BMKCloud Log in
条形banner-03

Produktoj

Metagenomic Sequencing-Nanopore

Metagenomics estas molekula ilo uzata por analizi la miksitajn genomajn materialojn ĉerpitajn el mediaj specimenoj, kiu provizas detalajn informojn pri specia diverseco kaj abundo, populaciostrukturo, filogenetika rilato, funkciaj genoj kaj korelacia reto kun mediaj faktoroj, ktp. Laste enkondukis platformojn de sekvencado Nanopore. al metagenomaj studoj.Ĝia elstara agado en legolongo plejparte plibonigis laŭfluan metagenomican analizon, precipe metagenomasembleon.Utiligante leg-longon, Nanopor-bazita metagenomic-studo kapablas atingi pli kontinuan kunigon kompare kun pafila metagenomics.Estis publikigita ke Nanopor-bazita metagenomics sukcese generis kompletajn kaj fermitajn bakteriajn genamojn de mikrobiomoj (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020)

Platformo:Nanopore PromethION P48


Servaj Detaloj

Demo Rezultoj

Kazo BMK

Servaj Avantaĝoj

● Altkvalita asembleo-Pliboniga precizeco de specio-identigo kaj funkcia gena prognozo

● Fermita bakteria genoma izolado

● Pli potenca kaj fidinda aplikado en diversaj lokoj, ekz. detekto de patogenaj mikroorganismoj aŭ genoj rilataj al antibiotikrezisto.

● Kompara metagenoma analizo

Specifoj de Servo

 Platformo

Sekvencado

Rekomenditaj datumoj

Turnaround Time

Nanoporo

ONT

6 G/10 G

65 Labortagoj

Bioinformadikaj analizoj

● Kontrolo de kvalito de krudaj datumoj

● Metagenoma asembleo

● Ne-redunda genaro kaj komentario

● Analizo de specia diverseco

● Analizo de diverseco de genetikaj funkcioj

● Intergrupa analizo

● Asocia analizo kontraŭ eksperimentaj faktoroj

nanoporo

Specimenaj Postuloj kaj Livero

Ekzemplaj postuloj kaj livero

Ekzemplaj Postuloj:   

PorDNA-ekstraktoj:

Specimena Tipo

Kvanto

Koncentriĝo

Pureco

DNA-ekstraktoj

1-1,5 μg

> 20 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Por mediaj specimenoj:

Specimena tipo

Rekomendita prova proceduro

Grundo

Specimena kvanto: ĉ.5 g;Restanta velkinta substanco devas esti forigita de surfaco;Muelu grandajn pecojn kaj trairu 2 mm filtrilon;Alikvotaj specimenoj en sterila EP-tubo aŭ cirotubo por rezervado.

Feko

Specimena kvanto: ĉ.5 g;Kolektu kaj alikvotitajn specimenojn en sterila EP-tubo aŭ kriotubo por rezervado.

Intesta enhavo

Specimenoj devas esti prilaboritaj en asepta kondiĉo.Lavu kolektitan histon per PBS;Centrifugu la PBS kaj kolektu la precipitanton en EP-tuboj.

Ŝlimo

Specimena kvanto: ĉ.5 g;Kolektu kaj alikvoto de ŝlima specimeno en sterila EP-tubo aŭ kriotubo por rezervo

Akvokorpo

Por specimeno kun limigita kvanto da mikroba, kiel krana akvo, puta akvo, ktp., Kolektu almenaŭ 1 L da akvo kaj trapasu 0,22 μm-filtrilon por riĉigi mikroban sur la membrano.Konservu la membranon en sterila tubo.

Haŭto

Zorge skrapu la haŭtan surfacon per sterila kotono aŭ kirurgia klingo kaj metu ĝin en sterilan tubon.

Rekomendita Specimena Livero

Frostigu la specimenojn en likva nitrogeno dum 3-4 horoj kaj konservu en likva nitrogeno aŭ -80 gradojn al longtempa rezervo.Specimena sendado kun seka glacio estas postulata.

Serva Laborfluo

specimena livero

Specimena livero

Biblioteko Preparado

Bibliotekokonstruo

Sekvencado

Sekvencado

Analizo de datumoj

Analizo de datumoj

Postvendaj Servoj

Post-vendaj servoj


  • Antaŭa:
  • Sekva:

  • 1.Varmmapo: Specia riĉeco-grupo32.Funkciaj genoj komentitaj al KEGG-metabolaj vojoj43.Specia korelacia reto54.Circos de CARD antibiotikrezistaj genoj
    6

    Kazo BMK

    Nanopora metagenomics ebligas rapidan klinikan diagnozon de bakteria malsupra spira infekto

    Eldonita:Natura Bioteknologio, 2019

    Teknikaj Ĉefaĵoj
    Sekvencado: Nanopore MinION
    Klinika metagenomics bioinformadiko: Gastiga DNA-malplenigo, WIMP kaj ARMA-analizo
    Rapida detekto: 6 horoj
    Alta sentemo: 96.6%

    Ŝlosilaj rezultoj

    En 2006, malsupra spira infekto (LR) kaŭzis 3 milionojn da homaj mortoj tutmonde.La tipa metodo por LR1-patogendetekto estas kultivado, kiu havas malbonan sentemon, longan turno-tempon kaj estas manko de konsilado en frua antibiotika terapio.Rapida kaj preciza mikroba diagnozo longe estas urĝa bezono.D-ro Justin de University of East Anglia kaj liaj partneroj sukcese evoluigis Nanopore-bazitan metagenomic metodon por patogendetekto.Laŭ ilia laborfluo, 99.99% de gastiga DNA povas esti elĉerpita.Detekto en patogenoj kaj antibiotikaj rezistemaj genoj povas esti finita en 6 horoj.

    Referenco
    Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Nanopora metagenomics ebligas rapidan klinikan diagnozon de bakteria malsupra spira infekto.Nature Biotechnology, 37 (7), 1.

    akiri citaĵon

    Skribu vian mesaĝon ĉi tie kaj sendu ĝin al ni

    Sendu vian mesaĝon al ni: