Αλληλούχιση ενισχυμένων θραυσμάτων ειδικού τόπου (SLAF-Seq)
Ροή εργασίας
Η υπηρεσία διαθέτει κάποια προσχεδιασμένη μέθοδο in silico για να εγγυηθεί τη βέλτιστη επιλογή ενζύμων κατά την προετοιμασία της βιβλιοθήκης.
Τεχνικό Σχέδιο
Χαρακτηριστικά υπηρεσίας
● Αλληλούχιση σε NovaSeq με PE150.
● Προετοιμασία βιβλιοθήκης με διπλό barcode, που επιτρέπει τη συγκέντρωση άνω των 1000 δειγμάτων.
● Ανεξάρτητο από το γονιδίωμα αναφοράς:
Με γονιδίωμα αναφοράς: ανακάλυψη SNP και InDel
Χωρίς γονιδίωμα αναφοράς: ομαδοποίηση δειγμάτων και ανακάλυψη SNP
● Στοin-silicoΣτο στάδιο προ-σχεδιασμού, πολλαπλοί συνδυασμοί ενζύμων περιορισμού εξετάζονται για να εντοπιστούν αυτοί που δημιουργούν ομοιόμορφη κατανομή ετικετών SLAF κατά μήκος του γονιδιώματος.
● Κατά τη διάρκεια του προ-πειράματος, δοκιμάζονται τρεις συνδυασμοί ενζύμων σε 3 δείγματα για τη δημιουργία 9 βιβλιοθηκών SLAF και αυτές οι πληροφορίες χρησιμοποιούνται για την επιλογή του βέλτιστου συνδυασμού ενζύμων περιορισμού για το έργο.
Πλεονεκτήματα Υπηρεσίας
●Ανακάλυψη Υψηλών Γενετικών ΔεικτώνΕνσωματώνουμε ένα σύστημα διπλού γραμμωτού κώδικα υψηλής απόδοσης που επιτρέπει την ταυτόχρονη αλληλούχιση μεγάλων πληθυσμών και την ενίσχυση ανά τόπο, ενισχύοντας την αποτελεσματικότητα, διασφαλίζοντας ότι οι αριθμοί ετικετών ανταποκρίνονται στις ποικίλες απαιτήσεις διαφόρων ερευνητικών ερωτημάτων.
● Χαμηλή εξάρτηση από το γονιδίωμαΜπορεί να εφαρμοστεί σε είδη με ή χωρίς γονιδίωμα αναφοράς.
●Σχεδιασμός ευέλικτου συστήματοςΗ πέψη με ένα ένζυμο, με δύο ένζυμα, με πολλά ένζυμα και διάφοροι τύποι ενζύμων μπορούν να επιλεγούν για να καλύψουν διαφορετικούς ερευνητικούς στόχους ή είδη.
● Υψηλή απόδοση στην ενζυμική πέψη: Η διεξαγωγή ενόςin-silicoΟ προσχεδιασμός και ένα προ-πείραμα διασφαλίζουν τον βέλτιστο σχεδιασμό με ομοιόμορφη κατανομή των ετικετών SLAF στο χρωμόσωμα (1 ετικέτα SLAF/4Kb) και μειωμένη επαναλαμβανόμενη αλληλουχία (<5%).
●Εκτεταμένη ΕμπειρογνωμοσύνηΠροσφέρουμε πλούσια εμπειρία σε κάθε έργο, με ιστορικό ολοκλήρωσης άνω των 5000 έργων SLAF-Seq σε εκατοντάδες είδη, συμπεριλαμβανομένων φυτών, θηλαστικών, πτηνών, εντόμων και υδρόβιων οργανισμών.
● Αυτοαναπτυγμένη Ροή Εργασίας ΒιοπληροφορικήςΑναπτύξαμε μια ολοκληρωμένη βιοπληροφορική ροή εργασίας για το SLAF-Seq για να διασφαλίσουμε την αξιοπιστία και την ακρίβεια του τελικού αποτελέσματος.
Προδιαγραφές υπηρεσίας
| Τύπος ανάλυσης | Συνιστώμενη κλίμακα πληθυσμού | Στρατηγική αλληλούχισης | |
| Βάθος αλληλουχίας ετικετών | Αριθμός ετικέτας | ||
| Γενετικοί Χάρτες | 2 γονείς και >150 απόγονοι | Γονείς: 20x WGS Απόγονοι: 10x | Μέγεθος γονιδιώματος: <400 Mb: Συνιστάται το WGS <1Gb: 100K ετικέτες 1-2Gb:: 200K ετικέτες >2Gb: 300K ετικέτες Μέγιστο 500k ετικέτες |
| Μελέτες Συσχέτισης σε Όλο το Γονίδιο (GWAS) | ≥200 δείγματα | 10x | |
| Γενετική Εξέλιξη | ≥30 δείγματα, με >10 δείγματα από κάθε υποομάδα | 10x | |
Απαιτήσεις Υπηρεσίας
Συγκέντρωση ≥ 5 ng/µL
Συνολική ποσότητα ≥ 80 ng
Νανοσταγόνα OD260/280=1,6-2,5
Γέλη αγαρόζης: καθόλου ή περιορισμένη αποικοδόμηση ή μόλυνση
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Δοχείο: Φυγοκεντρικός σωλήνας 2 ml
(Για τα περισσότερα δείγματα, συνιστούμε να μην τα συντηρείτε σε αιθανόλη)
Επισήμανση δειγμάτων: Τα δείγματα πρέπει να φέρουν σαφή επισήμανση και να είναι πανομοιότυπα με την υποβληθείσα φόρμα πληροφοριών δειγμάτων.
Αποστολή: Ξηρός πάγος: Τα δείγματα πρέπει πρώτα να συσκευάζονται σε σακούλες και να θάβονται σε ξηρό πάγο.
Ροή εργασίας υπηρεσίας
Δείγμα ποιοτικού ελέγχου
Πιλοτικό πείραμα
Πείραμα SLAF
Προετοιμασία Βιβλιοθήκης
Αλληλούχιση
Ανάλυση Δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Η βιοπληροφορική μας ανάλυση περιλαμβάνει:
Ποιοτικός έλεγχος δεδομένων και περικοπή δεδομένων για την αφαίρεση αναγνώσεων πλούσιων σε άζωτο, αναγνώσεων από προσαρμογέα ή αναγνώσεων χαμηλής ποιότητας.
Ένας δεύτερος ποιοτικός έλεγχος των καθαρών αναγνώσεων για τον έλεγχο της κατανομής βάσεων, της ποιότητας της αλληλουχίας και της αξιολόγησης δεδομένων, αλλά και για τον έλεγχο της αποτελεσματικότητας της πέψης και των ενθέτων που λαμβάνονται.
Μόλις ελεγχθούν οι αναγνώσεις, υπάρχουν δύο επιλογές:
- Χαρτογράφηση στο γονιδίωμα αναφοράς
- Χωρίς γονιδίωμα αναφοράς: ομαδοποίηση
Μετά από αυτό, η ανάλυση των ετικετών SLAF χρησιμοποιείται για να κάνει κάποια κλήση παραλλαγών για να βοηθήσει στην ανακάλυψη δεικτών: SNP, InDel, SNV, κλήση CV και σχολιασμός.
Κατανομή των ετικετών SLAF στα χρωμοσώματα:
Κατανομή των SNP στα χρωμοσώματα:
Σχολιασμός SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X και Shi C (2023) Χαρτογράφηση QTL και μεταγραφική ανάλυση της περιεκτικότητας σε σάκχαρα κατά την ωρίμανση των καρπώνPyrus pyrifolia.Εμπρός. Επιστήμη Φυτών.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Η ταυτοποίηση του st1 αποκαλύπτει μια επιλογή που περιλαμβάνει ωτοστόπ στη μορφολογία των σπόρων και στην περιεκτικότητα σε λάδι κατά την εξημέρωση της σόγιας.Περιοδικό Βιοτεχνολογίας Φυτών, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.κ.ά.Αλληλουχία γονιδιώματος και γενετική ποικιλομορφία του κοινού κυπρίνου,Κυπρίνος ο καρπίος.Νατ Ζενέτ 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.κ.ά.Το γονιδίωμα των καλλιεργημένων φιστικιών παρέχει πληροφορίες για τους καρυότυπους των ψυχανθών, την εξέλιξη των πολυπλοειδών και την εξημέρωση των καλλιεργειών.Νατ Ζενέτ 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Ετος | Εφημερίδα | IF | Τίτλος | Εφαρμογές |
| 2022 | Επικοινωνίες με τη φύση | 17.694 | Γονιδιωματική βάση των γιγαχρωμοσωμάτων και του γιγαγονιδιώματος της δενδρώδους παιώνιας Παιονία οστίι | SLAF-GWAS |
| 2015 | Νέος Φυτολόγος | 7.433 | Τα αποτυπώματα εξημέρωσης αγκυροβολούν γονιδιωματικές περιοχές αγρονομικής σημασίας σε σόγια | SLAF-GWAS |
| 2022 | Περιοδικό Προηγμένης Έρευνας | 12.822 | Τεχνητές εισβολές σε ολόκληρο το γονιδίωμα του Gossypium barbadense στο G. hirsutum αποκαλύπτουν ανώτερες θέσεις για ταυτόχρονη βελτίωση της ποιότητας και της απόδοσης των ινών βαμβακιού χαρακτηριστικά | SLAF-Εξελικτική γενετική |
| 2019 | Μοριακό Εργοστάσιο | 10,81 | Η γονιδιωματική ανάλυση του πληθυσμού και η συναρμολόγηση De Novo αποκαλύπτουν την προέλευση του Weedy Το Ρύζι ως Εξελικτικό Παιχνίδι | SLAF-Εξελικτική γενετική |
| 2019 | Γενετική της Φύσης | 31.616 | Αλληλουχία γονιδιώματος και γενετική ποικιλομορφία του κοινού κυπρίνου, Cyprinus carpio | Χάρτης σύνδεσης SLAF |
| 2014 | Γενετική της Φύσης | 25.455 | Το γονιδίωμα των καλλιεργημένων φιστικιών παρέχει πληροφορίες για τους καρυότυπους των ψυχανθών, το πολυπλοειδές εξέλιξη και εξημέρωση των καλλιεργειών. | Χάρτης σύνδεσης SLAF |
| 2022 | Περιοδικό Βιοτεχνολογίας Φυτών | 9.803 | Η αναγνώριση του ST1 αποκαλύπτει μια επιλογή που περιλαμβάνει ωτοστόπ στη μορφολογία των σπόρων και περιεκτικότητα σε λάδι κατά την εξημέρωση της σόγιας | Ανάπτυξη SLAF-Marker |
| 2022 | Διεθνές Περιοδικό Μοριακών Επιστημών | 6.208 | Ταυτοποίηση και Ανάπτυξη Δεικτών DNA για ένα Σιτάρι-Leymus mollis 2Ns (2D) Υποκατάσταση Δισωμικού Χρωμοσώματος | Ανάπτυξη SLAF-Marker |
| Ετος | Εφημερίδα | IF | Τίτλος | Εφαρμογές |
| 2023 | Τα σύνορα στην επιστήμη των φυτών | 6.735 | Χαρτογράφηση QTL και μεταγραφική ανάλυση της περιεκτικότητας σε σάκχαρα κατά την ωρίμανση των καρπών του Pyrus pyrifolia | Γενετικός Χάρτης |
| 2022 | Περιοδικό Βιοτεχνολογίας Φυτών | 8.154 | Η αναγνώριση του ST1 αποκαλύπτει μια επιλογή που περιλαμβάνει ωτοστόπ στη μορφολογία των σπόρων και στην περιεκτικότητα σε λάδι κατά την εξημέρωση της σόγιας
| Το SNP καλεί |
| 2022 | Τα σύνορα στην επιστήμη των φυτών | 6.623 | Χαρτογράφηση συσχέτισης σε επίπεδο γονιδιώματος φαινοτύπων με σπάνιο φλοιό σε περιβάλλον ξηρασίας.
| GWAS |
