RNA: Τα δείγματα RNA μπορούν να στεγνώσουν σε σωλήνα σταθεροποίησης RNA (π.χ. RNAstable®) και να αποσταλούν σε θερμοκρασία δωματίου.
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Σχεδιασμός πειράματος
Παράδοση δειγμάτων
Εκχύλιση RNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Βιοπληροφορική
1.Ταξινόμηση LncRNA
Το LncRNA που προβλέφθηκε από τα τέσσερα παραπάνω λογισμικά ταξινομήθηκε σε 4 κατηγορίες: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA.αίσθηση-LncRNA.Η ταξινόμηση LncRNA παρουσιάστηκε στο ιστόγραμμα παρακάτω.
Ταξινόμηση LncRNA
2.Cis-στοχευμένα γονίδια ανάλυσης εμπλουτισμού DE-lncRNA
Το ClusterProfiler χρησιμοποιήθηκε στην ανάλυση εμπλουτισμού GO σε γονίδια που στοχεύουν cis του διαφορικά εκφραζόμενου lncRNA (DE-lncRNA), όσον αφορά τις βιολογικές διεργασίες, τις μοριακές λειτουργίες και τα κυτταρικά συστατικά.Η ανάλυση εμπλουτισμού GO είναι μια διαδικασία για τον προσδιορισμό των κατευθυνόμενων από DEG όρων σημαντικά εμπλουτισμένου GO σε σύγκριση με ολόκληρο το γονιδίωμα.Οι εμπλουτισμένοι όροι παρουσιάστηκαν σε ιστόγραμμα, διάγραμμα φυσαλίδων κ.λπ. όπως φαίνεται παρακάτω.
Cis-στοχευμένα γονίδια ανάλυσης εμπλουτισμού DE-lncRNA -Διάγραμμα φυσαλίδων
3. Συγκρίνοντας το μήκος, τον αριθμό των εξονίων, το ORF και την ποσότητα έκφρασης του mRNA και του lncRNA, μπορούμε να κατανοήσουμε τις διαφορές στη δομή, την αλληλουχία και ούτω καθεξής μεταξύ τους και επίσης να επαληθεύσουμε εάν το νέο lncRNA που προβλέπεται από εμάς συμμορφώνεται με τα γενικά χαρακτηριστικά.
Θήκη BMK
Απορυθμισμένο προφίλ έκφρασης lncRNA στα αδενοκαρκινώματα πνεύμονα ποντικού με μετάλλαξη KRAS-G12D και P53 knockout
Δημοσίευσε:Journal of Cellular and Molecular Medicine,2019
Στρατηγική αλληλουχίας
Illumina
Συλλογή δειγμάτων
Τα κύτταρα NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) και τα κύτταρα αρνητικού ελέγχου (sh-Scr) ελήφθησαν την ημέρα 6 μιας συγκεκριμένης ιογενούς μόλυνσης.
Βασικά αποτελέσματα
Αυτή η μελέτη διερευνά τα ανώμαλα εκφραζόμενα lncRNA στο αδενοκαρκίνωμα πνεύμονα ποντικού με νοκ άουτ P53 και τη μετάλλαξη KrasG12D.
1,6424 lncRNA εκφράστηκαν διαφορικά (≥ 2 φορές αλλαγή, P < 0,05).
2. Μεταξύ και των 210 lncRNAs (FC≥8), η έκφραση 11 lncRNA ρυθμίστηκε από το P53, 33 lncRNA από το KRAS και 13 lncRNA από υποξία στα πρωτεύοντα κύτταρα KP, αντίστοιχα.
3.NONMMUT015812, το οποίο ρυθμίστηκε αξιοσημείωτα προς τα πάνω στο αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα ποντικού και ρυθμίστηκε αρνητικά από την επανέκφραση του P53, ανιχνεύθηκε για την ανάλυση της κυτταρικής του λειτουργίας.
4. Η καταστροφή του NONMMUT015812 από τα shRNA μείωσε τις ικανότητες πολλαπλασιασμού και μετανάστευσης των κυττάρων KP.Το NONMMUT015812 ήταν ένα πιθανό ογκογονίδιο.
 Ανάλυση οδού KEGG των διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων στα κύτταρα KP NONMMUT015812-knockdown |  Ανάλυση γονιδιακής οντολογίας των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων στα κύτταρα KP NONMMUT015812-knockdown |
Αναφορά
Απορυθμισμένο προφίλ έκφρασης lncRNA σε αδενοκαρκινώματα πνεύμονα ποντικού με μετάλλαξη KRAS-G12D και P53 knockout[J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
