Αλληλούχιση Μικρού RNA-Illumina
Χαρακτηριστικά
● Προετοιμασία βιβλιοθήκης επιλογής μεγέθους.
● Βιοπληροφορική ανάλυση με επίκεντρο την πρόβλεψη και τους στόχους των miRNA.
Πλεονεκτήματα Υπηρεσίας
●Εκτεταμένη ΕμπειρογνωμοσύνηΈχουμε επεξεργαστεί πάνω από 300 δείγματα, που καλύπτουν ποικίλους τύπους δειγμάτων. Φέρνουμε τον πλούτο της τεχνογνωσίας μας σε κάθε έργο.
●Αυστηρός έλεγχος ποιότηταςΕφαρμόζουμε βασικά σημεία ελέγχου σε όλα τα στάδια, από την προετοιμασία δειγμάτων έως την προετοιμασία της βιβλιοθήκης, την αλληλούχιση και τη βιοπληροφορική. Η σχολαστική μας παρακολούθηση διασφαλίζει την παροχή αποτελεσμάτων σταθερά υψηλής ποιότητας.
●Ολοκληρωμένη βιοπληροφορική ανάλυση:Επιτρέπει την αναγνώριση τόσο γνωστών όσο και νέων miRNAs, την αναγνώριση στόχων miRNAs και την αντίστοιχη λειτουργική σχολίαση και εμπλουτισμό με πολλαπλές βάσεις δεδομένων (KEGG, GO).
●Υποστήριξη μετά την πώλησηΚατανοούμε πόσο σημαντικό είναι να είμαστε παρόντες, γι' αυτό και η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με μια περίοδο εξυπηρέτησης μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε παρακολούθηση του έργου, βοήθεια στην αντιμετώπιση προβλημάτων και συνεδρίες ερωτήσεων και απαντήσεων για να απαντήσουμε σε τυχόν απορίες σχετικά με τα αποτελέσματα.
Απαιτήσεις Δείγματος και Παράδοση
| Βιβλιοθήκη | Πλατφόρμα | Προτεινόμενα δεδομένα | Ποιοτικός έλεγχος δεδομένων |
| Επιλεγμένο μέγεθος | Illumina SE50 | 10 εκατομμύρια-20 εκατομμύρια αναγνώσεις | Q30≥85% |
Απαιτήσεις Δείγματος:
Νουκλεοτίδια:
| Συγκέντρωση (ng/μl) | Ποσότητα (μg) | Καθαρότητα | Ακεραιότητα |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Περιορισμένη ή καθόλου μόλυνση από πρωτεΐνες ή DNA που εμφανίζεται στο τζελ. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; περιορισμένη ή καθόλου αρχική ανύψωση |
● Φυτά:
Ρίζα, Στέλεχος ή Πέταλο: 450 mg
Φύλλο ή σπόρος: 300 mg
Φρούτα: 1,2 γρ.
● Ζώο:
Καρδιά ή έντερο: 450 mg
Σπλάχνα ή Εγκέφαλος: 240 mg
Μύες: 600 mg
Οστά, μαλλιά ή δέρμα: 1,5 γρ.
● Αρθρόποδα:
Έντομα: 9 γρ.
Οστρακοειδή: 450 mg
● Ολικό αίμα: 2 σωλήνες
● Κύτταρα: 106 κύτταρα
● Ορός και Πλάσμα:6 ml
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Δοχείο: Φυγοκεντρικός σωλήνας 2 ml (Δεν συνιστάται η χρήση αλουμινόχαρτου)
Δείγμα επισήμανσης: Ομαδοποίηση+αναπαραγωγή π.χ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Αποστολή:
1. Ξηρός πάγος: Τα δείγματα πρέπει να συσκευάζονται σε σακούλες και να θάβονται σε ξηρό πάγο.
2. Σωλήνες RNAstable: Τα δείγματα RNA μπορούν να ξηρανθούν σε σωλήνα σταθεροποίησης RNA (π.χ. RNAstable®) και να αποσταλούν σε θερμοκρασία δωματίου.
Ροή εργασίας εξυπηρέτησης
Σχεδιασμός πειράματος
Παράδοση δειγμάτων
Εξαγωγή RNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλούχιση
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Βιοπληροφορική
● Έλεγχος ποιότητας ακατέργαστων δεδομένων
● Ταξινόμηση μικρού RNA
● Έκφραση miRNA και ανάλυση διαφορικής έκφρασης
● σχολιασμός γονιδίου-στόχου miRNA και διαφορικά εκφραζόμενου γονιδίου-στόχου miRNA
● Σχολιασμός γονιδίου-στόχου και εμπλουτισμός της λειτουργίας του διαφορικά εκφραζόμενου γονιδίου miRNA
Ταυτοποίηση miRNA: δομή και βάθος
Διαφορική έκφραση του miRNA – ιεραρχική ομαδοποίηση
Λειτουργική σχολίαση του στόχου των διαφορικά εκφραζόμενων miRNAs
Εξερευνήστε τις ερευνητικές εξελίξεις που διευκολύνονται από τις υπηρεσίες αλληλούχισης sRNA της BMKGene μέσα από μια επιμελημένη συλλογή δημοσιεύσεων.
Chen, H. et al. (2023) «Οι ιογενείς λοιμώξεις αναστέλλουν τη βιοσύνθεση και τη φωτοσύνθεση σαπωνινών στο Panax notoginseng»,Φυσιολογία και Βιοχημεία Φυτών, 203, σελ. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) «Η πρωτεΐνη FREE1 που περιέχει τον τομέα FYVE του φυτού συνδέεται με στοιχεία μικροεπεξεργαστή για την καταστολή της βιογένεσης miRNA»,Αναφορές EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) 'Το MicroRNA Ame-Bantam-3p ελέγχει την ανάπτυξη των προνυμφών της νύμφης στοχεύοντας το γονίδιο 8 πολλαπλών περιοχών που μοιάζουν με επιδερμικό παράγοντα ανάπτυξης (megf8) στη μέλισσα Apis mellifera',Διεθνές Περιοδικό Μοριακών Επιστημών, 24(6), σελ. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) «Ολοκληρωμένη ανάλυση του MiRNA και των γονιδίων που σχετίζονται με την ποιότητα του κρέατος αποκαλύπτει ότι το Gga-MiR-140-5p επηρεάζει την ενδομυϊκή εναπόθεση λίπους σε κοτόπουλα»,Κυτταρική Φυσιολογία και Βιοχημεία, 46(6), σελ. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
