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Secuenciación de amplicones 16S/18S/ITS-PacBio

La subunidad del ARNr 16S y 18S que contiene regiones altamente conservadas e hipervariables es una huella molecular perfecta para la identificación de organismos procarióticos y eucariotas.Aprovechando la secuenciación, estos amplicones pueden dirigirse en función de las partes conservadas y las regiones hipervariables pueden caracterizarse completamente para la identificación microbiana, contribuyendo a estudios que cubren análisis de diversidad microbiana, taxonomía, filogenia, etc. ) la secuenciación de la plataforma PacBio permite la obtención de lecturas largas de alta precisión, que podrían cubrir amplicones de longitud completa (aproximadamente 1,5 Kb).La visión más amplia del campo genético mejoró enormemente la resolución en la anotación de especies en la comunidad de bacterias u hongos.

Plataforma:PacBio Secuela II


Detalles del servicio

Resultados de la demostración

Caso de estudio

Ventajas del servicio

1

● Lecturas largas que revelan la secuencia completa de 16S/18S/ITS

● Llamada base de alta precisión con secuenciación en modo PacBio CCS

● Resolución a nivel de especie en anotación OTU/ASV

● Último flujo de análisis QIIME2 con diversos análisis en términos de base de datos, anotaciones, OTU/ASV.

● Aplicable a diversos estudios de comunidades microbianas.

● BMK posee una amplia experiencia con más de 100.000 muestras al año, que abarcan suelo, agua, gas, lodos, heces, intestinos, piel, caldo de fermentación, insectos, plantas, etc.

● BMKCloud facilitó la interpretación de datos que contiene 45 herramientas de análisis personalizadas.

Especificaciones de servicio

SecuenciaciónPlataforma

Biblioteca

Datos recomendados

Tiempo de respuesta

PacBio Secuela II

Campana SMRT

Etiquetas 5K/10K/20K

44 días laborables

Análisis bioinformáticos.

● Control de calidad de los datos sin procesar

● Agrupación OTU/eliminación de ruido (ASV)

● Anotación OTU

● Diversidad alfa

● Diversidad beta

● Análisis intergrupal

● Análisis de asociación frente a factores experimentales.

● Función de predicción de genes.

16sPacbio

Requisitos de muestra y entrega

Requisitos de muestra:

Paraextractos de ADN:

Tipo de ejemplo

Cantidad

Concentración

Pureza

extractos de ADN

> 1 µg

> 20 ng/μl

DO260/280= 1,6-2,5

Para muestras ambientales:

Tipo de ejemplo

Procedimiento de muestreo recomendado

Suelo

Cantidad de muestra: aprox.5 gramos;Es necesario eliminar de la superficie los restos de sustancia marchita;Moler trozos grandes y pasar por filtro de 2 mm;Muestras alícuotas en tubo EP o criotubo estéril para reserva.

Heces

Cantidad de muestra: aprox.5 gramos;Recoja y haga alícuotas de muestras en un tubo EP o criotubo estéril para reservarlas.

Contenido intestinal

Las muestras deben procesarse en condiciones asépticas.Lavar el tejido recogido con PBS;Centrifugar el PBS y recoger el precipitante en tubos EP.

Lodo

Cantidad de muestra: aprox.5 gramos;Recoger y tomar alícuotas de la muestra de lodo en un tubo EP o criotubo estéril para reservar

Agua corporal

Para muestras con una cantidad limitada de microbios, como agua del grifo, agua de pozo, etc., recolecte al menos 1 litro de agua y páselo a través de un filtro de 0,22 μm para enriquecer los microbios en la membrana.Guarde la membrana en un tubo estéril.

Piel

Raspe con cuidado la superficie de la piel con un hisopo de algodón esterilizado o un bisturí quirúrgico y colóquelo en un tubo esterilizado.

Entrega de muestra recomendada

Congele las muestras en nitrógeno líquido durante 3 a 4 horas y guárdelas en nitrógeno líquido o a -80 grados para una reserva a largo plazo.Se requiere envío de muestras con hielo seco.

Flujo de trabajo del servicio

entrega de muestra

Entrega de muestra

Preparación de la biblioteca

construcción de biblioteca

Secuenciación

Secuenciación

Análisis de los datos

Análisis de los datos

Servicios postventa

Servicios postventa


  • Anterior:
  • Próximo:

  • 1. Tasa de anotación de perfiles de comunidad microbiana basados ​​en V3+V4(Illumina) frente a perfiles basados ​​en completo (PacBio).
    (Se aplicaron datos de 30 proyectos seleccionados al azar para las estadísticas)

    3

    2. Tasa de anotación de la secuenciación completa de amplicones a nivel de especie en diferentes tipos de muestras

    4

    3.Distribución de especies

    5
    4.árbol filogenético

    6

    Caso BMK

    La exposición al arsénico induce daño a la barrera intestinal y la consiguiente activación del eje intestino-hígado, lo que provoca inflamación y piroptosis del hígado en patos.

    Publicado:Ciencia del Medio Ambiente Total,2021

    Estrategia de secuenciación:

    Muestras: Control frente a grupo expuesto a 8 mg/kg de ATO
    Rendimiento de datos de secuenciación: 102.583 secuencias CCS sin procesar en total
    Control: 54.518 ± 747 CCS efectivos
    Expuesto a ATO: 45.050 ± 1675 CCS efectivos

    Resultados clave

    Diversidad alfa:La exposición a ATO alteró significativamente la riqueza y diversidad microbiana intestinal en los patos.

    Análisis de metastáticos:
    A nivel de filo: 2 filos bacterianos solo se detectan en los grupos de control
    A nivel de género: se encontraron 6 géneros significativamente diferentes en abundancia relativa
    A nivel de especie: se identificaron 36 especies en total, 6 de ellas significativamente diferentes en abundancia relativa

    Referencia

    Thingholm, LB y col."Las personas obesas con y sin diabetes tipo 2 muestran diferente capacidad funcional y composición microbiana intestinal".Huésped celular y microbio26.2 (2019).

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