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Secuenciación de ADN/ARN – Secuenciador de nanoporos

La secuenciación ONT es una tecnología de secuenciación de señales eléctricas en tiempo real de una sola molécula basada en nanoporos; el principio de secuenciación de cada plataforma es el mismo.El ADN/ARN de doble hebra se unirá a la proteína nanoporosa incrustada en la biopelícula y se desenrollará bajo la dirección de la proteína motora. Bajo la acción de la diferencia de voltaje de ambos lados de la biopelícula, las hebras de ADN/ARN pasan a través de la proteína del canal de nanoporo a una cierta tasa.Debido a las diferencias en las propiedades químicas de las diferentes bases en la cadena de ADN/ARN, cuando una sola base o molécula de ADN pasa a través del canal de nanoporos, provocará el cambio de diferentes señales eléctricas.Al detectar y corresponder a estas señales, se pueden calcular los tipos de bases correspondientes y se puede completar la detección en tiempo real de la secuencia.


Detalles del servicio

Resultado de la demostración

Detalles del servicio Características

Plataforma

Tamaño de la biblioteca

Rendimiento de datos teóricos (por celda)

Precisión de base única

Aplicaciones

nanoporo

8 Kb, 10 kb, 20 kb, ultralargo, ADNc-PCR

70-90 Gb/celda

85-92%

Llamada SV, De novo, Secuenciación completa, Iso-Seq, Anotación genética, Detección de metilación del ADN

Ventajas del servicio

● Más de 5 años de experiencia en la plataforma de secuenciación PacBio con miles de proyectos cerrados con diversas especies.
● BMKGENE es socio oficial de Oxford Nanopore, con certificación de doble plataforma ARN/ADN.
● Existen modelos convencionales de secuenciadores con equipamiento completo y suficiente rendimiento de secuenciación.
● Basado en la plataforma Nanopore, más de 10 investigaciones de Denovo sobre animales y plantas han sido publicadas en revistas de renombre internacional.

Requisitos de muestra


Tipo de ejemplo

Cantidad

Concentración (Qubit ®)

Volumen

Pureza

Otros

ADN genómico

Depende del requisito de datos

 ≥20ng/μl

≥15μl

DO260/280=1,7-2,2;

OD260/230≥1,5;

Pico claro a 260 nm, sin contaminaciones

La concentración debe medirse mediante Qubit y Qubit/Nanopore ≤ 2

ARN total

≥1,2μg

≥100μg/μl

≥15μl

DO260/280=1,7-2,5;

OD260/230=0,5-2,5; sin contaminaciones

Valor RIN ≥7,5

 

Flujo de trabajo del servicio

preparación de la muestra

preparación de la muestra

Preparación de la biblioteca

construcción de biblioteca

Secuenciación

Secuenciación

Análisis de los datos

Análisis de los datos

Control de calidad de muestra

Entrega del proyecto


  • Anterior:
  • Próximo:

  • Evaluación de la calidad de los datos de la muestra de ADN.

    Tabla 1. Estadísticas sobre datos limpios.

    BMKID

    rawNumSeqNum

    rawSumBase

    cleanSeqNum

    cleanSumBase

    limpioN50Len

    limpioN90Len

    limpiarMeanLen

    limpiarMaxLen

    limpioMeanQual

    ADN_BMK01

    1.218.239

    26.37

    1.121.736

    25,90

    28.014

    15.764

    23.090

    143,181

    9

    Evaluación de la calidad de los datos de la muestra de ARN

    Tabla 1. Estadísticas sobre datos limpios.

    Nombre del archivo

    Identificación del cliente

    LeerNum

    Númbase

    N50

    Longitud media

    Longitud máxima

    Puntuación Q media

    ARN_BMK001

    C2

    8.947.708

    4.047.230.083

    398

    452

    129,227

    Q12

    Figura 1. Distribución de longitud de lectura

    A3

    Figura 2. Distribución del puntaje de calidad de datos limpios

    A4

    Figura 3. Distribución de puntuación de longitud y calidad de datos limpios

    A5

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