Μεταγραφόμωμα πλήρους μήκους Nanopore

Η αλληλούχιση μεταγραφώματος νανοπόρων είναι μια ισχυρή μέθοδος για την αλληλούχιση cDNA πλήρους μήκους, αναγνωρίζοντας και ποσοτικοποιώντας με ακρίβεια τις ισομορφές των μεταγραφών. Το BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline έχει σχεδιαστεί για να αναλύει δεδομένα RNA-Seq που παράγονται στην πλατφόρμα Nanopore σε σχέση με ένα υψηλής ποιότητας καλά σχολιασμένο γονιδίωμα αναφοράς, παρέχοντας ποιοτική και ποσοτική ανάλυση τόσο σε επίπεδο γονιδίου όσο και μεταγραφής. Μετά τον ποιοτικό έλεγχο, λαμβάνονται μη χιμαιρικές (FLNC) αλληλουχίες πλήρους μήκους και οι συναινετικές αλληλουχίες χαρτογραφούνται στο γονιδίωμα αναφοράς για την απομάκρυνση των πλεοναζόντων μεταγραφών. Από αυτό το σύνολο μεταγραφών, η έκφραση ποσοτικοποιείται και τα διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια και μεταγραφές αναγνωρίζονται και σχολιάζονται λειτουργικά. Το pipeline περιλαμβάνει επίσης εναλλακτική ανάλυση πολυαδενυλίωσης (APA), εναλλακτική ανάλυση συρραφής, ανάλυση απλής επανάληψης αλληλουχίας (SSR), πρόβλεψη του lncRNA και των αντίστοιχων στόχων, πρόβλεψη κωδικοποιητικών αλληλουχιών (CDS), ανάλυση γονιδιακής οικογένειας, ανάλυση μεταγραφικού παράγοντα, πρόβλεψη νέων γονιδίων και λειτουργική σχολίαση μεταγραφών.