DNA/RNA-sekvencado - PacBio-sekvencilo
Trajtoj
Du sekvencaj reĝimoj ĉe PacBio-sekvencilo: Kontinua Longa Legado (CLR) kaj Cirkla Konsenta Legado (CCS)
| Sekvenca Reĝimo | Biblioteka Grandeco | Teoriaj DatumojRendimento (Po Ĉelo) | Unu-bazaPrecizeco | Aplikoj |
| CLR | 20Kb, 30Kb, ktp. | 80 Gb ĝis 130 Gb | Ĉirkaŭ 85% | De novo, SV-voko, ktp. |
| CCS | 15-20 Kib | 14 ĝis 40 Gb/ĉelo (Daŭrigo II) 70 ĝis 110 Gb/ĉelo (Revio) Dependas de la specimenoj | Ĉirkaŭ 99% | De novo, SNP/Indel/SV alvoko, Iso-Seq, |
Komparo de la rendimento kaj funkcioj de Revio kaj Sequel II
| Kondiĉoj | Daŭrigo II sistemo | Revio-sistemo | Pligrandigi |
| Pli alta denseco | 8 milionoj da ZMW-oj | 25 milionoj da ZMW-oj | 3x |
| Sendependaj stadioj | 1 | 4 | 4x |
| Pli mallongaj kurotempoj | 30 horoj | 24 horoj | 1.25x |
| 30-oble HiFi homaj genaroj / jaro | 88 | 1,300 | 15x entute |
Servaj Avantaĝoj
● Pli ol 8 jaroj da sperto pri la sekvenca platformo PacBio kun miloj da finitaj projektoj kun diversaj specioj.
● Plene ekipita per la plej novaj PacBio-sekvencaj platformoj, Revio, por garantii sufiĉan sekvencan trairon.
● Pli rapida livertempo, pli alta datenrendimento kaj pli precizaj datumoj.
● Kontribuis en centoj da alt-efikaj PacBio-bazitaj publikaĵoj.
Specimenaj Postuloj
| Specimena Tipo | Kvanto | Koncentriĝo (Kvubito®) | Volumeno | Pureco | Aliaj |
| Genara DNA | Dependi de Datuma Postulo | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1.8-2.5; Klara pinto je 260 nm,neniuj poluadoj | Koncentriĝo devas esti mezurata per Kvbito kaj Kvbito/Nanoporo = 0,8-2,5 |
| Totala RNA | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5;neniuj poluadoj | RIN-valoro ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
Servolaborfluo
Specimena preparo
Biblioteka konstruado
Sekvencado
Analizo de datumoj
Projekta liverado
1. Interna Datuma Rendimento
Datumoj generitaj de 63 CCS-ĉeloj (de 26 specioj)
| DATUMOJ-PacBio-CCS-15 Kb | Meza | Maks | Min | Mediano |
| Rendimento - sublegadoj (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polimerazo N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| Sublegas N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| Meza longo - Polimerazo | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| Meza longo - Sublegas | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| Meza longo-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
Datumoj generitaj de 16 CLR-ĉeloj (de 76 specioj)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Meza | Maks | Min | Mediano |
| Rendimento - sublegadoj (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polimerazo N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| Sublegas N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| Meza longo - Polimerazo | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| Meza longo - Sublegas | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2. Datuma QC - DemonstraĵoStatistikoj pri datenrendimento
| Specimeno | ccs Legas Nombro | Totalaj ccs-bazoj (bp) | ccs Legas N50 (bp) | ccs Meza Longo (bp) | Plej Longa Legado de ccs (bp) | sublegas Bazojn (bp) | ccs-procento (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
