-
Μεταγονιδιωματική Αλληλουχία (NGS)
Το μεταγονιδίωμα αναφέρεται σε μια συλλογή συνολικού γενετικού υλικού μιας μεικτής κοινότητας οργανισμών, όπως περιβαλλοντικό μεταγονιδίωμα, ανθρώπινο μεταγονιδίωμα κ.λπ. Περιέχει γονιδιώματα καλλιεργήσιμων και μη καλλιεργήσιμων μικροοργανισμών.Η μεταγονιδιωματική αλληλουχία είναι ένα μοριακό εργαλείο που χρησιμοποιείται για την ανάλυση των μικτών γονιδιωματικών υλικών που εξάγονται από περιβαλλοντικά δείγματα, το οποίο παρέχει λεπτομερείς πληροφορίες για την ποικιλία και την αφθονία των ειδών, τη δομή του πληθυσμού, τη φυλογενετική σχέση, τα λειτουργικά γονίδια και το δίκτυο συσχέτισης με περιβαλλοντικούς παράγοντες.
Πλατφόρμα:Illumina NovaSeq6000
-
Μεταγονιδιωματική Αλληλουχία-Νανοπόρων
Η μεταγονιδιωματική είναι ένα μοριακό εργαλείο που χρησιμοποιείται για την ανάλυση των μικτών γονιδιωματικών υλικών που εξάγονται από περιβαλλοντικά δείγματα, το οποίο παρέχει λεπτομερείς πληροφορίες για την ποικιλία και την αφθονία των ειδών, τη δομή του πληθυσμού, τη φυλογενετική σχέση, τα λειτουργικά γονίδια και το δίκτυο συσχέτισης με περιβαλλοντικούς παράγοντες κ.λπ. σε μεταγονιδιωματικές μελέτες.Η εξαιρετική του απόδοση στο μήκος ανάγνωσης ενίσχυσε σε μεγάλο βαθμό τη μεταγονιδιωματική ανάλυση κατά την ροή, ειδικά τη συναρμολόγηση μεταγονιδιώματος.Αξιοποιώντας τα πλεονεκτήματα του μήκους ανάγνωσης, η μεταγονιδιωματική μελέτη που βασίζεται σε Nanpore είναι σε θέση να επιτύχει πιο συνεχή συναρμολόγηση σε σύγκριση με τη μεταγονιδιωματική του κυνηγετικού όπλου.Έχει δημοσιευθεί ότι η μεταγονιδιωματική που βασίζεται σε Nanopore δημιούργησε επιτυχώς πλήρη και κλειστά βακτηριακά γονιδιώματα από μικροβιώματα (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020)
Πλατφόρμα:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Η υπομονάδα στο 16S και 18S rRNA που περιέχει τόσο εξαιρετικά διατηρημένες όσο και υπερμεταβλητές περιοχές είναι ένα τέλειο μοριακό αποτύπωμα για την αναγνώριση προκαρυωτικών και ευκαρυωτικών οργανισμών.Εκμεταλλευόμενοι την αλληλουχία, αυτά τα αμπλικόνια μπορούν να στοχευθούν με βάση τα διατηρημένα μέρη και οι υπερ-μεταβλητές περιοχές μπορούν να χαρακτηριστούν πλήρως για μικροβιακή ταυτοποίηση συμβάλλοντας σε μελέτες που καλύπτουν ανάλυση μικροβιακής ποικιλότητας, ταξινόμηση, φυλογένεση κ.λπ. ) η αλληλουχία της πλατφόρμας PacBio επιτρέπει τη λήψη μακρών αναγνώσεων υψηλής ακρίβειας, οι οποίες θα μπορούσαν να καλύπτουν αμπλικόνια πλήρους μήκους (περίπου 1,5 Kb).Η διευρυμένη άποψη του γενετικού πεδίου ενίσχυσε σημαντικά την ανάλυση στον σχολιασμό ειδών στην κοινότητα βακτηρίων ή μυκήτων.
Πλατφόρμα:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Η αλληλουχία του αμπλικονίου 16S/18S/ITS στοχεύει στην αποκάλυψη της φυλογένεσης, της ταξινόμησης και της αφθονίας των ειδών σε μια μικροβιακή κοινότητα διερευνώντας προϊόντα PCR γενετικών δεικτών που περιέχουν τόσο πολύ συνομιλούμενα όσο και υπερμεταβλητά μέρη.Η εισαγωγή αυτών των τέλειων μοριακών δακτυλικών αποτυπωμάτων από τους Woeses et al, (1977) ενδυναμώνει το προφίλ μικροβιώματος χωρίς απομόνωση.Η αλληλούχιση του 16S (βακτήρια), του 18S (μύκητες) και του εσωτερικού μεταγραφόμενου διαχωριστή (ITS, μύκητες) επιτρέπει την ταυτοποίηση τόσο των άφθονων ειδών όσο και των σπάνιων και μη αναγνωρισμένων ειδών.Αυτή η τεχνολογία έχει γίνει ένα ευρέως εφαρμοσμένο και σημαντικό εργαλείο για τον εντοπισμό της διαφορικής μικροβιακής σύνθεσης σε διάφορα περιβάλλοντα, όπως το ανθρώπινο στόμα, τα έντερα, τα κόπρανα κ.λπ.
Πλατφόρμα:Illumina NovaSeq6000
-
Βακτηριακή και Μυκητιασική Ολόκληρη Ανα-αλληλουχία Γονιδιώματος
Ο επαναπροσδιορισμός της αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος βακτηρίων και μυκήτων είναι ένα κρίσιμο εργαλείο για την ολοκλήρωση των γονιδιωμάτων γνωστών βακτηρίων και μυκήτων, καθώς και για τη σύγκριση πολλαπλών γονιδιωμάτων ή για τη χαρτογράφηση γονιδιωμάτων νέων οργανισμών.Έχει μεγάλη σημασία η αλληλουχία ολόκληρων γονιδιωμάτων βακτηρίων και μυκήτων προκειμένου να δημιουργηθούν ακριβή γονιδιώματα αναφοράς, να γίνει μικροβιακή ταυτοποίηση και άλλες συγκριτικές μελέτες γονιδιώματος.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq 6000
-
Μυκητιασικό γονιδίωμα
Η Biomarker Technologies παρέχει έρευνα γονιδιώματος, λεπτό γονιδίωμα και πλήρες γονιδίωμα μυκήτων με πένες ανάλογα με τον συγκεκριμένο ερευνητικό στόχο.Η αλληλουχία γονιδιώματος, η συναρμολόγηση και ο λειτουργικός σχολιασμός μπορούν να επιτευχθούν συνδυάζοντας την αλληλουχία επόμενης γενιάς + την αλληλουχία τρίτης γενιάς για την επίτευξη συναρμολόγησης γονιδιώματος υψηλού επιπέδου.Η τεχνολογία Hi-C μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί για τη διευκόλυνση της συναρμολόγησης του γονιδιώματος σε επίπεδο χρωμοσωμάτων.
Πλατφόρμα:PacBio Sequel II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Πλήρες γονιδίωμα βακτηρίων
Η Biomarker Technologies παρέχει υπηρεσία προσδιορισμού αλληλουχίας για την κατασκευή πλήρους γονιδιώματος βακτηρίων με μηδενικό κενό.Η κύρια ροή εργασιών της κατασκευής πλήρους γονιδιώματος βακτηρίων περιλαμβάνει αλληλουχία τρίτης γενιάς, συναρμολόγηση, λειτουργικό σχολιασμό και προηγμένη βιοπληροφορική ανάλυση που εκπληρώνει συγκεκριμένους ερευνητικούς στόχους.Ένα πιο ολοκληρωμένο προφίλ του γονιδιώματος των βακτηρίων ενδυναμώνει την αποκάλυψη των θεμελιωδών μηχανισμών που διέπουν τις βιολογικές τους διεργασίες, κάτι που θα μπορούσε επίσης να αποτελέσει πολύτιμη αναφορά για γονιδιωματικές έρευνες σε ανώτερα ευκαρυωτικά είδη
Πλατφόρμα:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Sequel II
