Μακρά μη κωδικοποιητική αλληλούχιση-Illumina
Πλεονεκτήματα Υπηρεσίας
●Κοινή ανάλυση mRNA και lncRNAΣυνδυάζοντας την ποσοτικοποίηση των μεταγράφων mRNA με τη μελέτη του lncRNA και των στόχων του, είναι δυνατό να αποκτήσουμε μια εις βάθος επισκόπηση του ρυθμιστικού μηχανισμού που διέπει την κυτταρική απόκριση.
●Εκτεταμένη ΕμπειρογνωμοσύνηΈχουμε επεξεργαστεί πάνω από 230.000 δείγματα, που καλύπτουν ποικίλα δείγματα και στόχους έργων. Προσφέρουμε τον πλούτο της τεχνογνωσίας μας σε κάθε έργο.
●Κοινή ανάλυση mRNA και lncRNAΣυνδυάζουμε την ποσοτικοποίηση των μεταγράφων mRNA με τη μελέτη του lncRNA και των στόχων του, καθιστώντας δυνατή την εις βάθος επισκόπηση του ρυθμιστικού μηχανισμού που διέπει την κυτταρική απόκριση.
●Αυστηρός έλεγχος ποιότηταςΕφαρμόζουμε βασικά σημεία ελέγχου σε όλα τα στάδια, από την προετοιμασία δειγμάτων έως την προετοιμασία της βιβλιοθήκης, την αλληλούχιση και τη βιοπληροφορική. Η σχολαστική μας παρακολούθηση διασφαλίζει την παροχή αποτελεσμάτων σταθερά υψηλής ποιότητας.
●Πλήρης σχολιασμόςΧρησιμοποιούμε πολλαπλές βάσεις δεδομένων για να σχολιάσουμε λειτουργικά τα Διαφορικά Εκφραζόμενα Γονίδια (DEG) και να εκτελέσουμε αντίστοιχες αναλύσεις εμπλουτισμού. Αυτή η ολοκληρωμένη προσέγγιση παρέχει πληροφορίες σχετικά με τις κυτταρικές και μοριακές διεργασίες που διέπουν την απόκριση του μεταγραφώματος, διασφαλίζοντας ότι θα λάβετε όλες τις δυνατές πληροφορίες σχετικά με τα δεδομένα του πειράματός σας.
●Υποστήριξη μετά την πώλησηΚατανοούμε πόσο σημαντικό είναι να είμαστε παρόντες, γι' αυτό και η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με μια περίοδο εξυπηρέτησης μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε παρακολούθηση του έργου, βοήθεια στην αντιμετώπιση προβλημάτων και συνεδρίες ερωτήσεων και απαντήσεων για να απαντήσουμε σε τυχόν απορίες σχετικά με τα αποτελέσματα.
Απαιτήσεις Δείγματος και Παράδοση
| Βιβλιοθήκη | Πλατφόρμα | Προτεινόμενα δεδομένα | Ποιοτικός έλεγχος δεδομένων |
| κατευθυντική βιβλιοθήκη με εξαντλημένο rRNA | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Νουκλεοτίδια:
| Συγκέντρωση (ng/μl) | Ποσότητα (μg) | Καθαρότητα | Ακεραιότητα |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Περιορισμένη ή καθόλου μόλυνση από πρωτεΐνες ή DNA που εμφανίζεται στο τζελ. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; περιορισμένη ή καθόλου αρχική ανύψωση |
● Φυτά:
Ρίζα, Στέλεχος ή Πέταλο: 450 mg
Φύλλο ή σπόρος: 300 mg
Φρούτα: 1,2 γρ.
● Ζώο:
Καρδιά ή έντερο: 450 mg
Σπλάχνα ή Εγκέφαλος: 240 mg
Μύες: 600 mg
Οστά, μαλλιά ή δέρμα: 1,5 γρ.
● Αρθρόποδα:
Έντομα: 9 γρ.
Οστρακοειδή: 450 mg
● Ολικό αίμα:2 σωλήνες
● Κύτταρα: 106 κύτταρα
● Ορός και Πλάσμα: 6 ml
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Δοχείο: Φυγοκεντρικός σωλήνας 2 ml (Δεν συνιστάται η χρήση αλουμινόχαρτου)
Δείγμα επισήμανσης: Ομαδοποίηση+αναπαραγωγή π.χ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Αποστολή:
1. Ξηρός πάγος: Τα δείγματα πρέπει να συσκευάζονται σε σακούλες και να θάβονται σε ξηρό πάγο.
2. Σωλήνες RNAstable: Τα δείγματα RNA μπορούν να ξηρανθούν σε σωλήνα σταθεροποίησης RNA (π.χ. RNAstable®) και να αποσταλούν σε θερμοκρασία δωματίου.
Ροή εργασίας εξυπηρέτησης
Σχεδιασμός πειράματος
Παράδοση δειγμάτων
Εξαγωγή RNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλούχιση
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Βιοπληροφορική
- Ακατέργαστα δεδομένα
- Ποιοτικός έλεγχος δεδομένων
- Ευθυγράμμιση γονιδιώματος
- Δομή γονιδίων (Εναλλακτικό μάτισμα, βελτιστοποίηση δομής γονιδίων και πρόβλεψη νέων γονιδίων)
- Ποσοτικοποίηση γονιδιακής έκφρασης
- Ανάλυση διαφορικής έκφρασης
- Σχολιασμός και εμπλουτισμός DEG + Διαφορικά εκφρασμένα γονίδια-στόχοι lncRNA
- Ταυτοποίηση μεταγραφής
- Ταυτοποίηση lncRNA (διατήρηση lncRNA και γνωστό lncRNA)
- Πρόβλεψη γονιδίων-στόχων lncRNA
- Ποσοτικοποίηση έκφρασης lncRNA
- Κοινή ανάλυση με δεδομένα mRNA
Ανάλυση Διαφορικής Γονιδιακής Έκφρασης (DEGs)
Ποσοτικοποίηση της έκφρασης του lncRNA – ομαδοποίηση
Εμπλουτισμός γονιδίων-στόχων lncRNA
Ανάλυση θέσης mRNA και lncRNA από κοινού – Διάγραμμα Circos (ο μεσαίος κύκλος είναι το mRNA και ο εσωτερικός κύκλος είναι το lncRNA)
Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνονται από τις υπηρεσίες εξίσωσης lncRNA της BMKGene μέσα από μια επιμελημένη συλλογή δημοσιεύσεων.
Ji, H. et al. (2020) 'Ταυτοποίηση, λειτουργική πρόβλεψη και βασική επαλήθευση lncRNA των lncRNA που σχετίζονται με το ψυχρό στρες σε ήπαρ αρουραίων',Επιστημονικές Εκθέσεις2020 10:1, 10(1), σελ. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) «Η Ολοκληρωμένη Μεταγραφική Ανάλυση Αποκαλύπτει τον Ανοσολογικό Μηχανισμό για ένα Στέλεχος Κοινό Κυπρίνο Ανθεκτικό στον CyHV-3»,Σύνορα στην Ανοσολογία, 12, σελ. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) «Προτεραιότητα σε ανταγωνιστικά ενδογενή δίκτυα ρύθμισης RNA στον μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα, βασισμένη στην ενσωμάτωση πολλαπλών ομικών: Μοριακά χαρακτηριστικά και υποψήφια φάρμακα»,Τα σύνορα στην ογκολογία, 12, σελ. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) «Γενετική ανατομή του δικτύου συνέκφρασης γονιδίων που αποτελεί τη βάση της φωτοσύνθεσης στο Populus»,Περιοδικό Βιοτεχνολογίας Φυτών, 18(4), σελ. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) «Ένα Παγκόσμιο Ρυθμιστικό Δίκτυο για την Απορυθμισμένη Γονιδιακή Έκφραση και την Ανώμαλη Μεταβολική Σηματοδοσία σε Ανοσοποιητικά Κύτταρα στο Μικροπεριβάλλον της Νόσου Graves και της Θυρεοειδίτιδας Hashimoto»,Σύνορα στην Ανοσολογία, 13, σελ. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
