-
Αλληλουχία ανοσοκατακρήμνισης χρωματίνης (ChIP-seq)
Το ChIP-Seq παρέχει προφίλ σε ολόκληρο το γονιδίωμα στόχων DNA για τροποποίηση ιστόνης, παράγοντες μεταγραφής και άλλες πρωτεΐνες που σχετίζονται με το DNA.Συνδυάζει την επιλεκτικότητα της ανοσοκατακρήμνισης χρωματίνης (ChIP) για την ανάκτηση συγκεκριμένων συμπλεγμάτων πρωτεΐνης-DNA, με τη δύναμη της αλληλουχίας επόμενης γενιάς (NGS) για προσδιορισμό αλληλουχίας υψηλής απόδοσης του ανακτημένου DNA.Επιπλέον, επειδή τα σύμπλοκα πρωτεΐνης-DNA ανακτώνται από ζωντανά κύτταρα, οι θέσεις δέσμευσης μπορούν να συγκριθούν σε διαφορετικούς κυτταρικούς τύπους και ιστούς ή υπό διαφορετικές συνθήκες.Οι εφαρμογές κυμαίνονται από τη μεταγραφική ρύθμιση έως τα αναπτυξιακά μονοπάτια στους μηχανισμούς ασθενειών και όχι μόνο.
Πλατφόρμα: Πλατφόρμα Illumina NovaSeq
-
Μεταγονιδιωματική Αλληλουχία -NGS
Το μεταγονιδίωμα αναφέρεται σε μια συλλογή συνολικού γενετικού υλικού μιας μεικτής κοινότητας οργανισμών, όπως περιβαλλοντικό μεταγονιδίωμα, ανθρώπινο μεταγονιδίωμα κ.λπ. Περιέχει γονιδιώματα καλλιεργήσιμων και μη καλλιεργήσιμων μικροοργανισμών.Η μεταγονιδιωματική αλληλουχία είναι ένα μοριακό εργαλείο που χρησιμοποιείται για την ανάλυση των μικτών γονιδιωματικών υλικών που εξάγονται από περιβαλλοντικά δείγματα, το οποίο παρέχει λεπτομερείς πληροφορίες για την ποικιλία και την αφθονία των ειδών, τη δομή του πληθυσμού, τη φυλογενετική σχέση, τα λειτουργικά γονίδια και το δίκτυο συσχέτισης με περιβαλλοντικούς παράγοντες.
Πλατφόρμα:Πλατφόρμα Illumina NovaSeq
-
Μεταγονιδιωματική Αλληλουχία-Nanopore
Η μεταγονιδιωματική είναι ένα μοριακό εργαλείο που χρησιμοποιείται για την ανάλυση των μικτών γονιδιωματικών υλικών που εξάγονται από περιβαλλοντικά δείγματα, το οποίο παρέχει λεπτομερείς πληροφορίες για την ποικιλία και την αφθονία των ειδών, τη δομή του πληθυσμού, τη φυλογενετική σχέση, τα λειτουργικά γονίδια και το δίκτυο συσχέτισης με περιβαλλοντικούς παράγοντες κ.λπ. σε μεταγονιδιωματικές μελέτες.Η εξαιρετική του απόδοση στο μήκος ανάγνωσης ενίσχυσε σε μεγάλο βαθμό τη μεταγονιδιωματική ανάλυση μεταγενέστερης ροής, ειδικά τη συναρμολόγηση μεταγονιδιώματος.Αξιοποιώντας τα πλεονεκτήματα του μήκους ανάγνωσης, η μεταγονιδιωματική μελέτη που βασίζεται σε Nanpore είναι σε θέση να επιτύχει πιο συνεχή συναρμολόγηση σε σύγκριση με τη μεταγονιδιωματική του πυροβόλου όπλου.Έχει δημοσιευτεί ότι η μεταγονιδιωματική που βασίζεται σε Nanopore δημιούργησε με επιτυχία πλήρη και κλειστά βακτηριακά γονιδιώματα από μικροβιώματα (Moss, EL, et. al.,Nature Biotech, 2020)
Πλατφόρμα:Nanopore PromethION P48
-
Αλληλουχία διθειώδους ολικού γονιδιώματος
Η μεθυλίωση του DNA στην πέμπτη θέση στην κυτοσίνη (5-mC) έχει θεμελιώδη επίδραση στη γονιδιακή έκφραση και την κυτταρική δραστηριότητα.Τα μη φυσιολογικά πρότυπα μεθυλίωσης έχουν συσχετιστεί με διάφορες καταστάσεις και ασθένειες, όπως ο καρκίνος.Το WGBS έχει γίνει το χρυσό πρότυπο για τη μελέτη της μεθυλίωσης σε όλο το γονιδίωμα σε ανάλυση μίας βάσης.
Πλατφόρμα: Πλατφόρμα Illumina NovaSeq
-
Δοκιμασία για προσβάσιμη σε τρανσποζάση χρωματίνη με αλληλουχία υψηλής απόδοσης (ATAC-seq)
Το ATAC-seq είναι μια μέθοδος προσδιορισμού αλληλουχίας υψηλής απόδοσης για την ανάλυση της προσβασιμότητας της χρωματίνης σε όλο το γονιδίωμα, η οποία είναι σημαντική για τον παγκόσμιο επιγενετικό έλεγχο της γονιδιακής έκφρασης.Οι προσαρμογείς προσδιορισμού αλληλουχίας εισάγονται σε ανοιχτές περιοχές χρωματίνης με υπερδραστήρια τρανσποτάση Tn5.Μετά την ενίσχυση PCR, κατασκευάζεται μια βιβλιοθήκη αλληλουχίας.Όλες οι ανοιχτές περιοχές χρωματίνης μπορούν να ληφθούν υπό μια συγκεκριμένη χωροχρονική συνθήκη, όχι μόνο περιορισμένη στις θέσεις δέσμευσης ενός παράγοντα μεταγραφής ή μιας συγκεκριμένης περιοχής τροποποιημένης ιστόνης.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Η υπομονάδα στο 16S και 18S rRNA που περιέχει τόσο εξαιρετικά συντηρημένες όσο και υπερμεταβλητές περιοχές είναι ένα τέλειο μοριακό αποτύπωμα για την αναγνώριση προκαρυωτικών και ευκαρυωτικών οργανισμών.Εκμεταλλευόμενοι την αλληλουχία, αυτά τα αμπλικόνια μπορούν να στοχευθούν με βάση τα διατηρημένα μέρη και οι υπερ-μεταβλητές περιοχές μπορούν να χαρακτηριστούν πλήρως για μικροβιακή ταυτοποίηση συμβάλλοντας σε μελέτες που καλύπτουν ανάλυση μικροβιακής ποικιλότητας, ταξινόμηση, φυλογένεση κ.λπ. Μεμονωμένο μόριο σε πραγματικό χρόνο (SMRT ) η αλληλουχία της πλατφόρμας PacBio επιτρέπει τη λήψη μακρών αναγνώσεων υψηλής ακρίβειας, οι οποίες θα μπορούσαν να καλύπτουν αμπλικόνια πλήρους μήκους (περίπου 1,5 Kb).Η διευρυμένη άποψη του γενετικού πεδίου ενίσχυσε σημαντικά την ανάλυση στον σχολιασμό ειδών στην κοινότητα βακτηρίων ή μυκήτων.
Πλατφόρμα:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Η αλληλουχία του αμπλικονίου 16S/18S/ITS στοχεύει στην αποκάλυψη της φυλογένεσης, της ταξινόμησης και της αφθονίας των ειδών σε μια μικροβιακή κοινότητα διερευνώντας προϊόντα PCR γενετικών δεικτών που περιέχουν τόσο πολύ συνομιλούμενα όσο και υπερμεταβλητά μέρη.Η εισαγωγή αυτών των τέλειων μοριακών δακτυλικών αποτυπωμάτων από τους Woeses et al, (1977) ενδυναμώνει το προφίλ μικροβιώματος χωρίς απομόνωση.Η αλληλούχιση του 16S (βακτήρια), του 18S (μύκητες) και του εσωτερικού μεταγραφόμενου διαχωριστή (ITS, μύκητες) επιτρέπει την ταυτοποίηση τόσο των άφθονων ειδών όσο και των σπάνιων και μη αναγνωρισμένων ειδών.Αυτή η τεχνολογία έχει γίνει ένα ευρέως εφαρμοσμένο και σημαντικό εργαλείο για τον εντοπισμό της διαφορικής μικροβιακής σύνθεσης σε διάφορα περιβάλλοντα, όπως το ανθρώπινο στόμα, τα έντερα, τα κόπρανα κ.λπ.
Πλατφόρμα:Πλατφόρμα Illumina NovaSeq
-
Βακτηριακή και Μυκητιακή Ολόκληρη Ανα-αλληλουχία Γονιδιώματος
Ο επαναπροσδιορισμός της αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος βακτηρίων και μυκήτων είναι ένα κρίσιμο εργαλείο για την ολοκλήρωση των γονιδιωμάτων γνωστών βακτηρίων και μυκήτων, καθώς και για τη σύγκριση πολλαπλών γονιδιωμάτων ή για τη χαρτογράφηση γονιδιωμάτων νέων οργανισμών.Έχει μεγάλη σημασία η αλληλουχία ολόκληρων γονιδιωμάτων βακτηρίων και μυκήτων προκειμένου να δημιουργηθούν ακριβή γονιδιώματα αναφοράς, να γίνει μικροβιακή ταυτοποίηση και άλλες συγκριτικές μελέτες γονιδιώματος.
Πλατφόρμα: Πλατφόρμα Illumina NovaSeq
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Η πλατφόρμα Amplicon (16S/18S/ITS) έχει αναπτυχθεί με πολυετή εμπειρία στην ανάλυση έργων μικροβιακής ποικιλότητας, η οποία περιέχει τυποποιημένη βασική ανάλυση και εξατομικευμένη ανάλυση: η βασική ανάλυση καλύπτει το κύριο περιεχόμενο ανάλυσης της τρέχουσας μικροβιακής έρευνας, το περιεχόμενο ανάλυσης είναι πλούσιο και περιεκτικό, και τα αποτελέσματα της ανάλυσης παρουσιάζονται με τη μορφή εκθέσεων έργου.Το περιεχόμενο της εξατομικευμένης ανάλυσης είναι ποικίλο.Τα δείγματα μπορούν να επιλεγούν και οι παράμετροι μπορούν να ρυθμιστούν με ευελιξία σύμφωνα με τη βασική αναφορά ανάλυσης και τον ερευνητικό σκοπό, για την πραγματοποίηση εξατομικευμένων απαιτήσεων.Λειτουργικό σύστημα Windows, απλό και γρήγορο.
-
PacBio-Πλήρης μεταγραφή (Μη Αναφορά)
Λαμβάνοντας ως είσοδο δεδομένα αλληλουχίας ισομορφών Pacific Biosciences (PacBio), αυτή η εφαρμογή είναι σε θέση να αναγνωρίσει αλληλουχίες μεταγραφής πλήρους μήκους (χωρίς συναρμολόγηση).Με χαρτογράφηση πλήρους μήκους αλληλουχιών έναντι του γονιδιώματος αναφοράς, τα μεταγραφήματα μπορούν να βελτιστοποιηθούν από γνωστά γονίδια, μεταγραφές, κωδικοποιητικές περιοχές, κ.λπ.Η κοινή ανάλυση με δεδομένα αλληλουχίας μεταγραφής NGS επιτρέπει πιο ολοκληρωμένο σχολιασμό και πιο ακριβή ποσοτικοποίηση στην έκφραση σε επίπεδο μεταγραφής, κάτι που ωφελεί σε μεγάλο βαθμό τη διαφορική έκφραση και τη λειτουργική ανάλυση κατάντη.
-
Αλληλουχία διθειώδους μειωμένης αναπαράστασης (RRBS)
Η έρευνα για τη μεθυλίωση του DNA ήταν πάντα ένα καυτό θέμα στην έρευνα ασθενειών και σχετίζεται στενά με την έκφραση γονιδίων και τα φαινοτυπικά χαρακτηριστικά.Το RRBS είναι μια ακριβής, αποτελεσματική και οικονομική μέθοδος για την έρευνα μεθυλίωσης DNA.Ο εμπλουτισμός των περιοχών του υποκινητή και της νησίδας CpG με ενζυματική διάσπαση (Msp I), σε συνδυασμό με την αλληλουχία διθειώδους, παρέχει ανίχνευση μεθυλίωσης DNA υψηλής ανάλυσης.
Πλατφόρμα: Πλατφόρμα Illumina NovaSeq
-
Προκαρυωτική αλληλουχία mRNA
Ο προσδιορισμός αλληλουχίας mRNA ενισχύει την ολοκληρωμένη δημιουργία προφίλ όλων των μεταγραφών mRNA εντός των κυττάρων υπό συγκεκριμένες συνθήκες.Αυτή η τεχνολογία αιχμής χρησιμεύει ως ένα ισχυρό εργαλείο, αποκαλύπτοντας περίπλοκα προφίλ γονιδιακής έκφρασης, γονιδιακές δομές και μοριακούς μηχανισμούς που σχετίζονται με ποικίλες βιολογικές διεργασίες.Ευρέως υιοθετημένο στη θεμελιώδη έρευνα, την κλινική διάγνωση και την ανάπτυξη φαρμάκων, η αλληλουχία mRNA προσφέρει πληροφορίες για τις περιπλοκές της κυτταρικής δυναμικής και της γενετικής ρύθμισης.Η επεξεργασία δειγμάτων προκαρυωτικού mRNA μας είναι προσαρμοσμένη για προκαρυωτικά μεταγραφώματα, που περιλαμβάνει εξάντληση rRNA και προετοιμασία κατευθυντικής βιβλιοθήκης.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq X
