Solución de ARNm de longitud completa PacBio 2+3
Características
● Diseño del estudio:
Muestra agrupada secuenciada con PacBio para identificar isoformas de transcripción
Muestras separadas (réplicas y condiciones a probar) secuenciadas conNGS para cuantificar la expresión de la transcripción
● Secuenciación de PacBio en modo CCS, generando lecturas de alta fidelidad
● Secuenciación de las transcripciones completas
● El análisis no requiere un genoma de referencia; sin embargo, puede emplearse
● El análisis bioinformático incluye no solo la expresión a nivel de genes e isoformas, sino también el análisis de lncRNA, fusiones de genes, poliadenilación y estructura genética.
Ventajas
● Alta precisión:HiFi lee con una precisión >99,9% (Q30), comparable a NGS
● Análisis de empalmes alternativos:La secuenciación de todas las transcripciones permite la identificación y caracterización de isoformas.
● Combinación de las fortalezas de PacBio y NGS:Permite cuantificar la expresión a nivel de isoforma, revelando cambios que pueden quedar enmascarados al analizar la expresión génica completa.
● Amplia experienciaHemos procesado más de 2300 muestras y nuestro equipo aporta una gran experiencia a cada proyecto.
● Soporte posventaNuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para resolver cualquier duda relacionada con los resultados.
Requisitos de muestra y entrega
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| Biblioteca CCS de ARNm enriquecida con poliA | Secuela II de PacBio PacBio Revio | 20/40 GB 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Enriquecido con poli A | Illumina PE150 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Nucleótidos
|
| Concentración (ng/μl) | Cantidad (μg) | Pureza | Integridad |
| Biblioteca Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Se muestra contaminación limitada o nula de proteínas o ADN en el gel. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animales: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
| Biblioteca PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Se muestra contaminación limitada o nula de proteínas o ADN en el gel. | Plantas: RIN≥7,5 Animales: RIN≥8.0 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
Entrega de muestra recomendada
Envase: Tubo de centrífuga de 2 ml (no se recomienda usar papel de aluminio)
Etiquetado de muestra: Grupo+réplica p.ej. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Hielo seco:Las muestras deben empacarse en bolsas y enterrarse en hielo seco.
2. Tubos de estabilización de ARN: las muestras de ARN pueden secarse en un tubo de estabilización de ARN (por ejemplo, RNAstable®) y enviarse a temperatura ambiente.
Incluye el siguiente análisis:
- Datos sin procesar
- Control de calidad
- Análisis de poliadenilación alternativa (APA)
- Análisis de la transcripción de fusión
- Análisis de empalme alternativo
- Análisis comparativo de ortólogos universales de copia única (BUSCO)
- Análisis de nuevas transcripciones: predicción de secuencias codificantes (CDS) y anotación funcional
- Análisis de lncRNA: predicción de lncRNA y dianas
- Identificación de microsatélites (SSR)
- Análisis de transcripciones expresadas diferencialmente (DET)
- Análisis de genes expresados diferencialmente (GED)
- Anotación funcional de DEG y DET
Análisis de BUSCO
Análisis de empalme alternativo
Análisis de poliadenilación alternativa (APA)
Análisis de genes expresados diferencialmente (DEG) y transcripciones (DET9)
Redes de interacción proteína-proteína de DET y DEG
Explore los avances facilitados por la secuenciación de ARNm de longitud completa PacBio 2+3 de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Chao, Q. et al. (2019) 'La dinámica del desarrollo del transcriptoma del tallo de Populus',Revista de Biotecnología Vegetal, 17(1), págs. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Cambios dinámicos en el contenido de ácido ascórbico durante el desarrollo y la maduración del fruto de Actinidia latifolia (un cultivo frutal rico en ascorbato) y los mecanismos moleculares asociados',Revista Internacional de Ciencias Moleculares, 23(10), pág. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Predicción efectiva de genes de la vía biosintética involucrados en polifilinas bioactivas en Paris polyphylla',Biología de las comunicaciones2022 5:1, 5(1), págs. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Análisis combinado de PacBio Iso-Seq y ARN-Seq de Illumina del transcriptoma de Tuta absoluta (Meyrick) y los genes del citocromo P450',Insectos, 14(4), pág. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Un estudio de la complejidad del transcriptoma utilizando el análisis en tiempo real de moléculas individuales de PacBio combinado con la secuenciación de ARN de Illumina para una mejor comprensión de la biosíntesis del ácido ricinoleico en Ricinus communis',Genómica de BMC, 20(1), págs. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
