Genética evolutiva
Ventajas del servicio
Takagi y otros,El diario de las plantas, 2013
●Análisis bioinformático integral:permitiendo la estimación de la diversidad genética, que refleja el potencial evolutivo de las especies, y revelando una relación filogenética confiable entre especies con una influencia minimizada de la evolución convergente y la evolución paralela
●Análisis personalizado opcional:como la estimación del tiempo y la velocidad de divergencia en función de las variaciones a nivel de nucleótidos y aminoácidos.
●Amplia experiencia y registros de publicaciones:BMKGene ha acumulado una enorme experiencia en proyectos de genética poblacional y evolutiva durante más de 15 años, cubriendo miles de especies, etc. y ha contribuido a más de 1000 proyectos de alto nivel publicados en Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etc.
● Equipo de bioinformática altamente calificado y ciclo de análisis cortoCon gran experiencia en análisis genómico avanzado, el equipo de BMKGene ofrece análisis integrales con un tiempo de respuesta rápido.
● Soporte Postventa:Nuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para resolver cualquier duda relacionada con los resultados.
Especificaciones y requisitos del servicio
| Tipo de secuenciación | Escala de población recomendada | Estrategia de secuenciación | Requisitos de nucleótidos |
| Secuenciación del genoma completo | ≥ 30 individuos, con ≥ 10 individuos de cada subgrupo
| 10x | Concentración: ≥ 1 ng/µL Cantidad total ≥ 30 ng Degradación o contaminación limitada o nula |
| Fragmento amplificado de locus específico (SLAF) | Profundidad de la etiqueta: 10x Número de etiquetas: <400 Mb: se recomienda WGS <1 Gb: 100 000 etiquetas 1 GB >2 Gb: 300 000 etiquetas Máximo 500k etiquetas | Concentración ≥ 5 ng/µL Cantidad total ≥ 80 ng Nanogota OD260/280=1,6-2,5 Gel de agarosa: degradación o contaminación nula o limitada
|
Flujo de trabajo del servicio
Diseño de experimentos
Entrega de muestra
Construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
El servicio incluye análisis de la estructura poblacional (árbol filogenético, ACP, diagrama de estratificación poblacional), diversidad poblacional y selección poblacional (desequilibrio de ligamiento, barrido selectivo de sitios ventajosos). El servicio también puede incluir análisis personalizados (p. ej., tiempo de divergencia, flujo génico).
*Los resultados de demostración que se muestran aquí son todos de genomas publicados con BMKGENE
1. El análisis de la evolución incluye la construcción de un árbol filogenético, una estructura poblacional y un PCA basado en variaciones genéticas.
El árbol filogenético representa las relaciones taxonómicas y evolutivas entre especies con ancestro común.
El PCA tiene como objetivo visualizar la cercanía entre subpoblaciones.
La estructura de la población muestra la presencia de subpoblaciones genéticamente distintas en términos de frecuencias alélicas.
Chen y otros,PNAS, 2020
2. Barrido selectivo
El barrido selectivo se refiere a un proceso mediante el cual se selecciona un sitio ventajoso y se aumentan las frecuencias de los sitios neutrales vinculados y se reducen las de los sitios no vinculados, lo que da como resultado una reducción regional.
La detección de todo el genoma en regiones de barrido selectivo se procesa calculando el índice genético poblacional (π, Fst, D de Tajima) de todos los SNP dentro de una ventana deslizante (100 Kb) en un paso determinado (10 Kb).
Diversidad de nucleótidos (π）
La D de Tajima
Índice de fijación (Fst)
Wu, y otros,Planta molecular, 2018
3. Flujo genético
Wu, y otros,Planta molecular, 2018
4. Historia demográfica
Zhang y otrosNaturaleza, ecología y evolución, 2021
5. Tiempo de divergencia
Zhang y otrosNaturaleza, ecología y evolución, 2021
Explore los avances facilitados por los servicios de genética evolutiva de BMKGene a través de una colección curada de publicaciones:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Descubrimiento de marcadores moleculares SNP y genes candidatos asociados con la resistencia al virus de la cría sacra en larvas de Apis cerana cerana mediante resecuenciación del genoma completo',Revista internacional de ciencias moleculares, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'El descubrimiento de una salamandra gigante china silvestre y genéticamente pura crea nuevas oportunidades de conservación',Investigación zoológica, 2022, Vol. 43, Número 3, Páginas: 469-480, 43(3), pp. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Patrón filogeográfico e historia de la evolución poblacional de Elymus sibiricus L. indígena en la meseta tibetana de Qinghai',Fronteras en la ciencia vegetal, 13, pág. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Perspectivas genómicas sobre la evolución del longan a partir de un ensamblaje del genoma a nivel cromosómico y la genómica poblacional de accesiones de longan',Investigación en horticultura, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
