Análisis de asociación de todo el genoma
Flujo de trabajo
Ventajas del servicio
●Amplia experiencia y registros de publicacionesCon experiencia acumulada en GWAS, BMKGene ha completado cientos de proyectos de especies en investigación de GWAS de población, ha ayudado a investigadores a publicar más de 100 artículos y el factor de impacto acumulativo alcanzó 500.
● Análisis bioinformático integral:El flujo de trabajo incluye el análisis de asociación de rasgos SNP, entregando un conjunto de genes candidatos y su anotación funcional correspondiente.
●Equipo de bioinformática altamente cualificado y ciclo de análisis cortoCon gran experiencia en análisis genómico avanzado, el equipo de BMKGene ofrece análisis integrales con un tiempo de respuesta rápido.
●Soporte postventa:Nuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para resolver cualquier duda relacionada con los resultados.
Especificaciones y requisitos del servicio
| Tipo de secuenciación | Escala de población recomendada | Estrategia de secuenciación | Requisitos de nucleótidos |
| Secuenciación del genoma completo | 200 muestras | 10x | Concentración: ≥ 1 ng/µL Cantidad total ≥ 30 ng Degradación o contaminación limitada o nula |
| Fragmento amplificado de locus específico (SLAF) | Profundidad de la etiqueta: 10x Número de etiquetas: < 400 Mb: se recomienda WGS < 1 Gb: 100 000 etiquetas 1 GB > 2 Gb: 300 000 etiquetas Máximo 500k etiquetas | Concentración ≥ 5 ng/µL Cantidad total ≥ 80 ng Nanogota OD260/280=1,6-2,5 Gel de agarosa: degradación o contaminación nula o limitada
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Selección de materiales
Diferentes variedades, subespecies, razas locales/bancos de genes/familias mixtas/recursos silvestres
Diferentes variedades, subespecies, razas autóctonas
Familia de medios hermanos/familia de hermanos completos/recursos silvestres
Flujo de trabajo del servicio
Diseño de experimentos
Entrega de muestra
Extracción de ARN
Construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Incluye el siguiente análisis:
- Análisis de asociación de todo el genoma: modelos LM, LMM, EMMAX y FASTLMM
- Anotación funcional de genes candidatos
Análisis de asociación SNP-rasgo: diagrama de Manhattan
Análisis de asociación de SNP-rasgo: gráfico QQ
Explore los avances facilitados por los servicios GWAS de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones:
Lv, L. et al. (2023) 'Información sobre la base genética de la tolerancia al amoníaco en la navaja Sinonovacula constricta mediante un estudio de asociación de todo el genoma',Acuicultura, 569, pág. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Los análisis multiómicos de 398 accesiones de mijo cola de zorra revelan regiones genómicas asociadas con la domesticación, rasgos de metabolitos y efectos antiinflamatorios',Planta molecular, 15 (8), págs. 1367-1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Mapeo de asociaciones de todo el genoma de fenotipos apenas sin cáscara en entornos de sequía',Fronteras en la ciencia vegetal, 13, pág. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, que codifica una sulfotransferasa, confiere resistencia a las cepas G2 y G3 del virus del mosaico de la soja',Planta, célula y medio ambiente, 44 (8), págs. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
