Genética evolutiva
Ventajas del servicio
Takagi y otros,La revista de plantas, 2013
●Análisis bioinformático exhaustivo:Esto permite estimar la diversidad genética, que refleja el potencial evolutivo de las especies, y revelar relaciones filogenéticas fiables entre especies con una influencia mínima de la evolución convergente y la evolución paralela.
●Análisis personalizado opcional: como la estimación del tiempo y la velocidad de divergencia basándose en variaciones a nivel de nucleótidos y aminoácidos.
●Amplia experiencia y un extenso historial de publicaciones.BMKGene ha acumulado una vasta experiencia en proyectos de genética de poblaciones y evolutiva durante más de 15 años, abarcando miles de especies, etc., y ha contribuido a más de 1000 proyectos de alto nivel publicados en Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etc.
● Equipo de bioinformática altamente cualificado y ciclo de análisis cortoCon una amplia experiencia en análisis genómicos avanzados, el equipo de BMKGene ofrece análisis exhaustivos con un plazo de entrega rápido.
● Soporte postventa:Nuestro compromiso va más allá de la finalización del proyecto, con un período de servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para aclarar cualquier duda relacionada con los resultados.
Especificaciones y requisitos del servicio
| Tipo de secuenciación | Escala de población recomendada | Estrategia de secuenciación | Requisitos de nucleótidos |
| Secuenciación del genoma completo | ≥ 30 individuos, con ≥ 10 individuos de cada subgrupo
| 10x | Concentración: ≥ 1 ng/ µL Cantidad total ≥ 30 ng Degradación o contaminación limitada o nula |
| Fragmento amplificado de locus específico (SLAF) | Profundidad de la etiqueta: 10x Número de etiquetas: <400 Mb: Se recomienda la secuenciación del genoma completo (WGS). <1 GB: 100 000 etiquetas 1 GB >2 GB: 300 000 etiquetas Máximo 500.000 etiquetas | Concentración ≥ 5 ng/µL Cantidad total ≥ 80 ng Gel de agarosa: degradación o contaminación nula o limitada.
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Flujo de trabajo del servicio
Diseño del experimento
Entrega de muestras
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
El servicio incluye el análisis de la estructura poblacional (árbol filogenético, PCA, diagrama de estratificación poblacional), la diversidad poblacional y la selección poblacional (desequilibrio de ligamiento, selección direccional de sitios ventajosos). También puede incluir análisis personalizados (por ejemplo, tiempo de divergencia, flujo genético).
*Los resultados de demostración que se muestran aquí provienen de genomas publicados con BMKGENE.
1. El análisis evolutivo comprende la construcción de un árbol filogenético, la estructura de la población y el análisis de componentes principales (PCA) basado en variaciones genéticas.
El árbol filogenético representa las relaciones taxonómicas y evolutivas entre especies con un ancestro común.
El análisis de componentes principales (PCA) tiene como objetivo visualizar la cercanía entre subpoblaciones.
La estructura poblacional muestra la presencia de subpoblaciones genéticamente distintas en términos de frecuencias alélicas.
Chen, et al.,PNAS, 2020
2. Barrido selectivo
El barrido selectivo se refiere a un proceso mediante el cual se selecciona un sitio ventajoso y se incrementan las frecuencias de sitios neutrales vinculados y se disminuyen las de sitios no vinculados, lo que resulta en una reducción regional.
La detección a nivel genómico en regiones de barrido selectivo se procesa calculando el índice genético poblacional (π, Fst, D de Tajima) de todos los SNP dentro de una ventana deslizante (100 Kb) en un paso determinado (10 Kb).
Diversidad de nucleótidos (π)
La D de Tajima
Índice de fijación (Fst)
Wu, et al.,Planta molecular, 2018
3. Flujo genético
Wu, et al.,Planta molecular, 2018
4. Historia demográfica
Zhang, et al.,Naturaleza, Ecología y Evolución, 2021
5. Tiempo de divergencia
Zhang, et al.,Naturaleza, Ecología y Evolución, 2021
Descubra los avances facilitados por los servicios de genética evolutiva de BMKGene a través de una cuidada selección de publicaciones:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Descubrimiento de marcadores moleculares SNP y genes candidatos asociados con la resistencia al virus de la cría ensacada en larvas de Apis cerana cerana mediante resecuenciación del genoma completo',Revista internacional de ciencias moleculares, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'El descubrimiento de una salamandra gigante china salvaje y genéticamente pura crea nuevas oportunidades de conservación',Investigación zoológica, 2022, Vol. 43, Número 3, Páginas: 469-480, 43(3), pp. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Patrón filogeográfico e historia de la evolución poblacional de Elymus sibiricus L. autóctono en la meseta Qinghai-Tíbet',Fronteras en la Ciencia Vegetal, 13, pág. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Perspectivas genómicas sobre la evolución del longan a partir de un ensamblaje del genoma a nivel cromosómico y genómica poblacional de accesiones de longan',Investigación en horticultura, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
