Plataforma | Tamaño de la biblioteca | Rendimiento de datos teóricos (por celda) | Precisión de una sola base | Aplicaciones |
Nanoporo | 8kb, 10kb, 20kb, Ultralong, CDNA-PCR | 70-90GB/celda | 85-92% | SV llamadas, de novo, secuenciación de longitud completa, iso-seq, anotación génica, detección de metilación del ADN |
● Más de 5 años de experiencia en la plataforma de secuenciación de Pacbio con miles de proyectos cerrados con varias especies.
● BMKGene es un socio oficial de Oxford Nanopore, con certificación de ARN/ADN de plataforma dual.
● Hay modelos convencionales de secuenciadores con equipo completo y suficiente rendimiento de secuenciación.
● Basado en la plataforma de nanopore, se han publicado más de 10 investigaciones de Denovo de animales y plantas en revistas de renombre internacional.
Tipo de muestra | Cantidad | Concentración (Qitbit ®) | Volumen | Pureza | Otros |
ADN genómico | Depender de los requisitos de datos | ≥20ng/μl | ≥15 μl | OD260/280 = 1.7-2.2; OD260/230≥1.5 ; Pico claro a 260 nm, sin contaminaciones | La concentración debe medirse por qubit y qubit/nanopore ≤ 2 |
ARN total | ≥1.2 μg | ≥100 μg/μL | ≥15 μl | OD260/280 = 1.7-2.5; OD260/230 = 0.5-2.5 ; Sin contaminaciones | Valor de rin ≥7.5 |
Evaluación de calidad de datos de la muestra de ADN
Tabla 1. Estadísticas sobre datos limpios.
Bmkid | rawseqnum | cruda | Cleanseqnum | limpieza | Clean50len | Cleann90len | CleanMeanlen | CleanMaxlen | CleanMeanqual |
DNA_BMK01 | 1.218,239 | 26.37 | 1.121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
Evaluación de calidad de datos de la muestra de ARN
Tabla 1. Estadísticas sobre datos limpios.
Nombre del archivo | Cliente | ReadNum | Basenum | N50 | Longitud media | Longitud máxima | Mediaqscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
Figura 1. Distribución de longitud de lectura
Figura 2. Distribución de puntaje de calidad de datos limpios
Figura 3. Distribución de puntaje de longitud y calidad de datos limpios