Genómica comparativa
Ventajas del servicio
●Amplia experiencia y un extenso historial de publicaciones.Con el tiempo acumulado, BMKGene ha completado más de 90 proyectos de genómica comparativa, con un factor de impacto acumulado que alcanzó los 900.
●Análisis bioinformático integralEl paquete de análisis contiene los ocho análisis más comúnmente requeridos, proporcionando figuras bien diseñadas y listas para publicar, y permitiendo una fácil interpretación de los resultados.
●Equipo bioinformático altamente cualificado y ciclo de análisis corto.Con una gran experiencia en análisis de genómica comparativa, el equipo de BMKGene satisface diversas demandas de análisis personalizados en un corto plazo de entrega.
●Soporte postventa:Nuestro compromiso va más allá de la finalización del proyecto, con un período de servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para aclarar cualquier duda relacionada con los resultados.
Especificaciones de servicio
| Tiempo de respuesta estimado | Número de especies | Análisis |
| 30 días hábiles | 6 - 12 | Agrupación de familias de genes Expansión y contracción de la familia de genes Construcción de árboles filogenéticos Estimación del tiempo de divergencia (se requiere calibración con fósiles) Tiempo de inserción de LTR (para plantas) Duplicación del genoma completo (para plantas) Presión selectiva Análisis de sintenia |
Análisis bioinformáticos
● Familia de genes
● Filogenética
● Tiempo de divergencia
● Presión selectiva
● Análisis de sintenia
Requisitos y entrega de muestras
Requisitos de muestra:
Tejido o ADN para secuenciación y ensamblaje del genoma.
Para tejidos
| Especies | Tejido | Encuesta | Pacbio CCS |
| Animal | Tejido visceral | ≥ 0,2 g | ≥ 1 g |
| Tejido muscular | |||
| Sangre de mamífero | ≥ 0,3 mL | ≥ 1 mL | |
| Sangre de aves/peces | ≥ 0,05 mL | ≥ 0,1 mL | |
| Insecto | ≥ 0,2 g | ≥ 1 g | |
| Planta | Hoja fresca | ≥ 0,5 g | ≥ 2 g |
| Organismo acuático | Tejido muscular | ≥ 0,3 g | ≥ 1,5 g |
| Algas | ≥ 0,5 g | ≥ 3,0 g | |
| Células | Células cultivadas | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 |
Datos
Archivos de secuencias genómicas (.fasta) y archivos de anotación (.gff3) de especies estrechamente relacionadas.
Flujo de trabajo del servicio
Diseño del experimento
Entrega de muestras
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
*Los resultados de demostración que se muestran aquí provienen de genomas publicados con Biomarker Technologies.
1. Estimación del tiempo de inserción de LTR: La figura muestra una distribución bimodal única en los tiempos de inserción de LTR-RT en el genoma del centeno de Weining, en comparación con otras especies. El pico más reciente apareció hace aproximadamente 0,5 millones de años.
Li Guang y otros,Genética de la naturaleza, 2021
2. Filogenia y análisis de la familia de genes del chayote (Sechium edule): Al analizar el chayote y las otras 13 especies relacionadas en la familia de genes, se encontró que el chayote está más estrechamente relacionado con la calabaza serpiente (Trichosanthes anguina). El chayote se derivó de la calabaza serpiente hace aproximadamente 27-45 millones de años y se observó una duplicación del genoma completo (WGD) en el chayote hace 25±4 millones de años, que es el tercer evento de WGD en las cucubitáceas.
Fu A y otros,Investigación en horticultura, 2021
3. Análisis de sintenia: Se encontraron algunos genes relacionados con fitohormonas en el desarrollo del fruto en chayote, calabaza serpiente y calabaza común. La correlación entre chayote y calabaza común es ligeramente mayor que la existente entre chayote y calabaza serpiente.
Fu A y otros,Investigación en horticultura, 2021
4. Análisis de familias de genes: El enriquecimiento KEGG sobre la expansión y contracción de familias de genes en los genomas de G. thurberi y G. davidsonii mostró que los genes relacionados con la biosíntesis de esteroides y la biosíntesis de brasinoesteroides se expandieron.
Yang Z y otros,Biología BMC, 2021
5. Análisis de duplicación del genoma completo: El análisis de distribución de 4DTV y Ks mostró un evento de duplicación del genoma completo. Los picos intraespecíficos mostraron eventos de duplicación. Los picos interespecíficos mostraron eventos de especiación. El análisis indicó que, en comparación con las otras tres especies estrechamente relacionadas, O. europaea experimentó una duplicación genética a gran escala más recientemente.
Rao G y otros,Investigación en horticultura, 2021
Caso BMK
Rosa sin espinas: perspectivas genómicas vinculadas a la adaptación a la humedad
Publicado: Revista Nacional de Ciencia, 2021
Estrategia de secuenciación:
'Basye'sSin espinas' (R.Wichurainan) genoma:
Aprox. 93 X PacBio + aprox. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Resultados clave
1. Se construyó un genoma de alta calidad de R. wichuraiana utilizando técnicas de secuenciación de lectura larga, que produjeron un ensamblaje de 530,07 Mb (el tamaño estimado del genoma fue de aproximadamente 525,9 Mb por citometría de flujo y 525,5 por análisis del genoma; la heterocigosidad fue de alrededor del 1,03%). La puntuación estimada de BUSCO fue del 93,9%. En comparación con "Old blush" (haploOB), la calidad y la completitud de este genoma se confirmaron mediante la precisión de base única y el índice de ensamblaje LTR (LAI=20,03). El genoma de R. wichuraiana contiene 32.674 genes codificadores de proteínas.
2. El análisis conjunto multiómico, que incluye genómica comparativa, transcriptómica y análisis de QTL de poblaciones genéticas, reveló la especiación crucial entre R. wichuraiana y Rosa chinensis. Asimismo, es probable que la variación en la expresión de genes relacionados en los QTL esté asociada con el patrón de espinas del tallo.
El análisis de genómica comparativa entre Rosa chinensis (Basye's Thornless) y Rosa chinensis, que incluyó análisis de sintenia, agrupamiento de familias de genes y análisis de expansión y contracción, reveló un gran número de variaciones relacionadas con rasgos cruciales en las rosas. La expansión única en las familias de genes NAC y FAR1/FRS probablemente esté asociada con la resistencia a la mancha negra.
Análisis genómico comparativo entre genomas BT y haploOB.
Zhong, M., et al. “Rosa sin espinas: perspectivas genómicas vinculadas a la adaptación a la humedad”Revista Nacional de Ciencia, 2021;, nwab092.
