Sekvencado de la tuta genaro de plantoj/bestoj
Servaj Trajtoj
De novo
Ĉi tiu tekniko estas precipe utila kun malfacilaj genaroj kiel tiuj kun alta grado de heterozigoseco, ripetaj regionoj, polipoloidaj genaroj, nenormala CG-enhavo ktp.
Nia unu-loka solvo provizas integrajn sekvencajn servojn kaj bioinformatikan analizon, kiuj liveras altkvalitan *de novo* kunmetitan genaron. Komenca genoma enketo kun Illumina provizas taksojn pri genoma grandeco kaj komplekseco, kaj ĉi tiu informo estas uzata por gvidi la sekvan paŝon de longlega sekvencado kun PacBio HiFi, sekvata de...de novokunmeto de kontiguoj. La posta uzo de HiC-kunmeto ebligas ankrigon de la kontiguoj al la genaro, atingante kromosomnivelan kunmeton. Fine, la genaro estas prinotita per gena antaŭdiro kaj per sekvencado de esprimitaj genoj, recurriante al transkriptomoj kun mallongaj kaj longaj legaĵoj.
-- Integriĝo de pluraj sekvencaj kaj bioinformadaj servoj en unu-loka solvoServo taŭga por la konstruanta romano
-- genaroj aŭ plibonigo de ekzistantaj referencaj genaroj por specioj de intereso.
Resekvencado
-- Biblioteka preparado povas esti norma aŭ sen PCR
-- Disponebla en 4 sekvencaj platformoj: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 aŭ PacBio Revio.
-- Biokomputika analizo fokusita sur variaĵvoko: SNP, InDel, SV kaj CNV
Servaj Avantaĝoj
●Ampleksa Kompetenteco kaj Publikiga Registro: Porde novoservoj, ni akumulis grandegan sperton en altkvalita genoma kunmeto de diversaj specioj, inkluzive de diploidaj genaroj kaj tre kompleksaj genaroj de poliploidaj kaj alopoliploidaj specioj. Ekde 2018, ni kontribuis al pli ol 300 alt-efikaj publikaĵoj, kaj pli ol 20 el ili estas publikigitaj en Nature Genetics. Pri genarma resekvencado, ni akumulis pli ol 1000 speciojn, kio rezultigis pli ol 1000 publikigitajn kazojn kun akumula impactfaktoro de pli ol 5000.
●Unu-halta Solvo: Ŝaltitade novosekvencado, nia integra aliro kombinas plurajn sekvencajn teknologiojn kaj bioinformatikajn analizojn en koheran laborfluon, liverante altkvalitan kunmetitan genaron.
●Adaptita al viaj bezonojNia servo-laborfluo estas personigebla, permesante adaptiĝon por genomoj kun diversaj trajtoj kaj specifaj esplorbezonoj.
●Tre Kompetenta Bioinformatika kaj Laboratoria TeamoĈu ĝi estas porde novosekvencado aŭ resekvencado, nia teamo havas lertan aron da iloj kaj scio por garantii la sukceson de la projekto. Ĉi tion oni povas konfirmi per la serio da patentoj kaj kopirajtoj de programaro, kiujn ili disvolvis.
● Postvenda Subteno:Nia engaĝiĝo etendiĝas preter projekta kompletigo kun 3-monata postvenda servo. Dum ĉi tiu tempo, ni ofertas projektan sekvadon, helpon pri problemsolvado kaj demando-respondajn sesiojn por respondi iujn ajn demandojn rilatajn al la rezultoj.
●Ampleksa Bioinformatika Analizo: Inkluzive de variacia alvoko kaj funkcia prinotado.
●Ampleksa Komentado por SekvencadoNi uzas plurajn datumbazojn por funkcie prinoti la genojn kun identigitaj variaĵoj kaj plenumi la respondan riĉiganalizon, provizante komprenojn pri viaj esplorprojektoj.
Servaj Specifoj
| Variaĵoj por esti identigitaj | Sekvenca strategio | Rekomendita profundo |
| SNP kaj InDel | Illumina NovaSeq PE150 aŭ MGI T7 | 10x |
| SV kaj CNV (malpli precizaj) | 30x | |
| SV kaj CNV (pli precizaj) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP-oj, Indel-oj, SV kaj CNV | PacBio Revio | 10x |
Specimenaj Postuloj
| Histo aŭ ekstraktitaj nukleaj acidoj | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Bestaj Intestaĵoj | 0,5-1 gramoj | ≥ 3.5 gramoj
| ≥ 3.5 gramoj
| ||
| Besta Muskolo | ≥ 5 gramoj
| ≥ 5 gramoj
| |||
| Mamula Sango | 1.5 ml | ≥ 0.5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Kokida/Fiŝa Sango | ≥ 0.1 mL
| ≥ 0.5 ml
| |||
| Planto - Freŝa Folio | 1-2 gramoj | ≥ 2 gramoj
| ≥ 5 gramoj
| ||
| Kulturitaj Ĉeloj |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Mola histo de insektoj/individuo | 0,5-1 gramoj | ≥ 1 gramoj
| ≥ 3 gramoj
| ||
| Ekstraktita DNA
| Koncentriĝo: ≥ 1 ng/ µL Kvanto: ≥ 30 ng Limigita aŭ neniu degradiĝo aŭ poluado
| Koncentriĝo Kvanto
OD260/280
OD260/230
Limigita aŭ neniu degradiĝo aŭ poluado
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/fluoĉelo/specimeno
1.7-2.2
≥1.5 | Koncentriĝo Kvanto
OD260/280
OD260/230
Limigita aŭ neniu degradiĝo aŭ poluado | ≥ 50 ng/µL 10 µg/fluoĉelo/specimeno
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Preparado de Biblioteko sen PCR: Koncentriĝo ≥ 40 ng/ µL Kvanto ≥ 500 ng | |||||
Serva Laborfluo
Specimena liverado
DNA-ekstraktado
Biblioteka konstruado
Sekvencado
Analizo de datumoj
Datumliverado
De novobioinformadika dukto
Se vi volas vidi superrigardon de niaj diversaj duktoj por la muntado:
Kompleta bioinformatika analizo, dividita en 4 paŝojn:
1. Genara esploro, bazita sur k-mer-analizo kun NGS-legadoj.Ĝi donos al ni informojn pri:
- Takso de genargrandeco
- Takso de heterozigoseco
- Takso de ripetaj regionoj
2. Genara Asembleo per PacBio HiFi.Uzante longajn legadojn donos al ni:
- De novoasembleo
- Asembleo-takso: inkluzive de BUSCO-analizo por genoma kompleteco kaj mapado de NGS kaj PacBio HiFi-legaĵoj
3. Hi-C-asembleo.Post kiam ni havos la kunmetadon, havi informojn pri la 3D-strukturo de la genaro profundigos la scion kaj riĉigos la referencan genaron, kiun ni konstruas.
- Hi-C-biblioteko QC por taksi validajn Hi-C-interagojn.
- Hi-C-asembleo. Ni faros la grupigon de kontiguoj en grupojn, sekvata de ordigo de kontiguoj ene de ĉiu grupo kaj asignado de kontigua orientiĝo.
- Hi-C taksado
4. Genara prinotado:
- Ne-ĉifranta RNA-prognozo
- Identigo de ripetaj sekvencoj (transpozonoj kaj tandemaj ripetoj)
- Gena prognozo
- De novoab initio algoritmoj
- Bazita sur homologio
- Bazita sur transkriptomo, kun longaj kaj mallongaj legaĵoj: legaĵoj estasde novokunmetita aŭ mapita al la skiza genaro
- Komentado de antaŭdiritaj genoj per pluraj datumbazoj
Re-sekvencadobioinformadika dukto
Inkluzivas la jenan analizon:
- Kruda Datuma Kvalitkontrolo
- Statistikoj pri vicigo al referenca genaro
- Variaĵa identigo: SNP, InDel, SV kaj CNV
- Funkcia komentado de variaĵoj
Statistikoj pri akordigo al referenca genaro - sekvenca profunddistribuo
SNP-vokado inter pluraj specimenoj
InDel-identigo - statistikoj pri la InDel-longo en la CDS-regiono kaj la genar-kovranta regiono
Variaĵa distribuo tra la genaro - Circos-intrigo
Funkcia komentado de genoj kun identigitaj variaĵoj - Gena Ontologio
Chai, Q. et al. (2023) 'Glutationa S-transferazo GhTT19 determinas la pigmentadon de florpetaloj per reguligo de antocianina amasiĝo en kotono',Plantbioteknologia Ĵurnalo, 21(2), p. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Kromosomnivela sovaĝa Hevea brasiliensis genaro provizas novajn ilojn por genomik-helpata bredado kaj valorajn lokusojn por pliigi kaŭĉukrendimenton',Plantbioteknologia Ĵurnalo, 21(5), paĝoj 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. et al. (2021) 'Genaraj sekvencoj malkaŝas tutmondajn disvastiĝajn vojojn kaj sugestas konverĝajn genetikajn adaptiĝojn en la evoluo de hipokampoj',Naturaj Komunikadoj, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Grandskalaj Kromosomaj Ŝanĝoj Kaŭzas Genarnivelajn Esprimŝanĝojn, Median Adaptiĝon kaj Speciiĝon en la Gajal (Bos frontalis)',Molekula Biologio kaj Evoluo, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Genara asembleo kaj genetika dissekcio de elstara arid-rezista maiza ĝermo-plasmo',Natura Genetiko 202355:3, 55 (3), pp 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Malkaŝante evoluon de tropanalkaloida biosintezo per analizo de du genaroj en la familio Solanacoj',Naturaj Komunikadoj2023 14:1, 14(1), paĝoj 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. et al. (2022) 'Analizo de genaraj kaj metilaĵaj ŝanĝoj en ĉinaj indiĝenaj kokoj laŭlonge de la tempo provizas komprenon pri speciokonservado',Komunikada Biologio, 5(1), paĝoj 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Malfacilaj kazesploroj:
Telomero-al-telomera asembleo:Fu, A. et al. (2023) 'Telomero-al-telomera genoma kunmeto de amara melono (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) malkaŝas fruktan disvolviĝon, konsiston kaj maturiĝajn genetikajn karakterizaĵojn',Hortikultura Esplorado, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Haplotipa asembleo:Hu, W. et al. (2021) 'Alel-difinita genaro rivelas bialelan diferenciĝon dum manioka evoluo',Molekula Fabriko, 14 (6), pp 851-854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Giganta genoma asembleo:Yuan, J. et al. (2022) 'Genara bazo de la giga-kromosomoj kaj giga-genomo de arba peonio Paeonia ostii',Naturaj Komunikadoj2022 13:1, 13(1), paĝoj 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Asembleo de poliploida genaro:Zhang, Q. et al. (2022) 'Genomikaj komprenoj pri la lastatempa kromosoma redukto de aŭtopoliploida sukerkano Saccharum spontaneum',Natura Genetiko 202254:6, 54 (6), pp 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
