Secuenciación de amplicones 16S/18S/ITS - PacBio
Características del servicio
● Plataforma de secuenciación: PacBio Revio
● Modo de secuenciación: CCS (lecturas HiFi)
● Amplificación de la región objetivo seguida de la unión en tándem de los amplicones antes de la preparación de la biblioteca de campanas HiFi SMRT.
Ventajas del servicio
●Mayor resolución taxonómica: Tsecuenciación de amplicones cortos de Han,lo que permite mayores tasas de clasificación de OTU a nivel de especie.
●Llamada de base de alta precisión: Secuenciación en modo PacBio CCS (lecturas HiFi).
●Sin aislamiento: Identificación rápida de la composición microbiana en muestras ambientales.
●Ampliamente aplicable: Estudios de comunidades microbianas diversas.
●Análisis bioinformático integral: El paquete QIIME2 más reciente (análisis cuantitativo de la ecología microbiana) con diversos análisis en términos de base de datos, anotación y OTU/ASV.
●Amplia experienciaCon miles de proyectos de secuenciación de amplicones realizados anualmente, BMKGENE aporta más de una década de experiencia, un equipo de análisis altamente cualificado, contenido exhaustivo y un excelente servicio de atención al cliente posventa.
Especificaciones de servicio
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados |
| Amplicon | PacBio Revio | 10/30/50 etiquetas K (CCS) |
Requisitos de muestra
| Concentración (ng/µL) | Cantidad total (µg) | Volumen (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Entrega de muestras recomendada
Congele las muestras en nitrógeno líquido durante 3-4 horas y almacénelas en nitrógeno líquido o a -80 grados para su conservación a largo plazo. Es necesario enviar las muestras con hielo seco.
Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestras
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Incluye el siguiente análisis:
● Control de calidad de los datos brutos
●Agrupación/Reducción de ruido de OTU (ASV)
●Anotación de OTU
●Análisis de diversidad alfa: múltiples índices, incluidos Shannon, Simpson y ACE.
●Análisis de diversidad beta
●Análisis intergrupal
●Análisis de correlación: entre factores ambientales y composición y diversidad de OUT
● Predicción del gen funcional 16S
Histograma de distribución taxonómica
Árbol filogenético de distribución de la comunidad
Análisis de diversidad alfa: ACE
índice
Análisis de diversidad beta: PCoA
Análisis intergrupal: ANOVA
Descubra los avances facilitados por los servicios de secuenciación de amplicones de BMKGene con PacBio a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Gao, X. y Wang, H. (2023) 'Análisis comparativo de perfiles y funciones bacterianas del rumen durante la adaptación a diferentes fenologías (reverde vs. herbácea) en ovejas merinas alpinas con dos etapas de crecimiento en una pradera alpina', Fermentation, 9(1), p. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) 'Capturando la materia oscura microbiana en suelos desérticos usando metagenómica basada en culturomics y análisis de alta resolución', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) 'Efectos de las sales de ácidos grasos en las características de fermentación, la diversidad bacteriana y la estabilidad aeróbica del ensilaje mixto preparado con alfalfa, paja de arroz y salvado de trigo', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), pp. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) 'La interacción entre biomarcadores de estrés oxidativo y microbiota intestinal en los efectos antioxidantes de extractos de Sonchus brachyotus DC. en el estrés oxidativo intestinal inducido por oxazolona en el pez cebra adulto', Antioxidants 2023, Vol. 12, Página 192, 12(1), p. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
