Secuenciación de ARNm eucariota (NGS)
Características
● Preparación opcional de la biblioteca de ARNm direccional para permitir la obtención de datos de secuenciación específicos de la cadena
● Diferentes análisis de BI cubren todas las necesidades de nuestros clientes
Ventajas
●Amplia experienciaHemos procesado más de 600.000 muestras de diversos tipos, como cultivos celulares, tejidos y fluidos corporales. Aportamos nuestra vasta experiencia a cada proyecto.
●Control de calidad rigurosoImplementamos controles fundamentales en todas las etapas, desde la preparación de muestras hasta la preparación de bibliotecas, la secuenciación y la bioinformática. Nuestro meticuloso seguimiento garantiza la entrega de resultados consistentemente de alta calidad.
●Anotación completaUtilizamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente los Genes de Expresión Diferencial (GED) y realizar los análisis de enriquecimiento correspondientes. Este enfoque integral proporciona información sobre los procesos celulares y moleculares que subyacen a la respuesta del transcriptoma, garantizando así que obtenga toda la información posible sobre los datos de su experimento.
●Soporte posventaEntendemos la importancia de estar presentes, por eso nuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para resolver cualquier duda relacionada con los resultados.
Requisitos de muestra y entrega
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| Enriquecido con poli A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Requisitos de muestra:
Nucleótidos:
Requisitos mínimos de muestra:
| Concentración (ng/μl) | Cantidad (μg) | Pureza | Integridad | |
| Biblioteca estándar | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Se muestra contaminación limitada o nula de proteínas o ADN en el gel. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animales: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
| Biblioteca direccional | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Se muestra contaminación limitada o nula de proteínas o ADN en el gel. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animales: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
| Plantas | Animal | Artrópodos | Sangre entera | Células |
| Raíz, tallo o pétalo: 450 mg Hoja o semilla: 300 mg Fruta: 1,2 g | Corazón o Intestino: 300 mg Vísceras o cerebro: 240 mg Músculo: 450 mg Huesos, cabello o piel: 1g | Insectos: 6g Crustáceos: 300 mg | 1 tubo | 106 células |
Entrega de muestra recomendada
Envase: Tubo de centrífuga de 2 ml (no se recomienda usar papel de aluminio)
Etiquetado de muestra: Grupo+réplica p.ej. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Envío:
1. Hielo seco: Las muestras deben empacarse en bolsas y enterrarse en hielo seco.
2. Tubos de mesa de ARN: las muestras de ARN pueden secarse en un tubo de estabilización de ARN (por ejemplo, RNAstable®) y enviarse a temperatura ambiente.
Requisitos de muestra y entrega
Diseño de experimentos
Entrega de muestra
Extracción de ARN
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Bioinformática
Para las muestras con un genoma de referencia disponible, el análisis de BI es el siguiente:
ØControl de calidad de datos sin procesar
ØAlineación del genoma de referencia
ØAnálisis de la estructura de la transcripción
ØCuantificación de expresiones
ØAnálisis de expresión diferencial
ØAnotación y enriquecimiento de funciones
Para muestras sin genoma de referencia, esta es la opción disponible:
• Control de calidad de datos sin procesar
•Ensamblaje con optimización de estructura
•Análisis de expresión diferencial
•Anotación y enriquecimiento de funciones
Alineación del genoma de referencia
Saturación de datos
Correlación de muestras y evaluación de réplicas biológicas
Genes expresados diferencialmente (GED)
Anotación funcional de DEG
Enriquecimiento funcional de los DEG
Explore los avances facilitados por los servicios de secuenciación de ARNm NGS eucariota de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Huang, L. et al. (2023) 'El triclosán y el triclocarbán debilitan la capacidad olfativa de los peces dorados al restringir el reconocimiento de olores, interrumpir la transducción de señales olfativas y perturbar el procesamiento de la información olfativa',Investigación del agua, 233, pág. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus secuestra p11 humano para redirigir los fagosomas que contienen hongos a una vía no degradativa',Célula huésped y microbio, 31(3), págs. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'Factores de transcripción TCP involucrados en el desarrollo de brotes de bambú Ma (Dendrocalamus latiflorus Munro)',Fronteras en la ciencia vegetal, 13, pág. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) 'El genoma de Chrysanthemum lavandulifolium y el mecanismo molecular subyacente a diversos tipos de capítulos',Investigación en horticultura, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) 'Un nanorreactor en cascada para mejorar la terapia sonodinámica en el cáncer colorrectal mediante el aumento sinérgico de ROS y el bloqueo de la autofagia',Nano hoy, 49, pág. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
