Secuenciación de CircRNA - Illumina
Características
● Agotamiento de ARNr seguido de preparación de biblioteca direccional, lo que permite obtener datos de secuenciación específicos de cada cadena.
● El flujo de trabajo bioinformático permite la predicción de circRNA y la cuantificación de la expresión.
Ventajas del servicio
●Amplia experienciaHemos procesado más de 20.000 muestras, que abarcan diversos tipos de muestras, y aportamos nuestra gran experiencia a cada proyecto.
●Control de calidad rigurosoImplementamos controles fundamentales en todas las etapas, desde la preparación de muestras hasta la preparación de bibliotecas, la secuenciación y la bioinformática. Nuestro meticuloso seguimiento garantiza la entrega de resultados consistentemente de alta calidad.
●Bibliotecas de ARN más completas:En nuestra preparación previa a la biblioteca, utilizamos la eliminación de ARNr en lugar de la eliminación lineal de ARN, lo que garantiza que los datos de secuenciación incluyan no solo ARNcirc sino también ARNm y ARNlnc, lo que permite el análisis conjunto de estos conjuntos de datos.
●Análisis opcional de redes competitivas de ARN endógeno (ceRNA):Proporcionando conocimientos más profundos sobre los mecanismos reguladores celulares.
● Soporte posventaEntendemos la importancia de estar presentes, por eso nuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para resolver cualquier duda relacionada con los resultados.
Requisitos de muestra y entrega
| Biblioteca | Plataforma | Datos recomendados | Control de calidad de datos |
| Biblioteca direccional agotada de ARNr | Illumina PE150 | 16-20 GB | Q30≥85% |
Requisitos de muestra:
Nucleótidos:
| Concentración (ng/μl) | Cantidad (μg) | Pureza | Integridad |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Se muestra contaminación limitada o nula de proteínas o ADN en el gel. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
● Plantas:
Raíz, tallo o pétalo: 450 mg
Hoja o semilla: 300 mg
Fruta: 1,2 g
●Animal:
Corazón o Intestino: 450 mg
Vísceras o cerebro: 240 mg
Músculo: 600 mg
Huesos, cabello o piel: 1,5 g
● Artrópodos:
Insectos: 9g
Crustáceos: 450 mg
● Sangre entera:2 tubos
● Células: 106 células
● Suero y Plasma:6 ml
Entrega de muestra recomendada
Envase: Tubo de centrífuga de 2 ml (no se recomienda usar papel de aluminio)
Etiquetado de muestra: Grupo+réplica p.ej. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Hielo seco: Las muestras deben empacarse en bolsas y enterrarse en hielo seco.
2. Tubos de estabilización de ARN: las muestras de ARN pueden secarse en un tubo de estabilización de ARN (por ejemplo, RNAstable®) y enviarse a temperatura ambiente.
Flujo de trabajo del servicio
Diseño de experimentos
Entrega de muestra
Extracción de ARN
Construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Bioinformática
- Control de calidad de datos
- Alineación del genoma
- Identificación de circRNA
- Expresión de circRNA
- Análisis de expresión diferencial
Predicción de circRNA: distribución cromosómica
CircRNAs expresados diferencialmente – Gráfico de volcán
circRNAs expresados diferencialmente: agrupamiento jerárquico
Enriquecimiento funcional de los genes hospedadores de circRNA
Explore los avances de investigación facilitados por los servicios de secuenciación de circRNA de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Wang, X. et al. (2021) 'CPSF4 regula la formación de circRNA y el silenciamiento génico mediado por microRNA en el carcinoma hepatocelular',Oncogén2021 40:25, 40(25), págs. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) 'El transcriptoma sensible a X oo revela el papel del ARN circular 133 en la resistencia a las enfermedades al regular la expresión de OsARAB en el arroz',Investigación en fitopatología, 5(1), págs. 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al. (2023) 'CPSF3 modula el equilibrio de las transcripciones circulares y lineales en el carcinoma hepatocelular'. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al. (2023) 'Evaluación integral de circRNA en la miocardiopatía cirrótica antes y después del trasplante de hígado',Inmunofarmacología Internacional, 114, pág. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
