Μεταγονιδιωματική Αλληλουχία-Νανοπόρων
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
ØΣυναρμολόγηση υψηλής ποιότητας-Βελτίωση της ακρίβειας αναγνώρισης ειδών και πρόβλεψης λειτουργικών γονιδίων
ØΚλειστή απομόνωση βακτηριακού γονιδιώματος
ØΠιο ισχυρή και αξιόπιστη εφαρμογή σε διάφορους τομείς, π.χ. ανίχνευση παθογόνων μικροοργανισμών ή γονιδίων που σχετίζονται με την αντίσταση στα αντιβιοτικά
ØΣυγκριτική ανάλυση μεταγονιδιώματος
Προδιαγραφές Υπηρεσίας
| ΑλληλουχίαΠλατφόρμα | Βιβλιοθήκη | Συνιστώμενη απόδοση δεδομένων | Εκτιμώμενος χρόνος περιστροφής |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K Ετικέτες | 30 μέρες |
Αναλύσεις βιοπληροφορικής
üΈλεγχος ποιότητας ακατέργαστων δεδομένων
üΣυναρμολόγηση μεταγονιδιώματος
üΜη περιττό σύνολο γονιδίων και σχολιασμός
üΑνάλυση ποικιλότητας ειδών
üΑνάλυση ποικιλότητας γενετικής λειτουργίας
üΑνάλυση μεταξύ ομάδων
üΑνάλυση συσχέτισης έναντι πειραματικών παραγόντων
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
Απαιτήσεις δειγμάτων:
ΓιαΕκχυλίσματα DNA:
| Τύπος δείγματος | Ποσό | Συγκέντρωση | Καθαρότητα |
| Εκχυλίσματα DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Για περιβαλλοντικά δείγματα:
| Τύπος δείγματος | Συνιστώμενη διαδικασία δειγματοληψίας |
| Εδαφος | Ποσότητα δειγματοληψίας: περίπου.5 g;Η εναπομείνασα μαραμένη ουσία πρέπει να αφαιρεθεί από την επιφάνεια.Τρίψτε μεγάλα κομμάτια και περάστε από φίλτρο 2 mm.Δείγματα δειγμάτων σε αποστειρωμένο EP-σωλήνα ή cyrotube για κράτηση. |
| Περιττώματα | Ποσότητα δειγματοληψίας: περίπου.5 g;Συλλέξτε και αποσπάστε δείγματα σε αποστειρωμένο σωλήνα EP ή κρυοσωλήνα για κράτηση. |
| Εντερικό περιεχόμενο | Τα δείγματα πρέπει να υποβάλλονται σε επεξεργασία υπό άσηπτες συνθήκες.Πλύνετε τον συλλεγμένο ιστό με PBS.Φυγοκεντρήστε το PBS και συλλέξτε το ίζημα σε σωλήνες EP. |
| Λάσπη | Ποσότητα δειγματοληψίας: περίπου.5 g;Συλλέξτε και κατανεμήστε δείγμα ιλύος σε αποστειρωμένο σωλήνα EP ή κρυοσωλήνα για κράτηση |
| Υδάτινο σώμα | Για δείγμα με περιορισμένη ποσότητα μικροβίων, όπως νερό βρύσης, νερό πηγαδιού κ.λπ., Συλλέξτε τουλάχιστον 1 L νερό και περάστε από φίλτρο 0,22 μm για να εμπλουτίσετε τα μικροβιακά στη μεμβράνη.Αποθηκεύστε τη μεμβράνη σε αποστειρωμένο σωλήνα. |
| Δέρμα | Ξύστε προσεκτικά την επιφάνεια του δέρματος με αποστειρωμένο βαμβάκι ή χειρουργική λεπίδα και τοποθετήστε το σε αποστειρωμένο σωληνάριο. |
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Καταψύξτε τα δείγματα σε υγρό άζωτο για 3-4 ώρες και αποθηκεύστε σε υγρό άζωτο ή -80 βαθμούς έως μακροχρόνια κράτηση.Απαιτείται αποστολή δειγμάτων με ξηρό πάγο.
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Παράδοση δειγμάτων
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
1.Heatmap: Συστάδες πλούτου ειδών
2. Λειτουργικά γονίδια σχολιασμένα στα μεταβολικά μονοπάτια KEGG
3.Δίκτυο συσχέτισης ειδών
4.Circos των γονιδίων αντίστασης στα αντιβιοτικά CARD
Θήκη BMK
Η μεταγονιδιωματική του νανοπόρου επιτρέπει την ταχεία κλινική διάγνωση της βακτηριακής λοίμωξης του κατώτερου αναπνευστικού
Δημοσίευσε:Nature Biotechnology, 2019
Τεχνικά Χαρακτηριστικά
Αλληλουχία: Nanopore MinION
Κλινική μεταγονιδιωματική βιοπληροφορική: Εξάντληση DNA ξενιστή, ανάλυση WIMP και ARMA
Ταχεία ανίχνευση: 6 ώρες
Υψηλή ευαισθησία: 96,6%
Βασικά αποτελέσματα
Το 2006, η λοίμωξη του κατώτερου αναπνευστικού (LR) προκάλεσε 3 εκατομμύρια ανθρώπινους θανάτους παγκοσμίως.Η τυπική μέθοδος για την ανίχνευση του παθογόνου LR1 είναι η καλλιέργεια, η οποία έχει χαμηλή ευαισθησία, μεγάλο χρόνο περιστροφής και είναι έλλειψη καθοδήγησης στην πρώιμη αντιβιοτική θεραπεία.Η ταχεία και ακριβής μικροβιακή διάγνωση ήταν εδώ και πολύ καιρό επείγουσα ανάγκη.Ο Δρ Justin από το Πανεπιστήμιο της Ανατολικής Αγγλίας και οι συνεργάτες του ανέπτυξαν με επιτυχία μια μεταγονιδιωματική μέθοδο βασισμένη σε Nanpore για την ανίχνευση παθογόνων.Σύμφωνα με τη ροή εργασίας τους, το 99,99% του DNA του ξενιστή μπορεί να εξαντληθεί.Η ανίχνευση σε παθογόνα και ανθεκτικά στα αντιβιοτικά γονίδια μπορεί να ολοκληρωθεί σε 6 ώρες.
Αναφορά
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Η μεταγονιδιωματική του νανοπόρου επιτρέπει την ταχεία κλινική διάγνωση της βακτηριακής λοίμωξης του κατώτερου αναπνευστικού.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
