Prokariota RNA-sekvencado

Prokariota RNA-sekvencado uzas venontgeneracian sekvencon (NGS) por riveli la ĉeeston kaj kvanton de RNA en antaŭfiksita momento, per analizado de la ŝanĝiĝanta ĉela transcriptome.La prokariota RNA-sekvencado de nia firmao, specife celas prokariotojn kun referencaj genaroj, provizante al vi transkriptomprofiladon, genstrukturan analizon, ktp. Ĝi estis vaste aplikita al bazscienca esplorado, drogesplorado kaj disvolviĝo, kaj pli.

Platformo: Platformo Illumina NovaSeq

Kontaktu Nin

Servaj Detaloj

Specifoj de Servo

Platformo: Platformo Illumina NovaSeq, PE150

Biblioteko-tipo: 350bp enmeti cDNA-bibliotekon (dependas de pinta distribuo)

Sekvenca strategio: Parigita-Fino 150 bp

Rekomendinda kvanto de datumoj: 2 Gb krudaj datumoj/specimeno

Bioinformadiko

(1) Sekvenca datuma kvalito-kontrolo: Nukleotida distribuo, Baza kvalita distribuo, rRNA-proporcio-takso;

(2) Analizo de sekvenca vicigo: statistiko de rezultoj de vicigo, Saturado de sinsekvo, Kovrado de sinsekvo;

(3) Referenca genoma komentario (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Esprima analizo: Esprimdistribuo (Kun du aŭ pli da specimenoj), Analizo de esprimo inter specimenoj (Venn-analizo, Korelacia analizo, PCA-analizo);

(5) Diferenca esprima analizo (Kun du aŭ pli da specimenoj);

(6) Analizo de genaro: Analizo de Venn, Analizo de Cluster, Analizo de komentario de funkcio (COG, GO, KEGG), Analizo de pliriĉiga funkcio (GO, KEGG), Funkcia riĉiga korda grafikaĵo, analizo de Ipath;

(7) sRNA-analizo: sRNA prognozo, sRNA komentario (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA sekundara strukturo prognozo, sRNA cela geno prognozo;

(8) Transskriba strukturo-analizo: Operon-analizo, Transskribo-komenco kaj finaj ejoj-antaŭdiro, UTR-komento kaj analizo, Promotor-sekvenca prognozo, SNP/InDel-analizo (SNP/InDel komentario, SNP/InDel regiona distribuo, SNP-statistiko).