Secuenciación de amplicones 16S/18S/ITS (NGS)
Características del servicio
● Plataforma de secuenciación: Illumina NovaSeq.
● Amplificación de regiones cortas de 16S, 18S e ITS, entre otros objetivos de amplificación.
● Opciones flexibles de amplicón.
● Experiencia previa en proyectos con múltiples objetivos de amplificación.
Ventajas del servicio
●Libre de aislamiento:Identificación rápida de la composición microbiana en muestras ambientales.
●Resolución alta:En componentes poco abundantes en muestras ambientales.
●Ampliamente aplicable:Estudios de comunidades microbianas diversas.
●Análisis bioinformático integral:El último paquete QIIME2 (conocimiento cuantitativo de la ecología microbiana) con diversos análisis en términos de base de datos, anotación, OTU/ASV.
●Amplia experienciaCon 150 mil proyectos de secuenciación de amplicones realizados anualmente, BMKGENE aporta más de una década de experiencia, un equipo de análisis altamente calificado, contenido integral y un excelente soporte posventa.
Especificaciones del servicio
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados |
| Amplicón | Illumina PE250 | Etiquetas 50/100/300K (pares de lectura) |
Requisitos del servicio
| Concentración (ng/µL) | Cantidad total (ng) | Volumen (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Suelo/lodo: 1-2 g
● Contenido intestinal-animal: 0,5-2 g
● Contenido intestinal-insecto: 0,1-0,25 g
● Superficie de la planta (sedimento enriquecido): 0,1-0,5 g
● Sedimento enriquecido con caldo de fermentación): 0,1-0,5 g
● Heces (animales grandes): 0,5-2 g
● Heces (ratón): 3-5 granos
● Líquido de lavado alveolar pulmonar: papel de filtro
● Hisopado vaginal: 5-6 hisopos
● Hisopado de piel/genitales/saliva/tejido blando oral/hisopado faríngeo/hisopado rectal: 2-3 hisopos
● Microorganismos de superficie: papel de filtro
● Cuerpo de agua/aire/biopelícula: papel de filtro
● Endófitos: 1-2 g
● Placa dental: 0,5-1 g
Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestra
Construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Incluye el siguiente análisis:
- Control de calidad de datos sin procesar
- Agrupamiento de OTU/De-ruido (ASV)
- Anotación OTU
- Análisis de diversidad alfa: múltiples índices, incluidos Shannon, Simpson y ACE.
- Análisis de diversidad beta
- Análisis intergrupal
- Análisis de correlación: entre factores ambientales y composición y diversidad del OUT
- Predicción del gen funcional 16S
Histograma de distribución taxonómica
mapa de calor de agrupamiento de abundancia taxonómica
Análisis de diversidad alfa: curva de rarefacción
Análisis de diversidad beta: NMDS
Análisis intergrupal: descubrimiento de biomarcadores LEFSE
Explore los avances facilitados por los servicios de secuenciación de amplicones de BMKGene con Illumina a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Dong, C. et al. (2022) 'Ensamblaje, microbiota central y función de la microbiota del suelo y la corteza de la rizosfera en Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Trasplante de consorcios bacterianos sintéticos para el tratamiento de la vaginosis bacteriana inducida por Gardnerella vaginalis en ratones', Microbiome, 11(1), págs. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. y Liu, H. (2022) 'Microbiomas de polvo de aire recolectado durante el experimento de soporte vital biorregenerativo cerrado terrestre “Lunar Palace 365”', Environmental Microbiomes, 17(1), págs. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'La abundancia dependiente de la materia prima de genes funcionales relacionados con la transformación del nitrógeno controló la pérdida de nitrógeno en el compostaje', Bioresource Technology, 361, pág. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
