Interacción de la cromatina basada en Hi-C
Características del servicio
● Secuenciación en Illumina NovaSeq con PE150.
● El servicio requiere muestras de tejido, en lugar de ácidos nucleicos extraídos, para realizar la reticulación con formaldehído y conservar las interacciones ADN-proteína.
● El experimento Hi-C implica la restricción y reparación de los extremos cohesivos con biotina, seguida de la circularización de los extremos romos resultantes, preservando las interacciones. Posteriormente, el ADN se precipita con perlas de estreptavidina y se purifica para la posterior preparación de la biblioteca.
Ventajas del servicio
●Diseño óptimo de enzimas de restricción: para garantizar una alta eficiencia de Hi-C en diferentes especies con hasta un 93 % de pares de interacción válidos.
●Amplia experiencia y un extenso historial de publicaciones:BMKGene cuenta con una vasta experiencia, con más de 2000 proyectos de secuenciación Hi-C de 800 especies diferentes y diversas patentes. Ha publicado más de 100 casos con un factor de impacto acumulado superior a 900.
●Equipo de bioinformática altamente cualificado:Con patentes propias y derechos de autor de software para experimentos Hi-C y análisis de datos, así como un software de visualización de datos de desarrollo propio.
●Soporte postventa:Nuestro compromiso va más allá de la finalización del proyecto, con un período de servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para aclarar cualquier duda relacionada con los resultados.
●Anotación completaUtilizamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente los genes con variaciones identificadas y realizar el análisis de enriquecimiento correspondiente, lo que proporciona información valiosa para múltiples proyectos de investigación.
Especificaciones de servicio
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Salida de datos recomendada | Resolución de señal Hi-C |
| Biblioteca Hi-C | Illumina PE150 | Bucle de cromatina: 150x TAD: 50x | Bucle de cromatina: 10 Kb TAD: 40Kb |
Requisitos del servicio
| Tipo de muestra | Cantidad requerida |
| Tejido animal | ≥2 g |
| Sangre entera | ≥2 ml |
| Hongos | ≥1 g |
| Tejido joven de la planta | 1 g/alícuota, se recomiendan de 2 a 4 alícuotas. |
| Células cultivadas | ≥1x107 |
Incluye el siguiente análisis:
● Control de calidad de datos brutos;
● Control de calidad de la biblioteca de mapeo y Hi-C: pares de interacción válidos y exponentes de decaimiento de interacción (IDE);
● Perfilado de interacciones a nivel genómico: análisis cis/trans y mapa de interacciones Hi-C;
● Análisis de la distribución de los compartimentos A/B;
● Identificación de TADs y bucles de cromatina;
● Análisis diferencial de los elementos de la estructura de la cromatina 3D entre muestras y anotación funcional correspondiente de los genes asociados.
Distribución de proporciones cis y trans
Mapa de calor de las interacciones cromosómicas entre muestras
Distribución genómica de los compartimentos A/B
Distribución genómica de los bucles de cromatina
Visualización de TADs
Descubra los avances en investigación facilitados por los servicios de secuenciación Hi-C de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Meng, T. et al. (2021) 'Un análisis multiómico integrado comparativo identifica a CA2 como un nuevo objetivo para el cordoma',Neurooncología, 23 (10), págs. 1709-1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) 'La desorganización y reordenamiento 3D del genoma proporcionan información sobre la patogénesis de la EHGNA mediante secuenciación integrada de Hi-C, Nanopore y ARN',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), págs. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
