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Secuenciación de ADN/ARN: secuenciador de nanoporo

La secuenciación ONT es una tecnología de secuenciación de señal eléctrica en tiempo real de una sola molécula basada en nanoporos, el principio de secuenciación de cada plataforma es el mismo. El ADN/ARN de doble cadena se unirá a la proteína nanoporosa incrustada en la biopelícula y se relajará bajo el plomo de la proteína motora, bajo la acción de la diferencia de voltaje de ambos lados de la biopelícula, los hilos de ADN/ARN pasan a través de la proteína del canal de nanoporos a cierta tasa. Debido a las diferencias de las propiedades químicas de las diferentes bases en la cadena de ADN/ARN, cuando una sola base o molécula de ADN pase a través del canal de nanoporos, causará el cambio de diferentes señales eléctricas. Al detectar y correspondientes a estas señales, se pueden calcular los tipos de base correspondientes y se puede completar la detección en tiempo real de la secuencia.


Detalles del servicio

Resultado de demostración

Características de los detalles del servicio

Plataforma

Tamaño de la biblioteca

Rendimiento de datos teóricos (por celda)

Precisión de una sola base

Aplicaciones

Nanoporo

8kb, 10kb, 20kb, Ultralong, CDNA-PCR

70-90GB/celda

85-92%

SV llamadas, de novo, secuenciación de longitud completa, iso-seq, anotación génica, detección de metilación del ADN

Ventajas de servicio

● Más de 5 años de experiencia en la plataforma de secuenciación de Pacbio con miles de proyectos cerrados con varias especies.
● BMKGene es un socio oficial de Oxford Nanopore, con certificación de ARN/ADN de plataforma dual.
● Hay modelos convencionales de secuenciadores con equipo completo y suficiente rendimiento de secuenciación.
● Basado en la plataforma de nanopore, se han publicado más de 10 investigaciones de Denovo de animales y plantas en revistas de renombre internacional.

Requisitos de muestra


Tipo de muestra

Cantidad

Concentración (Qitbit ®)

Volumen

Pureza

Otros

ADN genómico

Depender de los requisitos de datos

 ≥20ng/μl

≥15 μl

OD260/280 = 1.7-2.2;

OD260/230≥1.5 ;

Pico claro a 260 nm, sin contaminaciones

La concentración debe medirse por qubit y qubit/nanopore ≤ 2

ARN total

≥1.2 μg

≥100 μg/μL

≥15 μl

OD260/280 = 1.7-2.5;

OD260/230 = 0.5-2.5 ; Sin contaminaciones

Valor de rin ≥7.5

 

Flujo de trabajo de servicio

preparación de muestra

Preparación de muestra

Preparación de la biblioteca

Construcción de la biblioteca

Secuenciación

Secuenciación

Análisis de datos

Análisis de datos

Muestra de control de calidad

Entrega de proyectos


  • Anterior:
  • Próximo:

  • Evaluación de calidad de datos de la muestra de ADN

    Tabla 1. Estadísticas sobre datos limpios.

    Bmkid

    rawseqnum

    cruda

    Cleanseqnum

    limpieza

    Clean50len

    Cleann90len

    CleanMeanlen

    CleanMaxlen

    CleanMeanqual

    DNA_BMK01

    1.218,239

    26.37

    1.121,736

    25.90

    28,014

    15,764

    23,090

    143,181

    9

    Evaluación de calidad de datos de la muestra de ARN

    Tabla 1. Estadísticas sobre datos limpios.

    Nombre del archivo

    Cliente

    ReadNum

    Basenum

    N50

    Longitud media

    Longitud máxima

    Mediaqscore

    RNA_BMK001

    C2

    8,947,708

    4,047,230,083

    398

    452

    129,227

    Q12

    Figura 1. Distribución de longitud de lectura

    A3

    Figura 2. Distribución de puntaje de calidad de datos limpios

    A4

    Figura 3. Distribución de puntaje de longitud y calidad de datos limpios

    A5

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