Transcriptoma completo de Pacbio

La secuenciación del transcriptoma completo PacBio, Isoseq, permite la identificación precisa de isoformas de transcritos, lo que arroja luz sobre la poliadenilación y el empalme alternativos, y conduce a un análisis de la expresión génica más preciso. El pipeline BMKCloud PacBio Full-Length Transcriptome está diseñado para analizar bibliotecas de ADNc secuenciadas en modo de secuenciación de consenso circular (CCS) e identifica secuencias no quiméricas de longitud completa (FLNC), que luego se agrupan en transcritos no redundantes. Un análisis BUSCO posterior evalúa la completitud del ensamblaje del transcriptoma. A partir del transcriptoma ensamblado, se realizan múltiples análisis: empalme alternativo, repeticiones de secuencias simples (SSR), predicción de lncRNA y genes diana correspondientes, predicción de genes nuevos, análisis de familias de genes, análisis de factores de transcripción y anotación funcional de transcritos.