Transcriptoma completo de Pacbio

La secuenciación completa del transcriptoma de PacBio (Isoseq) permite la identificación precisa de las isoformas de los transcritos, lo que arroja luz sobre la poliadenilación y el splicing alternativos, y conduce a un análisis de la expresión génica más preciso. El pipeline de transcripción completa de PacBio de BMKCloud está diseñado para analizar bibliotecas de ADNc secuenciadas en modo de secuenciación circular de consenso (CCS) e identifica secuencias no quiméricas de longitud completa (FLNC), que posteriormente se agrupan en transcritos no redundantes. Un análisis BUSCO posterior evalúa la integridad del ensamblaje del transcriptoma. A partir del transcriptoma ensamblado, se realizan múltiples análisis: splicing alternativo, repetición simple de secuencia (SSR), predicción de lncRNA y sus genes diana correspondientes, predicción de genes nuevos, análisis de familias génicas, análisis de factores de transcripción y anotación funcional de transcritos.