DNA/RNA-sekvencado - PacBio Sequencer
Trajtoj
Du sekvencaj reĝimoj sur PacBio-sekvencilo: Continuous Long Read (CLR) kaj Circular Consensus Read (CCS)
| Sekvenca Reĝimo | Biblioteko Grandeco | Teoria DatumoRendimento (Pou Ĉelo) | UnubazaPrecizeco | Aplikoj |
| CLR | 20Kb, 30Kb, ktp. | 80 Gb ĝis 130 Gb | Proks.85% | De novo, SV-voko, ktp. |
| CCS | 15-20 Kb | 14 ĝis 40 Gb/ĉelo (Daŭrigo II) 70 ĝis 110 Gb/ĉelo (Revio) Dependas de la specimenoj | Proks.99% | De novo, SNP/Indel/SV-voko, Iso-Seq, |
Komparo de la agado kaj ecoj de Revio kaj Sequel II
| Kondiĉoj | Sequel II-sistemo | Revio-sistemo | Pliigas |
| Pli alta denseco | 8 milionoj da ZMWoj | 25 milionoj da ZMWoj | 3x |
| Sendependaj etapoj | 1 | 4 | 4x |
| Pli mallongaj kurtempoj | 30 horoj | 24 horoj | 1.25x |
| 30X HiFi homaj genaroj / jaro | 88 | 1.300 | 15x entute |
Servaj Avantaĝoj
● Pli ol 8-jara sperto en PacBio-sekvenca platformo kun miloj da fermitaj projektoj kun diversaj specioj.
● Plene ekipita per la plej novaj PacBio Sequencing-platformoj, Revio por garantii sufiĉan sekvencan trairon.
● Pli rapida turniĝotempo, pli alta datumrendimento kaj pli precizaj datumoj.
● Kontribuis en centoj da alt-efikaj PacBio-bazitaj publikaĵoj.
Specimenaj Postuloj
| Specimena Tipo | Kvanto | Koncentriĝo （Qubit®） | Volumo | Pureco | Aliaj |
| Genoma DNA | Dependu de Datuma Postulo | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230 = 1.8-2.5; Klara pinto je 260 Nm,neniu poluado | Koncentriĝo devas esti mezurita per Qubit kaj Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 |
| Tuta RNA | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230 = 0.5-2.5;neniu poluado | RIN-valoro ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
Serva Laborfluo
Specimena preparado
Bibliotekokonstruo
Sekvencado
Analizo de datumoj
Projekto livero
1.In-doma Datuma Rendimento
Datenoj generitaj de 63 CCS-ĉeloj (de 26 specioj)
| DATUMO-PacBio-CCS-15 Kb | Averaĝa | Maks | Min | Mediano |
| Rendimento - sublegoj (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Donita - CCS (Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polimerazo N50 | 145.651 | 175.430 | 118.118 | 144.689 |
| Sublegas N50 | 17 509 | 23.924 | 12.485 | 17 584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.034 | 9 876 | 14.747 |
| Meza longo-polimerazo | 67.995 | 89.379 | 49.664 | 66.433 |
| Averaĝa longo-Subpanoj | 15 866 | 21 036 | 11.657 | 16.012 |
| Averaĝa longo-CCS | 14.489 | 19 074 | 8.575 | 14.655 |
Datenoj generitaj de 16 CLR-ĉeloj (de 76 specioj)
| DATUMO-PacBio-CLR-30Kb | Averaĝa | Maks | Min | Mediano |
| Rendimento - sublegoj (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polimerazo N50 | 39 456 | 121.191 | 15.389 | 35.231 |
| Sublegas N50 | 28.490 | 41 012 | 14.430 | 29 063 |
| Meza longo-polimerazo | 22 063 | 48.886 | 8.747 | 21 555 |
| Averaĝa longo-Subpanoj | 17.720 | 27.225 | 8,293 | 17.779 |
2.Data QC - DemoStatistiko pri datuma rendimento
| Specimeno | ccs Legoj Num | Totalaj ccs-bazoj (bp) | ccs Legas N50 (bp) | ccs Meza Longo (bp) | ccs Plej Longa Legita (bp) | sublegas Bazojn (bp) | ccs-indico (%) |
| PB_BMKxxx | 3.444.159 | 54,164,122,586 | 15 728 | 15.726 | 36.110 | 863.326.330.465 | 6.27 |
