Secuenciación de ARNm no basada en referencia (NGS)
Características
● Captura de poli ARNm antes de la preparación de la biblioteca
● Independiente de cualquier genoma de referencia: basado en el ensamblaje de novo de transcripciones, generando una lista de unigenes que están anotados con múltiples bases de datos (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Análisis bioinformático integral de la expresión genética y la estructura de la transcripción
Ventajas del servicio
●Amplia experienciaCon un historial de procesamiento de más de 600.000 muestras en BMKGENE, que abarcan diversos tipos de muestras, como cultivos celulares, tejidos y fluidos corporales, nuestro equipo aporta una vasta experiencia a cada proyecto. Hemos cerrado con éxito más de 100.000 proyectos de secuenciación de ARNm en diversas áreas de investigación.
●Control de calidad rigurosoImplementamos controles fundamentales en todas las etapas, desde la preparación de muestras y bibliotecas hasta la secuenciación y la bioinformática. Este meticuloso seguimiento garantiza la entrega de resultados consistentemente de alta calidad.
● Anotación completaUtilizamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente los genes expresados diferencialmente (DEG) y realizar el análisis de enriquecimiento correspondiente, proporcionando información sobre los procesos celulares y moleculares subyacentes a la respuesta del transcriptoma.
●Soporte posventaNuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para resolver cualquier duda relacionada con los resultados.
Requisitos de muestra y entrega
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| Enriquecido con poli A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Requisitos de muestra:
Nucleótidos:
| Concentración (ng/μl) | Cantidad (μg) | Pureza | Integridad |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Se muestra contaminación limitada o nula de proteínas o ADN en el gel. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animales: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
● Plantas:
Raíz, tallo o pétalo: 450 mg
Hoja o semilla: 300 mg
Fruta: 1,2 g
●Animal:
Corazón o Intestino: 300 mg
Vísceras o cerebro: 240 mg
Músculo: 450 mg
Huesos, cabello o piel: 1g
● Artrópodos:
Insectos: 6g
Crustáceos: 300 mg
● Sangre entera: 1 tubo
● Células: 106 células
Entrega de muestra recomendada
Envase: Tubo de centrífuga de 2 ml (no se recomienda usar papel de aluminio)
Etiquetado de muestra: Grupo+réplica p.ej. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Hielo seco: Las muestras deben empacarse en bolsas y enterrarse en hielo seco.
2. Tubos de estabilización de ARN: las muestras de ARN pueden secarse en un tubo de estabilización de ARN (por ejemplo, RNAstable®) y enviarse a temperatura ambiente.
Flujo de trabajo del servicio
Diseño de experimentos
Entrega de muestra
Extracción de ARN
Construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Bioinformática
Ensamblaje del transcriptoma y selección de unigenes
Anotación Unigene
Correlación de muestras y evaluación de réplicas biológicas
Genes expresados diferencialmente (GED)
Anotación funcional de DEG
Enriquecimiento funcional de los DEG
Explore los avances facilitados por los servicios de secuenciación de ARNm NGS eucariota de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Shen, F. et al. (2020) 'Ensamblaje de transcriptoma de novo y expresión génica sesgada por sexo en las gónadas del bagre de Amur (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), págs. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Análisis del transcriptoma del metabolismo de la sacarosa durante la hinchazón y el desarrollo del bulbo en cebolla (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (septiembre), pág. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'Ensamblaje de novo, caracterización y anotación del transcriptoma de Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'El análisis del transcriptoma de novo proporciona información sobre la tolerancia a la sal de Podocarpus macrophyllus bajo estrés salino', BMC Plant Biology, 21(1), págs. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
