-
Plenlonga mRNA-sekvencado-Nanopore
RNA-sekvencado estis valorega ilo por ampleksa transkriptomanalizo.Sendube, tradicia mallonglega sekvencado atingis multnombran gravan evoluon ĉi tie.Tamen, ĝi ofte renkontas limigojn en plenlongaj izoformaj identigoj, kvantigado, PCR-biaso.
Nanoporsekvencado distingas sin de aliaj sekvencaj platformoj, en tio ke la nukleotidoj estas legitaj rekte sen DNA-sintezo kaj generas longan legadon je dekoj de kilobazoj.Ĉi tio rajtigas rektan legadon kruci plenlongajn transskribaĵojn kaj trakti la defiojn en izoform-nivelaj studoj.
Platformo：Nanopore PromethION
Biblioteko:cDNA-PCR
-
De novo Plenlonga Transcriptome-sekvencado -PacBio
De novoplenlonga transkriptomsekvencado, ankaŭ konata kielDe novoIso-Seq prenas la avantaĝojn de PacBio-sekvencilo en legolongo, kiu ebligas sekvencadon de plenlongaj cDNA-molekuloj sen iuj paŭzoj.Ĉi tio tute evitas ajnajn erarojn generitajn en transskribaj asembleaj paŝoj kaj konstruas unigenajn arojn kun izoform-nivela rezolucio.Ĉi tiuj unigenaj aroj disponigas potencajn genetikajn informojn kiel "referenca genaro" ĉe transkriptom-nivelo.Krome, kombinante kun venontgeneraciaj sekvencaj datumoj, ĉi tiu servo rajtigas precizan kvantigon de izoform-nivela esprimo.
Platformo: PacBio Sequel IIBiblioteko: SMRT sonorilbiblioteko -
Eŭkariota mRNA-sekvencado-Illumina
mRNA-sekvencado ebligas profiladon de ĉiuj mRNA-oj transskribitaj de ĉeloj sub specifaj kondiĉoj.Ĝi estas potenca teknologio por malkaŝi gen-esprimprofilon, genstrukturojn kaj molekulajn mekanismojn de certaj biologiaj procesoj.Ĝis nun, mRNA-sekvencado estis vaste utiligita en fundamenta esplorado, klinika diagnozo, drogevoluo, ktp.
Platformo: Illumina NovaSeq 6000
-
Ne-referenco bazita mRNA-sekvencado-Illumina
mRNA-sekvencado adoptas venontgeneracian sekvencteknikon (NGS) por kapti la mesaĝiston RNA (mRNA) formon Eŭkarioto ĉe specifa periodo kiun kelkaj specialaj funkcioj aktivigas.La plej longa transskribaĵo splisita estis nomita "Unigene" kaj utiligita kiel la referencsekvenco por posta analizo, kio estas efika rimedo por studi la molekulan mekanismon kaj reguligan reton de la specio sen referenco.
Post transcriptome datumoj asembleo kaj unigene funkcia komentario
(1)SNP-analizo, SSR-analizo, CDS-prognozo kaj gena strukturo estos antaŭformataj.
(2) Kvantigo de unigena esprimo en ĉiu specimeno estos farita.
(3) Malsame esprimitaj unigenoj inter specimenoj (aŭ grupoj) estos malkovritaj surbaze de unigena esprimo
(4)Clustering, funkcia komentario kaj riĉiga analizo de diferencige esprimitaj unigenoj estos faritaj
-
Longa ne-koda sekvencado-Illumina
Longaj ne-kodigaj RNAoj (lncRNAs) estas speco de RNA-molekuloj kun longo superanta 200 nt, kiuj estas karakterizitaj per ekstreme malalta kodpotencialo.LncRNA, kiel ŝlosila membro en ne-kodaj RNAoj, estas plejparte trovita en nukleo kaj plasmo.La evoluo en sekvenca teknologio kaj bioinformtiko ebligas identigon de multaj novaj lncRNAoj kaj asocii tiujn kun biologiaj funkcioj.Akumulaj indicoj indikas ke lncRNA estas vaste implikita en epigenetika reguligo, transskriba reguligo kaj post-transskriba reguligo.
-
Malgranda RNA-sekvencado-Illumina
Malgranda RNA rilatas al klaso de ne-kodigaj RNA-molekuloj kiuj estas kutime malpli ol 200nt en longo, inkluzive de mikro-RNA (miRNA), malgranda interfero-RNA (siRNA), kaj piwi-interaganta RNA (piRNA).
MicroRNA (miRNA) estas klaso de endogena malgranda RNA kun longo de proksimume 20-24nt, kiu ludas diversajn gravajn reguligajn rolojn en ĉeloj.miRNA implikita en multaj vivprocezoj kiuj rivelas histon - specifan kaj etapon - specifan esprimon kaj tre konservitan en malsamaj specioj.
-
circRNA-sekvencado-Illumina
Tuta transcriptome-sekvencado estas dizajnita por profili ĉiujn specojn de RNA-molekuloj, inkluzive de kodaj (mRNA) kaj ne-kodaj RNAoj (inkluzive de lncRNA, circRNA kaj miRNA) kiuj estas transskribitaj de specifaj ĉeloj en certa tempo.Tuta transcriptome-sekvencado, ankaŭ konata kiel "totala RNA-sekvencado" celas malkaŝi ampleksajn reguligajn retojn sur transcriptome-nivelo.Utiligante NGS-teknologion, sekvencoj de tutaj transkriptomproduktoj estas haveblaj por ceRNA-analizo kaj komuna RNA-analizo, kiu disponigas la unuan paŝon al funkcia karakterizado.Rivelante reguligan reton de circRNA-miRNA-mRNA bazita ceRNA.
-
Tuta transkriptomsekvencado - Illumina
Tuta transcriptome-sekvencado estas dizajnita por profili ĉiujn specojn de RNA-molekuloj, inkluzive de kodaj (mRNA) kaj ne-kodaj RNAoj (inkluzive de lncRNA, circRNA kaj miRNA) kiuj estas transskribitaj de specifaj ĉeloj en certa tempo.Tuta transcriptome-sekvencado, ankaŭ konata kiel "totala RNA-sekvencado" celas malkaŝi ampleksajn reguligajn retojn sur transcriptome-nivelo.Utiligante NGS-teknologion, sekvencoj de tutaj transkriptomproduktoj estas haveblaj por ceRNA-analizo kaj komuna RNA-analizo, kiu disponigas la unuan paŝon al funkcia karakterizado.Rivelante reguligan reton de circRNA-miRNA-mRNA bazita ceRNA.
-
Prokariota RNA-sekvencado
Prokariota RNA-sekvencado uzas venontgeneracian sekvencon (NGS) por riveli la ĉeeston kaj kvanton de RNA en antaŭfiksita momento, per analizado de la ŝanĝiĝanta ĉela transcriptome.La prokariota RNA-sekvencado de nia firmao, specife celas prokariotojn kun referencaj genaroj, provizante al vi transkriptomprofiladon, gen-strukturan analizon, ktp. Ĝi estis vaste aplikita al bazscienco-esplorado, drogesplorado kaj evoluo, kaj pli.
Platformo: Illumina NovaSeq 6000
-
Sekvencado de Metatranscriptome
Metatranscriptome-sekvencado identigas genan esprimon de mikroboj (kaj eŭkariotoj kaj prokariotoj) ene de naturaj medioj (t.e. grundo, akvo, maro, feko kaj intesto.). Specife, ĉi tiuj servoj ebligas al vi akiri tutan genesprimprofiladon de kompleksaj mikrobaj komunumoj, taksonomia analizo. de specioj, funkcia riĉiga analizo de malsame esprimitaj genoj, kaj pli.
Platformo: Illumina NovaSeq 6000
