Solución PacBio 2+3 de ARNm de longitud completa
Características
● Diseño del estudio:
Muestra combinada secuenciada con PacBio para identificar isoformas de transcripción.
Secuenciaron muestras separadas (réplicas y condiciones a probar) conNGS para cuantificar la expresión del transcripto
● Secuenciación PacBio en modo CCS, generando lecturas HiFi.
● Secuenciación de las transcripciones completas
● El análisis no requiere un genoma de referencia; sin embargo, puede emplearse.
● El análisis bioinformático incluye no solo la expresión a nivel de gen e isoforma, sino también el análisis de lncRNA, fusiones génicas, poliadenilación y estructura génica.
Ventajas
● Alta precisiónLecturas HiFi con una precisión >99,9% (Q30), comparable a NGS.
● Análisis de empalme alternativoLa secuenciación de todos los transcritos permite la identificación y caracterización de las isoformas.
● Combinación de las fortalezas de PacBio y NGSPermite cuantificar la expresión a nivel de isoforma, revelando cambios que pueden quedar enmascarados al analizar la expresión génica completa.
● Amplia experienciaHemos procesado más de 2300 muestras y nuestro equipo aporta una vasta experiencia a cada proyecto.
● Soporte postventaNuestro compromiso va más allá de la finalización del proyecto, con un período de servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para aclarar cualquier duda relacionada con los resultados.
Requisitos y entrega de muestras
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| Biblioteca CCS de ARNm enriquecida con poliA | PacBio Secuela II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Enriquecido con poli A | Illumina PE150 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Nucleótidos
|
| Concentración (ng/μl) | Cantidad (μg) | Pureza | Integridad |
| Biblioteca Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 En el gel se observa una contaminación mínima o nula de proteínas o ADN. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animales: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
| Biblioteca PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 En el gel se observa una contaminación mínima o nula de proteínas o ADN. | Plantas: RIN≥7,5 Animales: RIN≥8.0 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
Entrega de muestras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (no se recomienda usar papel de aluminio).
Etiquetado de muestras: Grupo+réplica, por ejemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Hielo seco:Las muestras deben empaquetarse en bolsas y enterrarse en hielo seco.
2. Tubos RNAstable: Las muestras de ARN se pueden secar en tubos de estabilización de ARN (por ejemplo, RNAstable®) y enviarse a temperatura ambiente.
Incluye el siguiente análisis:
- Datos brutos
- Control de calidad
- Análisis de poliadenilación alternativo (APA)
- Análisis de transcripción de fusión
- Análisis de empalme alternativo
- Análisis comparativo de ortólogos universales de copia única (BUSCO)
- Análisis de transcripciones novedosas: predicción de secuencias codificantes (CDS) y anotación funcional.
- Análisis de lncRNA: predicción de lncRNA y sus dianas.
- Identificación de microsatélites (SSR)
- Análisis de transcripciones expresadas diferencialmente (DETs)
- Análisis de genes diferencialmente expresados (GDE).
- Anotación funcional de DEGs y DETs
Análisis de BUSCO
Análisis de empalme alternativo
Análisis de poliadenilación alternativo (APA)
Análisis de genes y transcripciones diferencialmente expresados (DEGs) (DETs9)
Redes de interacción proteína-proteína de DETs y DEGs
Descubra los avances facilitados por la secuenciación de ARNm de longitud completa PacBio 2+3 de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Chao, Q. et al. (2019) 'La dinámica del desarrollo del transcriptoma del tallo de Populus',Revista de Biotecnología Vegetal, 17(1), págs. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Cambios dinámicos en el contenido de ácido ascórbico durante el desarrollo y la maduración del fruto de Actinidia latifolia (un cultivo frutal rico en ascorbato) y los mecanismos moleculares asociados',Revista Internacional de Ciencias Moleculares, 23(10), pág. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Predicción efectiva de genes de la vía biosintética involucrados en polifilinas bioactivas en Paris polyphylla',Biología de las comunicaciones2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Análisis combinado PacBio Iso-Seq e Illumina RNA-Seq del transcriptoma y los genes del citocromo P450 de Tuta absoluta (Meyrick)',Insectos, 14(4), pág. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Un estudio de la complejidad del transcriptoma utilizando el análisis en tiempo real de molécula única PacBio combinado con la secuenciación de ARN de Illumina para una mejor comprensión de la biosíntesis del ácido ricinoleico en Ricinus communis',Genómica de BMC, 20(1), págs. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
