Evolua Genetiko

Evolua genetiko estas plenplena sekvenca servo dizajnita por disponigado de ampleksa interpreto pri evoluaj informoj de antaŭfiksitaj materialoj bazitaj sur genetikaj varioj, inkluzive de SNPoj, InDels, SVoj kaj CNVoj.Ĝi disponigas ĉiujn fundamentajn analizojn necesajn por priskribi evoluajn ŝanĝojn kaj genetikajn trajtojn de populacioj, kiel populaciostrukturo, genetika diverseco, filogeniaj rilatoj, ktp. Ĝi ankaŭ enhavas studojn pri genfluo, kiu rajtigas takson de efika populaciograndeco, diverĝtempo.

Kontaktu Nin

Servaj Detaloj

Demo Rezultoj

Kaza Studo

Servaj Avantaĝoj

Takagi et al.,La plantĵurnalo, 2013

● Taksado de specia diverĝo tempo kaj rapideco surbaze de varioj ĉe nukleotida kaj aminoacida nivelo
● Malkaŝado de pli fidinda filogenetika rilato inter specioj kun minimumigita influo de konverĝa evoluo kaj paralela evoluo
● Konstrui ligojn inter genetikaj ŝanĝoj kaj fenotipoj por malkovri trajto-rilatajn genojn
● Taksi genetikan diversecon, kiu reflektas evoluan potencialon de specioj
● Pli rapida Turnaround tempo
● Vasta sperto: BMK akumulis amasan sperton pri populacio kaj evolua rilataj projektoj dum pli ol 12 jaroj, kovrante centojn da specioj ktp. kaj kontribuis en pli ol 80 altnivelaj projektoj publikigitaj en Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, ktp.

Specifoj de Servo

Materialoj:

Normale oni rekomendas almenaŭ tri subpopulaciojn (ekz. subspecioj aŭ varioj).Ĉiu subpopulacio devas enhavi ne malpli ol 10 individuojn (Plantoj ＞15, povas esti reduktitaj por raraj specioj).

Sekvenca strategio:

* WGS povas esti utiligita por specioj kun altkvalita referenca genaro, dum SLAF-Seq estas uzebla por specioj aŭ kun aŭ sen referenca genaro, aŭ referenca genaro de malbona kvalito.

Aplika al genoma grandeco	WGS	SLAF-Etikedoj (×10,000)
≤ 500 Mb	10×/individuo	WGS estas pli rekomendinda
500 Mb - 1 Gb		10
1 Gb - 2 Gb		20
≥2 Gb		30

Bioinformadikaj analizoj

● Evolua analizo

● Selektema balaado

● Genfluo

● Demografia historio

● Tempo de diverĝo

Specimenaj Postuloj kaj Livero

Ekzemplaj Postuloj:

Specioj	Histo	WGS-NGS	SLAF
Besto	Viscera histo	0,5 ~ 1 g	0,5 g
	Muskola histo
	Mamula sango	1,5 ml	1,5 ml
	Kokaĵo/Fiŝa sango
Planto	Freŝa Folio	1~2g	0,5 ~ 1 g
	Petalo/Ttigo
	Radiko/Semo
Ĉeloj	Kultura ĉelo

gDNA

Koncentriĝo
(ng/ul)

Kvanto

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

1,6-2,5

WGS-NGS

≥1

≥0,1

Serva Laborfluo

Eksperimenta dezajno

Specimena livero

Bibliotekokonstruo

Sekvencado

Analizo de datumoj

Post-vendaj servoj

Antaŭa: Bulked Segregant-analizo

Sekva: Metabolomio

*Demonstraj rezultoj ĉi tie estas ĉiuj el genaroj publikigitaj kun BMKGENE

1.Evolucia analizo enhavas konstruadon de filogenetika arbo, populaciostrukturo kaj PCA bazita sur genetikaj variadoj.

Filogenetika arbo reprezentas taksonomiajn kaj evoluajn rilatojn inter specioj kun komuna prapatro.
PCA celas bildigi proksimecon inter sub-populacioj.
Populaciostrukturo montras la ĉeeston de genetike klara subpopulacio laŭ alelfrekvencoj.

3-1 Filogenetika-arbo 3-2PCA 3-3 Loĝantaro-strukturo

Chen, et.al.,PNAS, 2020

2.Selektema balaado

Selektema svingo rilatas al procezo per kiu avantaĝa retejo estas elektita kaj frekvencoj de ligitaj neŭtralaj retejoj estas pliigitaj kaj tiuj de neligitaj retejoj estas malpliigitaj, rezultigante redukton de regionaj.

Genaro-kovranta detekto sur selektemaj svingregionoj estas prilaborita kalkulante populaciogenetikan indicon（π，Fst, Tajima's D) de ĉiuj SNP-oj ene de glita fenestro (100 Kb) ĉe certa paŝo (10 Kb).

Nukleotiddiverseco (π)
4 Nukleotida diverseco (π)

D. de Tajima
5Tajima's-D

Fiksa indekso (Fst)

6 Fiksa indekso (Fst)

Wu, et.al.,Molekula Planto, 2018

3.Gene Fluo

7Gen-fluo

Wu, et.al.,Molekula Planto, 2018

4.Demografia historio

8Demografia-historio

Zhang, et.al.,Naturekologio kaj Evoluo, 2021

5.Diverĝa tempo

9Diverĝo-tempo

Zhang, et.al.,Naturekologio kaj Evoluo, 2021

Kazo BMK

Genoma variadmapo disponigas sciojn pri la genetika bazo de Printempa ĉina brasiko (Brassica rapa ssp. Pekinensis) selektado

Eldonita: Molekula Planto, 2018

Sekvenca strategio:

Resekvencado: sekvenca profundo: 10×

Ŝlosilaj rezultoj

En ĉi tiu studo, 194 ĉinaj brasikoj estis prilaboritaj por re-sekvencado kun meza profundo de 10×, kiu donis 1,208,499 SNP-ojn kaj 416,070 InDels.Filogenetika analizo sur tiuj 194 linioj montris ke tiuj linioj povas esti dividitaj en tri ekotipojn, printempo, somero kaj aŭtuno.Krome, populaciostrukturo kaj PCA-analizo indikis ke printempa ĉina brasiko originis de aŭtuna brasiko en Ŝandongo, Ĉinio.Tiuj poste estis enkondukitaj en Koreio kaj Japanio, krucitaj kun lokaj linioj kaj kelkaj malfru-riglitaj varioj de ili estis enkondukitaj reen al Ĉinio kaj finfine iĝis Printempa ĉina brasiko.

Genaro-kovranta skanado sur printempaj ĉinaj brasikoj kaj aŭtunaj brasikoj sur selektado rivelis 23 genomiclokusojn kiuj trapasis fortan selektadon, du el kiuj estis interkovritaj kun bolt-tempa kontrola regiono bazita sur QTL-mapado.Ĉi tiuj du regionoj estis trovitaj enhavi ŝlosilajn genojn kiuj reguligas floradon, BrVIN3.1 kaj BrFLC1.Tiuj du genoj estis plue konfirmitaj esti implikitaj en riglita tempo per transcriptomstudo kaj transgenaj eksperimentoj.

Populaciostruktura analizo pri ĉinaj brasikoj

Genetika informo pri ĉina brasiko-elekto

Referenco

Tongbing, et al."Genomic Variation Map Disponigas Sciojn pri la Genetika Bazo de Printempa Ĉina Brasiko (Brassica rapa ssp.pekinensis) Elekto."Molekulaj Plantoj,11(2018):1360-1376.