Secuenciación de ADN/ARN -PacBio Sequencer
Características
Dos modos de secuenciación en el secuenciador PacBio: lectura larga continua (CLR) y lectura de consenso circular (CCS)
| Modo de secuenciación | Tamaño de la biblioteca | Datos teóricosRendimiento (por celda) | Base únicaExactitud | Aplicaciones |
| CLR | 20Kb, 30Kb, etc. | 80GB a 130GB | Aprox.85% | De novo, llamadas SV, etc. |
| CCS | 15-20Kb | 14 a 40 Gb/Celda (Secuela II) 70 a 110 Gb/Celular (Revio) Depende de las muestras | Aprox.99% | De novo, llamadas SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
Comparación del rendimiento y características de Revio y Sequel II
| Términos | Sistema secuela II | sistema revivio | Aumentar |
| Mayor densidad | 8 millones de ZMW | 25 millones de ZMW | 3x |
| Etapas independientes | 1 | 4 | 4x |
| Tiempos de ejecución más cortos | 30 horas | 24 horas | 1,25x |
| 30X genomas humanos HiFi / año | 88 | 1.300 | 15x en general |
Ventajas del servicio
● Más de 8 años de experiencia en la plataforma de secuenciación PacBio con miles de proyectos cerrados con diversas especies.
● Totalmente equipado con las últimas plataformas de secuenciación PacBio, Revio, para garantizar un rendimiento de secuenciación suficiente.
● Tiempo de respuesta más rápido, mayor rendimiento de datos y datos más precisos.
● Contribuyó en cientos de publicaciones de alto impacto basadas en PacBio.
Requisitos de muestra
| Tipo de ejemplo | Cantidad | Concentración (Qubit®) | Volumen | Pureza | Otros |
| ADN genómico | Depende del requisito de datos | ≥50 ng/μl | ≥15μl | DO260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5； Pico claro a 260 nm,sin contaminaciones | La concentración debe medirse mediante Qubit y Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 |
| ARN total | ≥1,2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | DO260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5；sin contaminaciones | Valor RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Flujo de trabajo del servicio
preparación de la muestra
construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de los datos
Entrega del proyecto
1.Rendimiento de datos interno
Datos generados a partir de 63 células CCS (de 26 especies)
| DATOS-PacBio-CCS-15 Kb | Promedio | máx. | mín. | Mediana |
| Rendimiento - sublecturas (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221,38 | 426,58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25,93 | 38,59 | 10.86 | 25.43 |
| Polimerasa N50 | 145.651 | 175.430 | 118,118 | 144.689 |
| Sublecturas N50 | 17.509 | 23,924 | 12.485 | 17.584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.034 | 9.876 | 14.747 |
| Longitud media-polimerasa | 67.995 | 89.379 | 49.664 | 66.433 |
| Longitud promedio-Sublecturas | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16.012 |
| Longitud media-CCS | 14.489 | 19.074 | 8.575 | 14.655 |
Datos generados a partir de 16 células CLR (de 76 especies)
| DATOS-PacBio-CLR-30Kb | Promedio | máx. | mín. | Mediana |
| Rendimiento - sublecturas (Gb) | 142.20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| Polimerasa N50 | 39.456 | 121,191 | 15.389 | 35.231 |
| Sublecturas N50 | 28.490 | 41.012 | 14.430 | 29.063 |
| Longitud media-polimerasa | 22.063 | 48.886 | 8.747 | 21.555 |
| Longitud promedio-Sublecturas | 17.720 | 27,225 | 8.293 | 17.779 |
2.Control de calidad de datos: demostraciónEstadísticas sobre rendimiento de datos
| Muestra | ccs lee el número | Total cc Bases (pb) | ccs Lee N50 (pb) | ccs Longitud media (pb) | ccs Lectura más larga (pb) | sublecturas Bases (pb) | tasa de cc (%) |
| PB_BMKxxx | 3.444.159 | 54.164.122.586 | 15.728 | 15.726 | 36.110 | 863.326.330.465 | 6.27 |
