Nanopore Transcriptoma de longitud completa

La secuenciación del transcriptoma de Nanopore es un método potente para secuenciar ADNc de longitud completa, identificando y cuantificando con precisión las isoformas de los transcritos. El pipeline de transcriptomas de longitud completa de BMKCloud Nanopore está diseñado para analizar los datos de RNA-Seq generados en la plataforma Nanopore frente a un genoma de referencia de alta calidad y bien anotado, lo que proporciona un análisis cualitativo y cuantitativo tanto a nivel de genes como de transcritos. Tras el control de calidad, se obtienen secuencias no quiméricas (FLNC) de longitud completa y las secuencias consenso se mapean al genoma de referencia para eliminar los transcritos redundantes. A partir de este conjunto de transcritos, se cuantifica la expresión y se identifican y anotan funcionalmente los genes y transcritos con expresión diferencial. El pipeline también incluye análisis de poliadenilación alternativa (APA), análisis de splicing alternativo, análisis de repetición de secuencia simple (SSR), predicción de lncRNA y dianas correspondientes, predicción de secuencias codificantes (CDS), análisis de familias de genes, análisis de factores de transcripción, predicción de genes nuevos y anotación funcional de transcritos.