-
Αλληλουχία RNA ενός πυρήνα
Η πρόοδος στη σύλληψη μεμονωμένων κυττάρων και την τεχνική κατασκευής μεμονωμένων βιβλιοθηκών σε συνδυασμό με την αλληλουχία υψηλής απόδοσης επιτρέπει μελέτες γονιδιακής έκφρασης σε βάση κύτταρο προς κύτταρο.Επιτρέπει μια βαθύτερη και πλήρη ανάλυση συστήματος σε σύνθετους κυτταρικούς πληθυσμούς, στους οποίους αποφεύγει σε μεγάλο βαθμό την απόκρυψη της ετερογένειάς τους λαμβάνοντας τον μέσο όρο όλων των κυττάρων.
Ωστόσο, ορισμένα κύτταρα δεν είναι κατάλληλα για να μετατραπούν σε εναιώρημα μονοκυττάρου, επομένως χρειάζονται άλλες μέθοδοι προετοιμασίας δειγμάτων - η εξαγωγή πυρήνα από ιστούς, δηλαδή ο πυρήνας εξάγεται απευθείας από ιστούς ή κύτταρο και παρασκευάζεται σε εναιώρημα ενός πυρήνα για μονοπύρηνο αλληλουχία κυττάρων.
Η BMK παρέχει 10× Genomics ChromiumTM υπηρεσία προσδιορισμού αλληλουχίας μονοκυττάρου RNA.Αυτή η υπηρεσία έχει χρησιμοποιηθεί ευρέως σε μελέτες για μελέτες σχετικές με ασθένειες, όπως η διαφοροποίηση των ανοσοκυττάρων, η ετερογένεια του όγκου, η ανάπτυξη ιστών κ.λπ.
Τσιπ χωρικής μεταγραφής: 10× Genomics
Πλατφόρμα: Πλατφόρμα Illumina NovaSeq
-
Αλληλουχία Ολόκληρου Γονιδιώματος Φυτών/Ζωικών
Ο επαναπροσδιορισμός της αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος, γνωστός και ως WGS, επιτρέπει την αποκάλυψη τόσο κοινών όσο και σπάνιων μεταλλάξεων σε ολόκληρο το γονιδίωμα, συμπεριλαμβανομένου του απλού νουκλεοτιδικού πολυμορφισμού (SNP), της διαγραφής εισαγωγής (InDel), της παραλλαγής δομής (SV) και της παραλλαγής αριθμού αντιγράφου (CNV). ).Τα SV αποτελούν μεγαλύτερο μέρος της βάσης παραλλαγής από τα SNP και έχουν μεγαλύτερο αντίκτυπο στο γονιδίωμα, το οποίο έχει σημαντική επίδραση στους ζωντανούς οργανισμούς.Η επαναλαμβανόμενη αλληλουχία μακράς ανάγνωσης επιτρέπει την ακριβέστερη αναγνώριση μεγάλων θραυσμάτων και περίπλοκων παραλλαγών, επειδή οι μεγάλες αναγνώσεις καθιστούν πολύ ευκολότερη τη χρωμοσωμική διασταύρωση σε περίπλοκες περιοχές όπως οι διαδοχικές επαναλήψεις, οι πλούσιες σε GC/AT περιοχές και οι υπερ-μεταβλητές περιοχές.
Πλατφόρμα: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
Η χωρική μεταγραφική βρίσκεται στην πρώτη γραμμή της επιστημονικής καινοτομίας, δίνοντας τη δυνατότητα στους ερευνητές να εμβαθύνουν σε περίπλοκα πρότυπα γονιδιακής έκφρασης εντός των ιστών, διατηρώντας παράλληλα το χωρικό τους πλαίσιο.Ανάμεσα σε διάφορες πλατφόρμες, η BMKGene έχει αναπτύξει το BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip, το οποίο διαθέτειβελτιωμένη ανάλυσητων 5 μΜ, φθάνοντας στο υποκυτταρικό εύρος και ενεργοποιώνταςρυθμίσεις ανάλυσης πολλαπλών επιπέδων.Το τσιπ S1000, που διαθέτει περίπου 2 εκατομμύρια σημεία, χρησιμοποιεί μικροπηγάδια με στρώματα με σφαιρίδια φορτωμένα με ανιχνευτές σύλληψης με χωρικά γραμμικό κώδικα.Μια βιβλιοθήκη cDNA, εμπλουτισμένη με χωρικούς γραμμικούς κώδικες, προετοιμάζεται από το τσιπ S1000 και στη συνέχεια προσδιορίζεται η αλληλουχία στην πλατφόρμα Illumina NovaSeq.Ο συνδυασμός δειγμάτων με χωρικά γραμμωτό κώδικα και UMI διασφαλίζει την ακρίβεια και την ειδικότητα των δεδομένων που δημιουργούνται.Το μοναδικό χαρακτηριστικό του τσιπ BMKManu S1000 έγκειται στην ευελιξία του, προσφέροντας ρυθμίσεις ανάλυσης πολλαπλών επιπέδων που μπορούν να ρυθμιστούν με ακρίβεια σε διαφορετικούς ιστούς και επίπεδα λεπτομέρειας.Αυτή η προσαρμοστικότητα τοποθετεί το τσιπ ως εξαιρετική επιλογή για ποικίλες χωρικές μεταγραφικές μελέτες, διασφαλίζοντας ακριβή χωρική ομαδοποίηση με ελάχιστο θόρυβο.
Χρησιμοποιώντας το τσιπ BMKManu S1000 και άλλες τεχνολογίες χωρικής μεταγραφικής, οι ερευνητές μπορούν να κατανοήσουν καλύτερα τη χωρική οργάνωση των κυττάρων και τις πολύπλοκες μοριακές αλληλεπιδράσεις που συμβαίνουν μέσα στους ιστούς, παρέχοντας ανεκτίμητες πληροφορίες για τους μηχανισμούς που διέπουν τις βιολογικές διεργασίες σε ένα ευρύ φάσμα πεδίων, όπως ογκολογία, νευροεπιστήμη, αναπτυξιακή βιολογία, ανοσολογία και βοτανικές μελέτες.
Πλατφόρμα: τσιπ BMKManu S1000 και Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Η χωρική μεταγραφική είναι μια τεχνολογία αιχμής που επιτρέπει στους ερευνητές να διερευνήσουν τα πρότυπα γονιδιακής έκφρασης εντός των ιστών διατηρώντας παράλληλα το χωρικό τους πλαίσιο.Μια ισχυρή πλατφόρμα σε αυτόν τον τομέα είναι το 10x Genomics Visium σε συνδυασμό με την αλληλουχία Illumina.Η αρχή του 10X Visium βρίσκεται σε ένα εξειδικευμένο τσιπ με μια καθορισμένη περιοχή σύλληψης όπου τοποθετούνται τμήματα ιστού.Αυτή η περιοχή σύλληψης περιέχει σημεία με γραμμωτό κώδικα, καθένα από τα οποία αντιστοιχεί σε μια μοναδική χωρική θέση μέσα στον ιστό.Τα δεσμευμένα μόρια RNA από τον ιστό στη συνέχεια επισημαίνονται με μοναδικά μοριακά αναγνωριστικά (UMIs) κατά τη διάρκεια της διαδικασίας αντίστροφης μεταγραφής.Αυτά τα σημεία με γραμμωτό κώδικα και τα UMI επιτρέπουν την ακριβή χωρική χαρτογράφηση και τον ποσοτικό προσδιορισμό της γονιδιακής έκφρασης σε ανάλυση ενός κυττάρου.Ο συνδυασμός δειγμάτων με χωρικά γραμμωτό κώδικα και UMI διασφαλίζει την ακρίβεια και την ειδικότητα των δεδομένων που δημιουργούνται.Χρησιμοποιώντας αυτήν την τεχνολογία Spatial Transcriptomics, οι ερευνητές μπορούν να αποκτήσουν μια βαθύτερη κατανόηση της χωρικής οργάνωσης των κυττάρων και των πολύπλοκων μοριακών αλληλεπιδράσεων που συμβαίνουν μέσα στους ιστούς, προσφέροντας πολύτιμες γνώσεις για τους μηχανισμούς που διέπουν τις βιολογικές διεργασίες σε πολλούς τομείς, όπως ογκολογία, νευροεπιστήμη, αναπτυξιακή βιολογία, ανοσολογία και βοτανικές μελέτες.
Πλατφόρμα: 10X Genomics Visium και Illumina NovaSeq
-
Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore
Ενώ η αλληλουχία mRNA που βασίζεται σε NGS χρησιμεύει ως ένα ευέλικτο εργαλείο για την ποσοτικοποίηση της γονιδιακής έκφρασης, η εξάρτησή της από σύντομες αναγνώσεις περιορίζει την αποτελεσματικότητά της σε πολύπλοκες μεταγραφικές αναλύσεις.Η αλληλουχία νανοπόρων, από την άλλη πλευρά, χρησιμοποιεί τεχνολογία μακράς ανάγνωσης, επιτρέποντας τον προσδιορισμό της αλληλουχίας μεταγραφών mRNA πλήρους μήκους.Αυτή η προσέγγιση διευκολύνει μια ολοκληρωμένη διερεύνηση εναλλακτικών ματίσματος, συντήξεων γονιδίων, πολυ-αδενυλίωσης και ποσοτικοποίησης ισομορφών mRNA.
Η αλληλουχία νανοπόρων βασίζεται σε ηλεκτρικά σήματα ενός μορίου νανοπόρων σε πραγματικό χρόνο.Καθοδηγούμενο από πρωτεΐνες κινητήρα, το δίκλωνο DNA συνδέεται με πρωτεΐνες νανοπόρου που είναι ενσωματωμένες σε ένα βιοφίλμ, ξετυλίγοντας καθώς διέρχεται από το κανάλι νανοπόρου υπό διαφορά τάσης.Τα διακριτικά ηλεκτρικά σήματα που παράγονται από διαφορετικές βάσεις στον κλώνο του DNA ανιχνεύονται και ταξινομούνται σε πραγματικό χρόνο, διευκολύνοντας την ακριβή και συνεχή αλληλουχία νουκλεοτιδίων.Αυτή η καινοτόμος προσέγγιση ξεπερνά τους περιορισμούς σύντομης ανάγνωσης και παρέχει μια δυναμική πλατφόρμα για περίπλοκη γονιδιωματική ανάλυση, περιλαμβάνει περίπλοκες μεταγραφικές μελέτες.
Πλατφόρμα: Nanopore Promethion P48
-
Αλληλουχία mRNA πλήρους μήκους - PacBio
Ενώ η αλληλουχία mRNA που βασίζεται σε NGS είναι ένα ευέλικτο εργαλείο για τον ποσοτικό προσδιορισμό της γονιδιακής έκφρασης, η εξάρτησή του από σύντομες αναγνώσεις περιορίζει τη χρήση του σε πολύπλοκες μεταγραφικές αναλύσεις.Η αλληλούχιση PacBio (Iso-Seq), από την άλλη πλευρά, χρησιμοποιεί τεχνολογία μακράς ανάγνωσης, επιτρέποντας τον προσδιορισμό της αλληλουχίας μεταγραφών mRNA πλήρους μήκους.Αυτή η προσέγγιση διευκολύνει μια ολοκληρωμένη διερεύνηση εναλλακτικού ματίσματος, συντήξεων γονιδίων και πολυ-αδενυλίωσης, αν και δεν είναι η κύρια επιλογή για τον ποσοτικό προσδιορισμό της γονιδιακής έκφρασης, λόγω του μεγάλου όγκου δεδομένων που απαιτούνται.
Η τεχνολογία αλληλούχισης PacBio βασίζεται στην αλληλουχία ενός μορίου, σε πραγματικό χρόνο (SMRT), παρέχοντας ένα ξεχωριστό πλεονέκτημα στη σύλληψη μεταγραφών mRNA πλήρους μήκους.Αυτή η καινοτόμος προσέγγιση περιλαμβάνει τη χρήση κυματοδηγών μηδενικής λειτουργίας (ZMW), μικροκατασκευασμένων φρεατίων που επιτρέπουν την παρατήρηση σε πραγματικό χρόνο της δραστηριότητας της DNA πολυμεράσης κατά τη διάρκεια της αλληλούχισης.Μέσα σε αυτά τα ZMW, η DNA πολυμεράση του PacBio συνθέτει μια συμπληρωματική αλυσίδα DNA, δημιουργώντας μεγάλες αναγνώσεις που καλύπτουν το σύνολο των μεταγραφών mRNA.Η λειτουργία PacBio στη λειτουργία Circular Consensus sequencing (CCS) ενισχύει την ακρίβεια με την επαναλαμβανόμενη αλληλούχιση του ίδιου μορίου.Οι δημιουργούμενες αναγνώσεις HiFi έχουν ακρίβεια συγκρίσιμη με το NGS, συμβάλλοντας περαιτέρω σε μια ολοκληρωμένη και αξιόπιστη ανάλυση πολύπλοκων μεταγραφικών χαρακτηριστικών.Πλατφόρμα: PacBio Sequel II
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
Ο προσδιορισμός αλληλουχίας mRNA ενισχύει την ολοκληρωμένη δημιουργία προφίλ όλων των μεταγραφών mRNA εντός των κυττάρων υπό συγκεκριμένες συνθήκες.Αυτή η τεχνολογία αιχμής χρησιμεύει ως ένα ισχυρό εργαλείο, αποκαλύπτοντας περίπλοκα προφίλ γονιδιακής έκφρασης, γονιδιακές δομές και μοριακούς μηχανισμούς που σχετίζονται με ποικίλες βιολογικές διεργασίες.Ευρέως υιοθετημένο στη θεμελιώδη έρευνα, την κλινική διάγνωση και την ανάπτυξη φαρμάκων, η αλληλουχία mRNA προσφέρει πληροφορίες για τις περιπλοκές της κυτταρικής δυναμικής και της γενετικής ρύθμισης.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq X
-
Μη βασισμένη στην αναφορά mRNA Sequencing-Illumina
Ο προσδιορισμός αλληλουχίας mRNA ενισχύει την ολοκληρωμένη δημιουργία προφίλ όλων των μεταγραφών mRNA εντός των κυττάρων υπό συγκεκριμένες συνθήκες.Αυτή η τεχνολογία αιχμής χρησιμεύει ως ένα ισχυρό εργαλείο, αποκαλύπτοντας περίπλοκα προφίλ γονιδιακής έκφρασης, γονιδιακές δομές και μοριακούς μηχανισμούς που σχετίζονται με ποικίλες βιολογικές διεργασίες.Ευρέως υιοθετημένο στη θεμελιώδη έρευνα, την κλινική διάγνωση και την ανάπτυξη φαρμάκων, η αλληλουχία mRNA προσφέρει πληροφορίες για τις περιπλοκές της κυτταρικής δυναμικής και της γενετικής ρύθμισης.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq X
-
Μακρά μη κωδικοποιητική αλληλουχία-Illumina
Τα μακρά μη κωδικοποιητικά RNA (lncRNAs) είναι RNA μεγαλύτερα από 200 νουκλεοτίδια που διαθέτουν ελάχιστο δυναμικό κωδικοποίησης και αποτελούν βασικά στοιχεία εντός του μη κωδικοποιητικού RNA.Αυτά τα RNA που βρίσκονται στον πυρήνα και το κυτταρόπλασμα παίζουν κρίσιμους ρόλους στην επιγενετική, μεταγραφική και μετα-μεταγραφική ρύθμιση, υπογραμμίζοντας τη σημασία τους στη διαμόρφωση κυτταρικών και μοριακών διεργασιών.Η αλληλουχία LncRNA είναι ένα ισχυρό εργαλείο για τη διαφοροποίηση των κυττάρων, την οντογένεση και τις ανθρώπινες ασθένειες.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq
-
Small RNA sequencing-Illumina
Τα μικρά μόρια RNA (sRNA), συνήθως κάτω από 200 νουκλεοτίδια σε μήκος, περιλαμβάνουν microRNA (miRNAs), μικρά παρεμβαλλόμενα RNA (siRNA) και RNA που αλληλεπιδρούν με piwi (piRNAs).Μεταξύ αυτών, τα miRNA, μήκους περίπου 20-24 νουκλεοτιδίων, είναι ιδιαίτερα αξιοσημείωτα για τον κεντρικό ρυθμιστικό τους ρόλο σε διάφορες κυτταρικές διεργασίες.Με μοτίβα έκφρασης ειδικά για τον ιστό και για το στάδιο, τα miRNAs παρουσιάζουν υψηλή διατήρηση σε διαφορετικά είδη.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq
-
circRNA sequencing-Illumina
Ο προσδιορισμός της κυκλικής αλληλουχίας RNA (circRNA-seq) είναι το προφίλ και η ανάλυση κυκλικών RNA, μιας κατηγορίας μορίων RNA που σχηματίζουν κλειστούς βρόχους λόγω μη κανονικών γεγονότων ματίσματος, παρέχοντας σε αυτά τα RNA αυξημένη σταθερότητα.Ενώ ορισμένα circRNAs έχει αποδειχθεί ότι δρουν ως σπόγγοι microRNA, απομονώνοντας τα microRNA και εμποδίζοντάς τα να ρυθμίζουν τα mRNA-στόχους τους, άλλα circRNA μπορεί να αλληλεπιδρούν με πρωτεΐνες, να ρυθμίζουν την έκφραση γονιδίων ή να έχουν ρόλους σε κυτταρικές διεργασίες.Η ανάλυση έκφρασης circRNA παρέχει πληροφορίες για τους ρυθμιστικούς ρόλους αυτών των μορίων και τη σημασία τους σε διάφορες κυτταρικές διεργασίες, αναπτυξιακά στάδια και καταστάσεις ασθένειας, συμβάλλοντας σε μια βαθύτερη κατανόηση της πολυπλοκότητας της ρύθμισης του RNA στο πλαίσιο της γονιδιακής έκφρασης.
-
Ολόκληρη αλληλουχία μεταγραφών – Illumina
Η αλληλουχία ολόκληρου του μεταγραφώματος προσφέρει μια ολοκληρωμένη προσέγγιση για τη δημιουργία προφίλ διαφορετικών μορίων RNA, που περιλαμβάνει τόσο κωδικοποιητικά (mRNA) όσο και μη κωδικοποιητικά RNA (lncRNA, circRNA και miRNA).Αυτή η τεχνική συλλαμβάνει το πλήρες μεταγράφημα συγκεκριμένων κυττάρων σε μια δεδομένη στιγμή, επιτρέποντας μια ολιστική κατανόηση των κυτταρικών διεργασιών.Γνωστό και ως «συνολική αλληλουχία RNA», στοχεύει στην αποκάλυψη περίπλοκων ρυθμιστικών δικτύων σε επίπεδο μεταγραφώματος, επιτρέποντας σε βάθος ανάλυση όπως ανταγωνιστικό ενδογενές RNA (ceRNA) και ανάλυση RNA αρθρώσεων.Αυτό σηματοδοτεί το αρχικό βήμα προς τον λειτουργικό χαρακτηρισμό, ιδιαίτερα στην αποκάλυψη των ρυθμιστικών δικτύων που περιλαμβάνουν αλληλεπιδράσεις ceRNA που βασίζονται σε circRNA-miRNA-mRNA.
