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Análisis de asociación de todo el genoma

El estudio de asociación de todo el genoma (GWAS) tiene como objetivo identificar variantes genéticas (genotipo) asociadas con rasgos específicos (fenotipo).El estudio GWAS investiga marcadores genéticos que cruzan el genoma completo de un gran número de individuos y predice asociaciones genotipo-fenotipo mediante análisis estadístico a nivel de población.Se ha aplicado ampliamente en la investigación de enfermedades humanas y en la extracción de genes funcionales de rasgos complejos de animales o plantas.


Detalles del servicio

Resultado de la demostración

Publicación destacada

imagen3

1.Ventajas del servicio

● Abundantes casos de proyectos: desde su creación en 2009, BMKGENE ha completado cientos de proyectos de especies en la investigación de poblaciones GWAS, ha ayudado a los investigadores a publicar más de 100 artículos y el factor de impacto acumulativo alcanzó 500.
● Analistas profesionales.
● Ciclo de análisis corto.
● Minería de datos precisa.

2. Especificaciones del servicio

Tipo

Escala de población

Estrategia de secuenciación y profundidad.

SLAF-GWAS Número de muestra ≥200 Tamaño del genoma <400M, con genoma ref, se recomienda WGS

Tamaño del genoma ≤ 1G, etiquetas 100K y 10X

1G ≤ Tamaño del genoma ≤ 2G, etiquetas 200K y 10X

Tamaño del genoma > 2G, etiquetas 300K y 10X

WGS-GWAS

Número de muestra ≥200

10 veces por cada muestra

3. Selección de materiales

动物1
动物2
imagen7

Diferentes variedades, subespecies, variedades locales/bancos de germoplasma/familias mixtas/recursos silvestres

Diferentes variedades, subespecies, variedades locales.

Familia de medios hermanos/familia de hermanos completos/recursos silvestres

4. Análisis de bioinformación

● Análisis de asociación de todo el genoma
● Análisis y detección de SNP significativos.
● Anotación funcional del gen candidato.

5. Flujo de trabajo del servicio

Control de calidad de muestra

Diseño de experimentos

entrega de muestra

Entrega de muestra

experimento piloto

extracción de ARN

Preparación de la biblioteca

construcción de biblioteca

Secuenciación

Secuenciación

Análisis de los datos

Análisis de los datos

Servicios postventa

Servicios postventa


  • Anterior:
  • Próximo:

  • a.Control de calidad del fenotipo

    Histograma de distribución de frecuencia

    imagen9

    Estadísticas de fenotipo

    imagen10

    b.Análisis de asociación (Modelo: GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)

    Trama QQ

    imagen11

    Parcela de Manhattan

    Amoníaco_emmax_manhattan_00

    Año

    Diario

    IF

    Título

    2022

    NC

    17,69

    Base genómica de los gigacromosomas y el gigagenoma de la peonía arbórea Paeonia ostii

    2015

    NP

    7.43

    Las huellas de domesticación anclan regiones genómicas de importancia agronómica en la soja

    2018

    MP

    9.32

    La resecuenciación del genoma completo de una colección mundial de muestras de colza revela la base genética de su divergencia ecotipo

    2022

    HR

    7.29

    El análisis de asociación de todo el genoma proporciona información molecular sobre la variación natural del tamaño de las semillas de sandía

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