Plant/Animal De Novo Genome Sequencing
Servaj Avantaĝoj
Evoluo de sekvencaj platformoj kaj bioinformadiko ende novogenoma asembleo
(Amarasinghe SL et al.,Genoma Biologio, 2020)
● Konstrui novajn genarojn kaj plibonigi ekzistantajn referencajn genarojn por interesaj specioj.
● Pli alta precizeco, kontinueco kaj kompleteco en muntado
● Konstruado de fundamenta rimedo por esplorado en sekvencopolimorfismo, QTL-oj, genredaktado, bredado, ktp.
● Ekipita per plena spektro de triageneraciaj sekvencaj platformoj: unuhalta genoma asemblea solvo
● Flekseblaj sekvencaj kaj kunvenaj strategioj plenumantaj diversajn genarojn kun malsamaj trajtoj
● Tre sperta bioinformatikista teamo kun granda sperto en kompleksaj genomasembleoj, inkluzive de poliploidoj, gigantaj genaroj, ktp.
● Pli ol 100 sukcesaj kazoj kun amase eldonita efikfaktoro de pli ol 900
● Turniĝo-tempo tiel rapide kiel 3 monatoj por kromosom-nivela genoma asembleo.
● Solida teknika subteno kun serio de patentoj kaj programaraj kopirajtoj en ambaŭ eksperimentaj flankoj kaj bioinformadiko.
Specifoj de Servo
|
Enhavo
|
Platformo
|
Legu Longon
|
Kovrado
|
| Genoma Enketo
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genoma Sekvencado
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi Legoj
| ≥ 30X
|
| Saluton-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Laborfluo
Specimenaj Postuloj kaj Livero
Ekzemplaj Postuloj:
| Specioj | Histo | Por PacBio | Por Nanopore |
| Bestoj | Viseralaj organoj (hepato, lieno, ktp.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Muskolo | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Sango de mamuloj | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Sango de fiŝoj aŭ birdoj | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Plantoj | Freŝaj folioj | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Petalo aŭ tigo | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Radikoj aŭ semoj | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Ĉeloj | Ĉelkulturo | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Rekomendita Specimena Livero
Ujo: 2 ml centrifuga tubo (Stana folio ne rekomendas)
Por plej multaj specimenoj, ni rekomendas ne konservi en etanolo.
Ekzempla etikedado: Specimenoj devas esti klare etikeditaj kaj identaj al sendita specimena informformularo.
Sendado: Seka glacio: Specimenoj devas esti pakitaj en sakoj unue kaj enterigitaj en seka glacio.
Serva Laborfluo
Eksperimenta dezajno
Specimena livero
DNA-eltiro
Bibliotekokonstruo
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
*Demonstraj rezultoj ĉi tie estas ĉiuj el genaroj publikigitaj kun Biomarker Technologies
1.Circos sur kromosom-nivela genaro asembleo deG. rotundifoliumde Nanopore-sekvenca platformo
Wang M et al.,Molekula Biologio kaj Evoluo, 2021
2.Statistiko de Weining-sekala genoma asembleo kaj komentario
Li G et al.,Natura Genetiko, 2021
3.Gene prognozo deSechium edulegenaro, derivita de tri prognozometodoj:De novoprognozo, Homologio-bazita prognozo kaj RNA-Seq-datumbazita prognozo
Fu A et al.,Hortikultura Esplorado, 2021
4.Identigo de nerompitaj longaj finaj ripetoj en tri kotonaj genaroj
Wang M et al.,Molekula Biologio kaj Evoluo, 2021
5.Hi-C varmomapo de laC. acuminatagenaro montranta genar-tute-post-ĉiujn interagojn.Intenseco de Hi-C-interagoj estas proporcia al linia distanco inter kontigs.Pura rekta linio sur ĉi tiu varmomapo indikas tre precizan ankron de kontigs sur kromosomoj.(Kontiga ankra proporcio: 96.03%)
kang M et al.,Naturkomunikadoj,2021
Kazo BMK
Altkvalita genarasembleo elstarigas sekalajn genomajn karakterizaĵojn kaj agronomie gravajn genojn
Eldonita: Natura Genetiko, 2021
Sekvenca strategio:
Genomasembleo: PacBio CLR-reĝimo kun 20 kb biblioteko (497 Gb, ĉ. 63×)
Sekvenckorekto: NGS kun 270 bp DNA-biblioteko (430 Gb, ĉ. 54×) sur Illumina platformo
Ankrado de kontigs: Hi-C-biblioteko (560 Gb, ĉ. 71×) sur Illumina platformo
Optika mapo: (779.55 Gb, ĉ. 99×) sur Bionano Irys
Ŝlosilaj rezultoj
1.Asembleo de Weining-sekala genaro estis publikigita kun totala genaro grandeco de 7.74 Gb (98.74% de laŭtaksa genaro grandeco per fluocitometrio).Eŝafodo N50 de ĉi tiu asembleo atingis 1,04 Gb.93.67% de kontigs estis sukcese ankritaj sur 7 pseŭdo-kromosomoj.Ĉi tiu asembleo estis taksita per ligmapo, LAI kaj BUSCO, kio rezultigis altajn poentarojn en ĉiuj taksadoj.
2.Pliaj studoj pri kompara genaro, genetika ligmapo, transkriptomikaj studoj estis faritaj surbaze de ĉi tiu genaro.Serio de trajtoj rilatigitaj genomictrajtoj estis rivelitaj inkluzive de genar-kovrantaj genduplikadoj kaj ilia efiko al amelo-biosintezogenoj;fizika organizo de kompleksaj prolamin-lokusoj, gen-esprimo prezentas subesta frua titoltrajto kaj supozaj malsovaĝ-rilataj kromosomaj regionoj kaj lokusoj en sekalo.
 Circos-diagramo pri genomaj ecoj de Weining-sekalgenaro |  Evoluaj kaj kromosomaj sintenanalizoj de la sekalgenaro |
Lio, G., Wang, L., Yang, J.et al.Altkvalita genarasembleo elstarigas sekalajn genomajn karakterizaĵojn kaj agronomie gravajn genojn.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
