-
Genaro-kovranta Asocia Analizo
La celo de Genome-Wide Association Studies (GWAS) estas identigi genetikajn variaĵojn (genotipoj) ligitajn al specifaj trajtoj (fenotipoj). Esplorante genetikajn signojn tra la tuta genaro en granda nombro da individuoj, GWAS eksterpolas gentip-fenotipajn asociojn per loĝantar-nivelaj statistikaj analizoj. Tiu metodaro trovas ampleksajn aplikojn en esplorado de homaj malsanoj kaj esplorado de funkciaj genoj ligitaj al kompleksaj trajtoj en bestoj aŭ plantoj.
Ĉe BMKGENE, ni ofertas du vojojn por konduki GWAS sur grandaj populacioj: utiligi Tut-Genoman Sekvencadon (WGS) aŭ elektante reduktitan reprezentan genaron-sekvencadmetodon, la endome-evoluitan Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Dum WGS konvenas pli malgrandajn genarojn, SLAF aperas kiel kostefika alternativo por studado de pli grandaj populacioj kun pli longaj genaroj, efike minimumigante sekvenckostojn, garantiante altan genetikan signo-malkovran efikecon.
-
Planto/Besto Tuta Genaro Sekvencado
Whole Genome Sequencing (WGS), ankaŭ konata kiel resekvencado, rilatas al la tuta genarsekvencado de malsamaj individuoj de specioj kun konataj referencgenaroj. Sur tiu bazo, la genomaj diferencoj de individuoj aŭ populacioj povas esti plu identigitaj. WGS ebligas la identigon de Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure-vario (SV), kaj Copy Number Variation (CNV). SVoj konsistas el pli granda parto de la variadbazo ol SNPoj kaj havas pli grandan efikon al la genaro, sufiĉe influante vivantajn organismojn. Dum mallonglega resekvencado estas efika en identigado de SNPoj kaj InDels, longlega resekvencado permesas pli precizan identigon de grandaj fragmentoj kaj komplikaj varioj.
-
Evolua Genetiko
Evolua Genetiko estas ampleksa sekvenca servo dizajnita por oferti kompreneman interpreton de la evoluo ene de granda grupo de individuoj, surbaze de genetikaj varioj, inkluzive de SNPoj, InDels, SVoj kaj CNVoj. Ĉi tiu servo ampleksas ĉiujn esencajn analizojn necesajn por klarigi la evoluajn ŝanĝojn kaj genetikajn trajtojn de populacioj, inkluzive de taksoj de populaciostrukturo, genetika diverseco kaj filogenetikaj rilatoj. Krome, ĝi enprofundiĝas en studojn pri genfluo, ebligante taksojn de efika loĝantargrandeco kaj diverĝtempo. Evolugenetikaj studoj donas valorajn sciojn pri la originoj kaj adaptiĝoj de specioj.
Ĉe BMKGENE, ni ofertas du vojojn por fari evoluajn genetikajn studojn sur grandaj populacioj: utiligi tutgenaran sekvencon (WGS) aŭ elektante reduktitan reprezentan genarsekvencan metodon, la endome evoluigita Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Dum WGS konvenas pli malgrandajn genarojn, SLAF aperas kiel kostefika alternativo por studado de pli grandaj populacioj kun pli longaj genaroj, efike minimumigante sekvencikostojn.
-
Kompara Genomiko
Kompara genaro implikas la ekzamenon kaj komparon de la tutaj genarsekvencoj kaj strukturoj inter malsamaj specioj. Tiu kampo serĉas riveli la evoluon de specioj, deĉifri genfunkciojn, kaj pliklarigi la genetikajn reguligajn mekanismojn identigante konservitajn aŭ diverĝajn sekvencstrukturojn kaj elementojn trans diversaj organismoj. Ampleksa kompara genomiko studo ampleksas analizojn kiel ekzemple genfamilioj, evolua evoluo, tut-genaromultobligaj okazaĵoj, kaj la efikon de selektemaj premoj.
-
Hi-C Bazita Genaro-Asembleo
Hi-C estas metodo dizajnita por kapti kromosomkonfiguracion kombinante sondantajn proksimec-bazitajn interagojn kaj alt-trafian sekvencon. La intenseco de tiuj interagoj verŝajne estas negative korelaciita kun fizika distanco sur kromosomoj. Tial, Hi-C-datenoj estas utiligitaj por gvidi la grupigon, ordigon kaj orientiĝon de kunvenitaj sekvencoj en skiza genaro kaj ankri tiujn sur certa nombro da kromosomoj. Tiu teknologio povigas kromosom-nivelan genaron en la foresto de populaci-bazita genetika mapo. Ĉiu ununura genaro bezonas Hi-C.
-
Plant/Animal De Novo Genome Sequencing
De Novosekvencado rilatas al la konstruado de la tuta genaro de specio uzanta sekvencteknologiojn en la foresto de referenca genaro. La enkonduko kaj ĝeneraligita adopto de triageneracia sekvencado, havanta pli longajn legadojn, signife plibonigis genararon pliigante la interkovron inter legaĵoj. Tiu plibonigo estas precipe trafa kiam traktas malfacilajn genarojn, kiel ekzemple tiuj elmontrantaj altan heterozigosecon, altan rilatumon de ripetemaj regionoj, poliploidoj, kaj regionoj kun ripetemaj elementoj, nenormalaj GC-enhavoj, aŭ altan kompleksecon kiuj estas tipe nebone kunvenitaj uzante mallonglegan sekvencon. sole.
Nia unuhalta solvo provizas integrajn sekvencajn servojn kaj bioinformatikan analizon, kiuj liveras altkvalitan de novo kunmetitan genaron. Komenca genarenketo kun Illumina disponigas taksojn de genargrandeco kaj komplekseco, kaj ĉi tiuj informoj estas uzataj por gvidi la sekvan paŝon de longlega sekvencado kun PacBio HiFi, sekvita dede novokunigo de kontigs. La posta uzo de HiC-asembleo ebligas ankron de la kontigs al la genaro, akirante kromosom-nivelan kunigon. Finfine, la genaro estas komentita per genprognozo kaj sekvencante esprimitajn genojn, frekventante transkriptomoj kun mallongaj kaj longaj legadoj.
-
Homa Tuta Ekzoma Sekvencado
Human Whole exome-sekvencado (hWES) estas vaste agnoskita kiel kostefika kaj potenca sekvencaliro por indiki malsan-kaŭzantajn mutaciojn. Malgraŭ konstituado de nur proksimume 1.7% de la tuta genaro, ekson ludas decidan rolon rekte reflektante la profilon de totalaj proteinfunkcioj. Precipe, en la homa genaro, pli ol 85% de mutacioj ligitaj al malsanoj manifestiĝas ene de la protein-kodaj regionoj. BMKGENE ofertas ampleksan kaj flekseblan homan tutan ekzome-sekvencan servon kun du malsamaj ekson-kaptaj strategioj disponeblaj por plenumi diversajn esplorajn celojn.
-
Specif-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Altprodukta genotipado, precipe sur grandskalaj populacioj, estas fundamenta paŝo en genetikaj asociostudoj kaj disponigas genetikan bazon por funkcia geneltrovo, evolua analizo, ktp. Anstataŭ profunda tuta genar-resekvencado,Reduktita Reprezenta Genoma Sekvencado (RRGS)estas ofte utiligita en tiuj studoj por minimumigi sekvencan koston per provaĵo konservante akcepteblan efikecon en genetika signomalkovro. RRGS atingas tion digestante DNA kun restriktaj enzimoj kaj temigante specifan fragmentgrandecintervalon, tiel sekvencante nur frakcion de la genaro. Inter la diversaj RRGS-metodaroj, Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF) estas agordebla kaj altkvalita aliro. Ĉi tiu metodo, disvolvita sendepende de BMKGene, optimumigas la limigan enzimon aron por ĉiu projekto. Tio certigas la generacion de granda nombro da SLAF-etikedoj (400-500 bps-regionoj de la genaro estanta sekvencita) kiuj estas unuforme distribuitaj trans la genaro dum efike evitante ripetemajn regionojn, tiel certigante la plej bonan genetikan signomalkovron.
