Specife-Lokusa Plifortigita Fragmenta Sekvencado (SLAF-Seq)
Laborfluo
La servo havas iom da antaŭ-dezajno en silico por garantii la optimuman enzimselektadon dum la preparado de la biblioteko.
Teknika Skemo
Servaj Trajtoj
● Sekvencado sur NovaSeq kun PE150.
● Biblioteka preparado kun duobla strekkodo, ebligante kunigadon de pli ol 1000 specimenoj.
● Sendepende de referenca genaro:
Kun referenca genaro: SNP kaj InDel malkovro
Sen referenca genaro: specimenagregaciado kaj SNP-malkovro
● En laen-silikoantaŭ-dezajna stadio pluraj restriktaj enzimaj kombinaĵoj estas ekzamenitaj por trovi tiujn, kiuj generas unuforman distribuon de SLAF-etikedoj laŭlonge de la genaro.
● Dum la antaŭeksperimento, tri enzimaj kombinaĵoj estas testitaj en 3 specimenoj por generi 9 SLAF-bibliotekojn, kaj ĉi tiu informo estas uzata por elekti la optimuman restriktajn enzimajn kombinaĵojn por la projekto.
Servaj Avantaĝoj
●Malkovro de Alta Genetika SigniloNi integras alt-trairan duoblan strekkodan sistemon, kiu ebligas samtempan sekvencadon de grandaj populacioj, kaj lokus-specifan plifortigon plibonigantan efikecon, certigante, ke etikednumeroj plenumas la diversajn postulojn de diversaj esplordemandoj.
● Malalta Dependeco de la GenaroĜi povas esti aplikita al specioj kun aŭ sen referenca genaro.
●Fleksebla Skema DezajnoUnu-enzima, du-enzima, plur-enzima digestado, kaj diversaj specoj de enzimoj ĉiuj povas esti elektitaj por kontentigi malsamajn esplorcelojn aŭ speciojn.
● Alta Efikeco en Enzimata DigestadoLa konduktado deen-silikoantaŭ-dezajno kaj antaŭ-eksperimento certigas optimuman dezajnon kun egala distribuo de SLAF-etikedoj sur la kromosomo (1 SLAF-etikedo/4Kb) kaj reduktita ripetema sekvenco (<5%).
●Vasta KompetentecoNi alportas abundon da sperto al ĉiu projekto, kun historio de fermo de pli ol 5000 SLAF-Seq-projektoj pri centoj da specioj, inkluzive de plantoj, mamuloj, birdoj, insektoj kaj akvaj organismoj.
● Mem-disvolvita Biokomputika LaborfluoNi evoluigis integran bioinformatikan laborfluon por SLAF-Seq por certigi la fidindecon kaj precizecon de la fina rezulto.
Servaj Specifoj
| Tipo de analizo | Rekomendita populacia skalo | Sekvenca strategio | |
| Profundo de etikedsekvencado | Etikednumero | ||
| Genetikaj Mapoj | 2 gepatroj kaj >150 idoj | Gepatroj: 20x WGS Idoj: 10x | Genara grandeco: <400 Mb: WGS estas rekomendinda <1Gb: 100K etikedoj 1-2Gb:: 200K etikedoj >2Gb: 300K etikedoj Maksimume 500 mil etikedoj |
| Genar-kovrantaj asociaĵaj studoj (GWAS) | ≥200 specimenoj | 10x | |
| Genetika Evoluo | ≥30 specimenoj, kun >10 specimenoj el ĉiu subgrupo | 10x | |
Servaj Postuloj
Koncentriĝo ≥ 5 ng/µL
Totala kvanto ≥ 80 ng
Nanoguto OD260/280=1.6-2.5
Agarosa ĝelo: neniu aŭ limigita degradiĝo aŭ poluado
Rekomendita Specimena Liverado
Ujo: 2 ml centrifugilo
(Por la plej multaj specimenoj, ni rekomendas ne konservi en etanolo)
Specimenetikedado: Specimenoj devas esti klare etikeditaj kaj identaj al la alsendita specimeninformformularo.
Sendo: Sekglacio: Specimenoj unue devas esti pakitaj en sakojn kaj entombigitaj en sekglacio.
Servolaborfluo
Specimena kvalitkontrolo
Piloteksperimento
SLAF-eksperimento
Biblioteka Preparado
Sekvencado
Datumanalizo
Postvendaj Servoj
Nia bioinformatika analizo konsistas el:
Datuma KV kaj datentondado por forigi N-riĉajn legaĵojn, adaptilajn legaĵojn aŭ malaltkvalitajn legaĵojn.
Dua kvalito-kontrolo de la puraj legaĵoj por kontroli la bazdistribuon, sekvenckvaliton kaj datentakson, sed ankaŭ por kontroli la digestefikecon kaj la akiritajn enigaĵojn.
Post kiam la legaĵoj estas kontrolitaj, ekzistas du ebloj:
- Mapado al referenca genaro
- Sen referenca genaro: agregaciado
Post tio, la analizo de SLAF-etikedoj estas uzata por fari iujn variaĵvokojn por helpi kun la malkovro de markiloj: SNP, InDel, SNV, CV-vokoj kaj komentoj.
Distribuo de SLAF-etikedoj sur kromosomoj:
Distribuo de SNP-oj sur kromosomoj:
SNP-anotado
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X kaj Shi C (2023) QTL-mapado kaj transkriptoma analizo de sukerenhavo dum fruktomaturiĝo dePyrus pyrifolia.Fronto. Plantoscienco.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Identigo de st1 malkaŝas selektadon implikantan aŭtostopadon de semmorfologio kaj oleenhavo dum sojfaba malsovaĝigo.Plantbioteknologia Ĵurnalo, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.kaj aliaj.Genara sekvenco kaj genetika diverseco de la ordinara karpo,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.kaj aliaj.La genaro de kultivita arakido provizas komprenon pri guŝaj kariotipoj, poliploida evoluo kaj kultivaĵmalsovaĝigo.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Jaro | Ĵurnalo | IF | Titolo | Aplikoj |
| 2022 | Naturaj komunikadoj | 17.694 | Genara bazo de la giga-kromosomoj kaj giga-genaro de arbpeonio Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nova Fitologo | 7.433 | Malsovaĝigaj spuroj ankras genomikajn regionojn de agronoma graveco en sojfaboj | SLAF-GWAS |
| 2022 | Ĵurnalo de Altnivela Esplorado | 12.822 | Genar-kovrantaj artefaritaj introgresioj de Gossypium barbadense en G. hirsutum malkaŝu superajn lokojn por samtempa plibonigo de la kvalito kaj rendimento de kotonfibro trajtoj | SLAF-Evolua genetiko |
| 2019 | Molekula Fabriko | 10.81 | Analizo de Populacia Genaro kaj De Novo Asembleo Rivelas la Originon de Herbo Rizo kiel Evolua Ludo | SLAF-Evolua genetiko |
| 2019 | Natura Genetiko | 31.616 | Genara sekvenco kaj genetika diverseco de la karpo, Cyprinus carpio | SLAF-liga mapo |
| 2014 | Natura Genetiko | 25.455 | La genaro de kultivita arakido provizas komprenon pri kariotipoj de guŝoj, poliploidoj evoluo kaj malsovaĝigo de kultivaĵoj. | SLAF-liga mapo |
| 2022 | Plantbioteknologia Ĵurnalo | 9.803 | Identigo de ST1 rivelas selektadon implikantan petveturadon de semmorfologio kaj oleenhavo dum sojfaba malsovaĝigo | SLAF-signila disvolviĝo |
| 2022 | Internacia Ĵurnalo de Molekulaj Sciencoj | 6.208 | Identigo kaj Evoluigo de DNA-Signiloj por Tritiko-Leymus mollis 2Ns (2D) Disoma Kromosoma Anstataŭigo | SLAF-signila disvolviĝo |
| Jaro | Ĵurnalo | IF | Titolo | Aplikoj |
| 2023 | Frontieroj en plantscienco | 6.735 | QTL-mapado kaj transkriptoma analizo de sukerenhavo dum fruktomaturiĝo de Pyrus pyrifolia | Genetika Mapo |
| 2022 | Plantbioteknologia Ĵurnalo | 8.154 | Identigo de ST1 rivelas selektadon implikantan petveturadon de semmorfologio kaj oleenhavo dum sojfaba malsovaĝigo.
| SNP-vokado |
| 2022 | Frontieroj en plantscienco | 6.623 | Tutgenoma Asocia Mapado de Apenaŭ Hulless-Fenotipoj en Seka Medio.
| GWAS |
