Prokariota RNA-sekvencado
Trajtoj
● Prilaborado de RNA-specimeno implikis malplenigon de rRNA sekvatan de preparado de direkta RNA-biblioteko.
● Biokomputika analizo bazita sur akordigo al referenca genaro
● Analizo inkluzivas genan esprimon kaj DEG-ojn, sed ankaŭ transskribaĵan strukturon kaj sRNA-analizon
Servaj Avantaĝoj
●Rigora Kvalitkontrolo: ni efektivigas kernajn kontrolpunktojn tra ĉiuj etapoj, de la preparado de specimenoj kaj bibliotekoj ĝis sekvencado kaj bioinformadiko. Ĉi tiu zorgema monitorado certigas la liveradon de konstante altkvalitaj rezultoj.
●Faden-specifaj Sekvencaj Datumoj: pro tio, ke la preparo de la RNA-biblioteko estas direktiva, ebligante identigon de kontraŭsencaj transskribaĵoj.
●Kompleta Analizo Adaptita al Prokariotaj Transkriptomoj: la bioinformatika dukto inkluzivas ne nur analizon de la genekspresio sed ankaŭ analizon de la transskribaĵstrukturo, inkluzive de identigo de operonoj, UTR-oj kaj reklamantoj. Ĝi ankaŭ inkluzivas analizon de sRNA-oj, nome prinotadon kaj antaŭdiron de sekundara strukturo kaj celoj.
●Postvenda SubtenoNia engaĝiĝo etendiĝas preter la projekta kompletigo kun 3-monata postvenda servo. Dum ĉi tiu tempo, ni ofertas projektan sekvadon, helpon pri problemsolvado kaj demando-respondajn sesiojn por respondi iujn ajn demandojn rilatajn al la rezultoj.
Specimenaj Postuloj kaj Liverado
| Biblioteko | Sekvenca strategio | Rekomenditaj datumoj | Kvalitkontrolo |
| rRNA malplenigita direkta biblioteko | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Specimenaj Postuloj:
| Koncentriĝo (ng/μl) | Kvanto (μg) | Pureco | Integreco |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Limigita aŭ neniu proteina aŭ DNA-poluado montrita sur la ĝelo. | RIN≥6.5 |
Rekomendita Specimena Liverado
Ujo: 2 ml centrifugilo (Stanfolio ne estas rekomendinda)
Specimena etikedado: Grupo+repliko ekz. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sendo:
1. Sekglacio: Specimenoj devas esti pakitaj en sakojn kaj entombigitaj en sekglacio.
2. RNAstabilaj tuboj: RNA-specimenoj povas esti sekigitaj en RNA-stabiligaj tuboj (ekz. RNAstable®) kaj senditaj je ĉambra temperaturo.
Serva Laborfluo
Specimena liverado
Biblioteka konstruado
Sekvencado
Analizo de datumoj
Postvendaj servoj
Biokomputika Analiza Laborfluo
Inkluzivas la jenan analizon:
● Kontrolo de la kvalito de krudaj datumoj
● Alĝustigo al la referenca genaro
● Takso de Biblioteka Kvalito: hazardo de RNA-fragmentiĝo, grandeco de enigaĵo kaj saturiĝo de sekvencado
● Funkcia komentado de antaŭdiritaj kodantaj genoj
● Analizo de Esprimoj: korelacio kaj Analizo de Ĉefaj Komponantoj (AĈP)
● Diferenca Gena Esprimo (DEGoj)
● Funkcia komentado kaj riĉigo de DEG-oj
● sRNA-Analizo: antaŭdiro, komentado, celo kaj antaŭdiro de sekundara strukturo
● Analizo de la Strukturo de Transskribaĵoj: operonoj, komencaj kaj finaj pozicioj, netradukita regiono (UTS), promotoro, kaj analizo de SNP/InDel
Sekvenca saturiĝo
Funkcia komentado de kodantaj genoj
Korelacio inter specimenoj
Analizo de Diferenc-Esprimitaj Genoj (DEGoj)
Funkcia riĉiga analizo
sRNA-anotado
Esploru la progresojn faciligitajn per la plenlongaj mRNA-sekvencaj servoj Nanopore de BMKGene en ĉi tiu elstara publikaĵo.
Guan, CP et al. (2018) 'Tutmondaj Transkriptomaj Ŝanĝoj de Biofilmo-Formanta Staphylococcus epidermidis Respondante al Totalaj Alkaloidoj de Sophorea alopecuroides',Pola Ĵurnalo de Mikrobiologio, 67(2), p. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
