Análisis de asociación de todo el genoma
Flujo de trabajo
Ventajas del servicio
●Amplia experiencia y un extenso historial de publicaciones.Con una amplia experiencia en estudios de asociación del genoma completo (GWAS), BMKGene ha completado cientos de proyectos de investigación de GWAS en poblaciones de diversas especies, ha ayudado a investigadores a publicar más de 100 artículos y su factor de impacto acumulado alcanzó los 500.
● Análisis bioinformático integralEl flujo de trabajo incluye un análisis de asociación entre SNP y rasgos, que proporciona un conjunto de genes candidatos y su correspondiente anotación funcional.
●Equipo bioinformático altamente cualificado y ciclo de análisis corto.Con una amplia experiencia en análisis genómicos avanzados, el equipo de BMKGene ofrece análisis exhaustivos con un plazo de entrega rápido.
●Soporte postventa:Nuestro compromiso va más allá de la finalización del proyecto, con un período de servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para aclarar cualquier duda relacionada con los resultados.
Especificaciones y requisitos del servicio
| Tipo de secuenciación | Escala de población recomendada | Estrategia de secuenciación | Requisitos de nucleótidos |
| Secuenciación del genoma completo | 200 muestras | 10x | Concentración: ≥ 1 ng/ µL Cantidad total ≥ 30 ng Degradación o contaminación limitada o nula |
| Fragmento amplificado de locus específico (SLAF) | Profundidad de la etiqueta: 10x Número de etiquetas: < 400 Mb: Se recomienda la secuenciación del genoma completo (WGS). < 1 GB: 100 000 etiquetas 1 GB > 2 GB: 300 000 etiquetas Máximo 500.000 etiquetas | Concentración ≥ 5 ng/µL Cantidad total ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Gel de agarosa: degradación o contaminación nula o limitada.
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Selección de materiales
Diferentes variedades, subespecies, variedades locales/bancos genéticos/familias mixtas/recursos silvestres
Diferentes variedades, subespecies, razas locales
Familia de medios hermanos/familia de hermanos completos/recursos silvestres
Flujo de trabajo del servicio
Diseño del experimento
Entrega de muestras
Extracción de ARN
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Incluye el siguiente análisis:
- Análisis de asociación de todo el genoma: modelos LM, LMM, EMMAX y FASTLMM.
- Anotación funcional de genes candidatos
Análisis de asociación SNP-rasgo – Gráfico de Manhattan
Análisis de asociación SNP-rasgo – Gráfico QQ
Descubra los avances facilitados por los servicios de GWAS de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones:
Lv, L. et al. (2023) 'Perspectiva sobre la base genética de la tolerancia al amoníaco en la almeja navaja Sinonovacula constricta mediante un estudio de asociación de todo el genoma',Acuicultura, 569, pág. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Análisis multiómicos de 398 accesiones de mijo cola de zorro revelan regiones genómicas asociadas con la domesticación, rasgos metabólicos y efectos antiinflamatorios',Planta molecular, 15 (8), págs. 1367-1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Mapeo de asociación de todo el genoma de fenotipos de cebada sin cáscara en un entorno de sequía',Fronteras en la Ciencia Vegetal, 13, pág. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, que codifica una sulfotransferasa, confiere resistencia a las cepas G2 y G3 del virus del mosaico de la soja',Planta, célula y medio ambiente, 44 (8), págs. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
