Specif-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Servaj Detaloj
Teknika Skemo
Laborfluo
Servaj Avantaĝoj
Alta markilo-malkovra efikeco- Altprodukta sekvenca teknologio helpas SLAF-Seq malkovri centojn da miloj da etikedoj en la tuta genaro.
Malalta dependeco de la genaro- Ĝi povas esti aplikata al specioj ĉu kun aŭ sen referenca genaro.
Fleksebla skemo-dezajno- Unu-enzima, du-enzima, mult-enzima digestado kaj diversaj specoj de enzimoj, ĉiuj povas esti elektitaj por servi malsamajn esplorcelojn aŭ speciojn.Antaŭtaksado en silico estas uzata por certigi optimuman enzimdezajnon.
Efika enzima digesto- Antaŭeksperimento estis efektivigita por optimumigi la kondiĉojn, kio faras la formalan eksperimenton stabila kaj fidinda.Fragmentkolekta efikeco povas atingi pli ol 95%.
Egale distribuitaj SLAF-etikedoj- SLAF-etikedoj estas egale distribuitaj en ĉiuj kromosomoj en la plej granda mezuro, atingante averaĝe 1 SLAF per 4 kb.
Efika evitado de ripetoj- Ripeta sekvenco en SLAF-Seq-datumoj estas reduktita al malpli ol 5%, precipe en specioj kun alta nivelo de ripetoj, kiel ekzemple tritiko, maizo, ktp.
Vasta sperto-Pli ol 2000 fermitaj SLAF-Seq-projektoj pri centoj da specioj kovrantaj plantojn, mamulojn, birdojn, insektojn, akvo-organismojn, ktp.
Mem-evoluinta bioinformatika laborfluo- Integrita bioinformatika laborfluo por SLAF-Seq estis evoluigita fare de BMKGENE por certigi fidindecon kaj precizecon de fina eligo.
Specifoj de Servo
| Platformo | Konk. (ng/gl) | Sumo (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Volumno> 15μl) | 1,6-2,5 |
Rekomendita Sekvenca Strategio
Sekvenca profundo: 10X/Etikedo
| Genoma Grandeco | Rekomenditaj SLAF-Etikedoj |
| < 500 Mb | 100K aŭ WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Gigantaj aŭ kompleksaj genaroj | 300 - 400K |
| Aplikoj
| Rekomendita Populacia Skalo
| Sekvenca strategio kaj profundo
| |
| Profundo
| Etikedo Nombro
| ||
| GWAS
| Ekzempla nombro ≥ 200
| 10X
|
Laŭ genoma grandeco
|
| Genetika Evoluo
| Individuoj de ĉiu subgrupo ≥ 10; totalaj specimenoj ≥ 30
| 10X
| |
Rekomendita Specimena Livero
Ujo: 2 ml centrifuga tubo
Por plej multaj specimenoj, ni rekomendas ne konservi en etanolo.
Ekzempla etikedado: Specimenoj devas esti klare etikeditaj kaj identaj al sendita specimena informformularo.
Sendado: Seka glacio: Specimenoj devas esti pakitaj en sakoj unue kaj enterigitaj en seka glacio.
Serva Laborfluo
Specimeno QC
Pilota eksperimento
SLAF-eksperimento
Biblioteko Preparado
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj Servoj
1. Statistiko de mapo rezulto
2. SLAF markilo disvolviĝo
3. Variacia komentario
| Jaro | Ĵurnalo | IF | Titolo | Aplikoj |
| 2022 | Naturkomunikadoj | 17.694 | Genoma bazo de la giga-kromosomoj kaj giga-genomo de arba peonio Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nova fitologo | 7.433 | Malsovaĝaj piedsignoj ankras genomajn regionojn de agronomia graveco en sojfaboj | SLAF-GWAS |
| 2022 | Ĵurnalo de Altnivela Esplorado | 12.822 | Genar-kovrantaj artefaritaj introgresoj de Gossypium barbadense en G. hirsutum malkaŝi superajn lokojn por samtempa plibonigo de kvalito kaj rendimento de kotono-fibro trajtoj | SLAF-Evolua genetiko |
| 2019 | Molekula Planto | 10.81 | Population Genomic Analysis kaj De Novo Assembly Reveal the Origin of Weedy Rizo kiel Evolua Ludo | SLAF-Evolua genetiko |
| 2019 | Natura Genetiko | 31.616 | Genarsekvenco kaj genetika diverseco de la ordinara karpo, Cyprinus carpio | Mapo de SLAF-Linkage |
| 2014 | Natura Genetiko | 25.455 | La genaro de kultivita arakido disponigas sciojn pri guŝokariotipoj, poliploidaj evoluado kaj malsovaĝigo de kultivaĵoj. | Mapo de SLAF-Linkage |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Identigo de ST1 rivelas selektadon implikantan petveturadon de semmorfologio kaj oleoenhavo dum malsovaĝigo de sojfabo | Evoluo de SLAF-Marker |
| 2022 | Internacia Revuo de Molekulaj Sciencoj | 6.208 | Identigo kaj DNA-Signo-Evoluo por Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomia Kromosoma Anstataŭigo | Evoluo de SLAF-Marker |
