Eŭkariota mRNA-sekvencado-Illumina
Avantaĝoj
ØTre Sperta: Pli ol 200,000 specimenoj estis prilaboritaj en BMK kovrante diversajn specimenspecojn, inkluzive de ĉelkulturo, histo, korpa fluidaĵo, ktp. kaj pli ol 7,000 mRNA-Seq-projektoj fermitaj kovrante diversajn esplorajn areojn.
ØStrikta kvalitkontrola sistemo: Kernaj kvalitkontrolaj punktoj tra ĉiuj paŝoj inkluzive de specimena preparado, biblioteka preparado, sekvencado kaj bioinformadiko estas sub proksima monitorado por liveri altkvalitajn rezultojn.
ØMultoblaj datumbazoj haveblaj por funkciaj komentarioj kaj riĉigaj studoj por plenumi diversajn esplorajn celojn.
ØPost-vendaj servoj: Post-vendaj servoj validaj dum 3 monatoj post la finiĝo de la projekto, inkluzive de sekvado de projektoj, problemoj-solvado, rezultoj kaj demandoj ktp.
Specimenaj Postuloj kaj Livero
| Biblioteko | Sekvenca strategio | Datumoj rekomenditaj | Kontrolo de kvalito |
| Poly A riĉigita | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Ekzemplaj Postuloj:
Nukleotidoj:
| Pureco | Integreco | Kvanto |
| OD260/280≥1.7-2.5 OD260/230≥0.5-2.5Limigita aŭ neniu proteino aŭ DNA-poluado montrita sur ĝelo. | Por plantoj: RIN≥6.5;Por bestoj: RIN≥7;28S/18S≥1.0;limigita aŭ neniu bazlinialteco | Konk.≥30 ng/μl;Volumo ≥ 10 μl;Entute ≥ 1,5 μg |
Histo: Pezo (seka):≥1 g
*Por histo pli malgranda ol 5 mg, ni rekomendas sendi fulmfrostitan (en likva nitrogeno) histo-provaĵo.
Ĉela suspendo:Ĉelkalkulo = 3×106- 1×107
*Ni rekomendas sendi frostitan ĉelan lizaton.En kazo tiu ĉelo nombras pli malgranda ol 5×105, fulmo frostigita en likva nitrogeno estas rekomendita, kiu estas preferinda por mikro eltiro.
Sangaj specimenoj:Volumo ≥1 ml
Mikroorganismo:Maso ≥ 1 g
Rekomendita Specimena Livero
Ujo: 2 ml centrifuga tubo (Stana folio ne rekomendas)
Ekzempla etikedado: Grupo+replikato ekz. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sendado:
- Seka glacio: Specimenoj devas esti pakitaj en sakoj kaj enterigitaj en seka glacio.
- RNAstable-tuboj: RNA-provaĵoj povas esti sekigitaj en RNA-stabiliga tubo (ekz. RNAstable®) kaj senditaj en ĉambra temperaturo.
Serva Laborfluo
Eksperimenta dezajno
Specimena livero
RNA-eltiro
Bibliotekokonstruo
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
Bioinformadiko
Eŭkariota mRNA-sekvenca analiza laborfluo
Bioinformadiko
ØKontrolo de kvalito de krudaj datumoj
ØReferenca genaro vicigo
ØAnalizo de transskriba strukturo
ØKvantigo de esprimo
ØDiferenca esprima analizo
ØFunkcia komentario kaj pliriĉigo
1.mRNA-datuma satura kurbo
2.Diferenciala esprimo analizo-Vulkanintrigo
3.KEGG-anotado pri DEG-oj
4.GO-klasifiko sur DEG-oj
