Secuenciación del metatranscriptoma
Características del servicio
● Agotamiento del ARNr seguido de preparación de la biblioteca de ARNm direccional.
● Secuenciación en Illumina NovaSeq.
Ventajas del servicio
●Estudie los cambios de comunidades microbianas complejas:Esto sucede a nivel transcripcional y explora nuevos genes potenciales.
●Explicación de las interacciones de la comunidad microbiana con el huésped o el medio ambiente.
●Análisis Bioinformático Integral: Esto proporciona información sobre las composiciones taxonómicas y funcionales de la comunidad, así como el análisis diferencial de la expresión genética.
●Anotación genética extensa:Uso de bases de datos actualizadas de funciones genéticas para obtener información informativa sobre la expresión genética de comunidades microbianas.
●Soporte Postventa:Nuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un período de servicio postventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para abordar cualquier consulta relacionada con los resultados.
Especificaciones de servicio
| Plataforma de secuenciación | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad de datos |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12GB | Q30≥85% |
Requisitos de muestra
| Concentración (ng/μL) | Cantidad total (μg) | Volumen (μL) | DE260/280 | OD260/230 | Rin |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8-2,0 | 1,0-2,5 | ≥6,5 |
Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestra
construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios postventa
Incluye el siguiente análisis:
● Control de calidad de datos de secuenciación
● Asamblea de transcripción
● Anotación taxonómica y abundancia
● Anotación funcional y abundancia
● Cuantificación de expresiones y análisis diferencial.
Distribución taxonómica de cada muestra:
Análisis de diversidad beta: UPGMA
Anotación funcional – GO abundancia
Abundancia de taxonomía diferencial – LEFSE
Explore los avances facilitados por los servicios de secuenciación metatranscriptómica de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Lu, Z. y col. (2023) 'La tolerancia ácida de las bacterias que utilizan lactato del orden Bacteroidales contribuye a la prevención de la acidosis ruminal en cabras adaptadas a una dieta alta en concentrados',Nutrición Animal, 14, págs. 130-140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Song, Z. y col. (2017) 'Desentrañar la microbiota funcional central en la fermentación tradicional en estado sólido mediante amplicones de alto rendimiento y secuenciación metatranscriptómica',Fronteras en microbiología, 8 (JULIO). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.
Wang, W. y col. (2022) 'Nuevos micovirus descubiertos a partir de un estudio metatranscriptómico del hongo fitopatógeno Alternaria',Virus, 14(11), pág. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. y col. (2022) 'El análisis de metatranscriptoma paralelo revela la degradación de los metabolitos secundarios de las plantas por los escarabajos y sus simbiontes intestinales',Molecular Ecología, 31(15), págs. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.
