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Productos

Secuenciación de ADN/ARN – Secuenciador Nanopore

La secuenciación ONT es una tecnología de secuenciación de señales eléctricas en tiempo real de una sola molécula basada en nanoporos. El principio de secuenciación de cada plataforma es el mismo. El ADN/ARN bicatenario se une a la proteína nanoporosa incrustada en la biopelícula y se desenrolla bajo la guía de la proteína motora. Bajo la acción de la diferencia de voltaje a ambos lados de la biopelícula, las cadenas de ADN/ARN pasan a través del canal proteico nanoporoso a una velocidad determinada. Debido a las diferencias en las propiedades químicas de las diferentes bases en la cadena de ADN/ARN, cuando una sola base o molécula de ADN pasa a través del canal nanoporoso, provocará el cambio de diferentes señales eléctricas. Al detectar y corresponder a estas señales, se pueden calcular los tipos de bases correspondientes y se puede completar la detección de la secuencia en tiempo real.


Detalles del servicio

Resultado de la demostración

Detalles del servicio Características

Plataforma

Tamaño de la biblioteca

Rendimiento teórico de datos (por celda)

Precisión de base única

Aplicaciones

Nanoporo

8 kb, 10 kb, 20 kb, ultralargo, ADNc-PCR

70-90 Gb/celda

85-92%

Llamada de SV, De novo, Secuenciación completa, Iso-Seq, Anotación genética, Detección de metilación del ADN

Ventajas del servicio

● Más de 5 años de experiencia en la plataforma de secuenciación PacBio con miles de proyectos cerrados con diversas especies.
● BMKGENE es socio oficial de Oxford Nanopore, con certificación de ARN/ADN de plataforma dual.
● Existen modelos convencionales de secuenciadores con equipamiento completo y capacidad de secuenciación suficiente.
● Basándose en la plataforma Nanopore, se han publicado más de 10 investigaciones Denovo en animales y plantas en revistas de renombre internacional.

Requisitos de muestra


Tipo de muestra

Cantidad

Concentración (Qubit ®)

Volumen

Pureza

Otros

ADN genómico

Depende del requisito de datos

 ≥20 ng/μl

≥15 μl

DO260/280=1,7-2,2;

OD260/230 ≥1,5;

Pico claro a 260 nm, sin contaminaciones

La concentración debe medirse mediante Qubit y Qubit/Nanopore ≤ 2

ARN total

≥1,2 μg

≥100 μg/μl

≥15 μl

DO260/280=1,7-2,5;

OD260/230=0,5-2,5; sin contaminaciones

Valor RIN ≥7,5

 

Flujo de trabajo del servicio

preparación de muestras

Preparación de muestras

Preparación de la biblioteca

Construcción de bibliotecas

Secuenciación

Secuenciación

Análisis de datos

Análisis de datos

Control de calidad de muestra

Entrega del proyecto


  • Anterior:
  • Próximo:

  • Evaluación de la calidad de los datos de la muestra de ADN

    Tabla 1. Estadísticas sobre datos limpios.

    BMKID

    NúmeroSecuenciaRaw

    base de suma sin procesar

    cleanSeqNum

    cleanSumBase

    cleanN50Len

    cleanN90Len

    cleanMeanLen

    cleanMaxLen

    cleanMeanQual

    ADN_BMK01

    1.218.239

    26.37

    1.121.736

    25,90

    28.014

    15.764

    23.090

    143.181

    9

    Evaluación de la calidad de los datos de la muestra de ARN

    Tabla 1. Estadísticas sobre datos limpios.

    Nombre del archivo

    ID de cliente

    LeerNum

    Número base

    N50

    Longitud media

    Longitud máxima

    Puntuación media

    ARN_BMK001

    C2

    8.947.708

    4.047.230.083

    398

    452

    129.227

    Pregunta 12

    Figura 1. Distribución de la longitud de lectura

    A3

    Figura 2. Distribución del nivel de calidad de los datos limpios

    A4

    Figura 3. Distribución de la longitud y la puntuación de calidad de los datos limpios

    A5

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