Hi-C Bazita Genaro-Asembleo
Hi-C estas metodo dizajnita por kapti kromosomkonfiguracion kombinante sondantajn proksimec-bazitajn interagojn kaj alt-trafian sekvencon. La intenseco de tiuj interagoj verŝajne estas negative korelaciita kun fizika distanco sur kromosomoj. Tial, Hi-C-datenoj estas utiligitaj por gvidi la grupigon, ordigon kaj orientiĝon de kunvenitaj sekvencoj en skiza genaro kaj ankri tiujn sur certa nombro da kromosomoj. Tiu teknologio povigas kromosom-nivelan genaron en la foresto de populaci-bazita genetika mapo. Ĉiu ununura genaro bezonas Hi-C.
Servaj Trajtoj
● Sekvencado sur Illumina NovaSeq kun PE150.
● Servo postulas histajn specimenojn, anstataŭ ĉerpitaj nukleaj acidoj, krucligi kun formaldehido kaj konservi la DNA-proteinajn interagojn.
● La Hi-C-eksperimento implikas restrikton kaj finriparon de la gluiĝemaj finoj kun biotino, sekvita de cirkuligo de la rezultaj malakraj finoj konservante la interagojn. La DNA tiam estas tirita malsupren kun streptavidinperloj kaj purigita por posta biblioteka preparo.
Servaj Avantaĝoj
Superrigardo de Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Scienco, 2009)
●Forigante la Bezonon de Genetika Populacio-Datumoj:Hi-C anstataŭigas la esencajn informojn necesajn por kontig-ankro.
●Alta markilo-denseco:kondukante al alta kontig-ankra proporcio super 90%.
●Ampleksa Kompetenteco kaj publikigrekordoj:BMKGene havas vastan sperton kun pli ol 2000 kazoj de Hi-C Genome Assembly de 1000 malsamaj specioj kaj diversaj patentoj. Pli ol 200 publikigitaj kazoj havas akumulan efikfaktoron de pli ol 2000.
●Tre sperta bioinformatika teamo:kun internaj patentoj kaj kopirajtoj pri programaro por Hi-C-eksperimentoj kaj analizo de datumoj, la mem-evoluinta bildiga datuma programaro ebligas manan blokan movon, inversigon, nuligon kaj refaradon.
●Postvenda Subteno:Nia devontigo etendiĝas preter la kompletiĝo de la projekto kun 3-monata post-venda servoperiodo. Dum ĉi tiu tempo, ni ofertas projektan sekvadon, helpon pri solvo de problemoj kaj sesiojn pri demandoj kaj respondoj por trakti demandojn rilate al la rezultoj.
●Ampleksa Komentario: ni uzas plurajn datumbazojn por funkcie komenti la genojn kun identigitaj varioj kaj fari la respondan riĉigan analizon, provizante sciojn pri multoblaj esplorprojektoj.
Specifoj de Servo
| Biblioteko preparo | Sekvenca strategio | Rekomendita eligo de datumoj | Kvalita kontrolo |
| Hi-C biblioteko | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Ekzemplaj Postuloj
| Histo | Bezonata kvanto |
| Bestaj Intestoj | ≥ 2 g |
| Besta Muskolo | |
| Mamula Sango | ≥ 2 ml |
| Kokaĵo/Fiŝa Sango | |
| Planto- Freŝa Folio | ≥ 3 g |
| Kulturitaj Ĉeloj | ≥ 1x107 |
| Insekto | ≥ 2 g |
Serva Laborfluo
Eksperimenta dezajno
Specimena livero
Biblioteka konstruado
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
1) Krudaj datumoj QC
2) Hi-C-biblioteko QC: takso de validaj Hi-C-interagoj
3) Hi-C-asembleo: kunigo de kontigs en grupoj, sekvita de kontig-mendado ene de ĉiu grupo kaj asignado de kontig-orientiĝo
4) Hi-C-takso
Hi-C Library QC - takso de Hi-C validaj interagaj paroj
Hi-C Asembleo - statistiko
Post-asemblea taksado - varmomapo de signalintenseco inter rubujoj
Esploru la progresojn faciligita de la Hi-C-kunigservoj de BMKGene per vikariita kolekto de publikaĵoj.
Tian, T. et al. (2023) "Genomasembleo kaj genetika dissekcio de elstara sekec-rezistema maizĝermoplasmo", Nature Genetics 2023 55:3, 55 (3), pp 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) "Kromosoma-Skala Asembleo de la Azia Mielabelo Apis cerana Genome", Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) "Rivelante evoluon de tropana alkaloida biosintezo per analizado de du genaroj en la Solanacoj-familio", Nature Communications 2023 14:1, 14 (1), pp 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) "Genomoj de la Banjanarbo kaj Polenigisto-Vespo Provizas Sciojn pri Fig-Wasp Coevolution", Ĉelo, 183 (4), pp 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
