Secuenciación de ARNm (NGS) – De novo

La secuenciación de ARNm permite perfilar todos los transcritos de ARNm en las células bajo condiciones específicas y es una tecnología ampliamente utilizada en diversas áreas de investigación. El pipeline BMKCloud De novo mRNA-seq está diseñado para analizar bibliotecas de secuenciación enriquecidas con poli-A cuando no se dispone de un genoma de referencia. El pipeline comienza con el control de calidad, seguido dede novoEnsamblaje de transcripciones y selección de conjuntos de unigenes. El análisis de la estructura de los unigenes predice secuencias codificantes (CDS) y repeticiones de secuencias simples (SSR). Posteriormente, el análisis de expresión diferencial identifica genes con expresión diferencial (DEGs) entre las condiciones evaluadas, seguido de la anotación funcional y el enriquecimiento de los DEGs para extraer información biológica relevante.