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Secuenciación de ARN de un solo núcleo
El avance en la captura de células individuales y la técnica de construcción de bibliotecas individuales combinadas con la secuenciación de alto rendimiento permite estudios de expresión génica célula por célula.Permite un análisis de sistemas más profundo y completo en poblaciones de células complejas, en el que evita en gran medida el enmascaramiento de su heterogeneidad al tomar el promedio de todas las células.
Sin embargo, algunas células no son adecuadas para convertirse en suspensiones unicelulares, por lo que se necesitan otros métodos de preparación de muestras (extracción del núcleo de los tejidos, es decir, el núcleo se extrae directamente de los tejidos o células y se prepara en una suspensión de un solo núcleo para una sola suspensión). secuenciación celular.
BMK proporciona un servicio de secuenciación de ARN unicelular basado en 10× Genomics ChromiumTM.Este servicio ha sido ampliamente utilizado en estudios relacionados con enfermedades, como diferenciación de células inmunes, heterogeneidad tumoral, desarrollo de tejidos, etc.
Chip transcriptoma espacial: 10× Genómica
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq
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Secuenciación del genoma completo de plantas/animales
La resecuenciación del genoma completo, también conocida como WGS, permite revelar mutaciones comunes y raras en todo el genoma, incluido el polimorfismo de nucleótido único (SNP), la eliminación de inserción (InDel), la variación de estructura (SV) y la variación del número de copias (CNV). ).Los SV constituyen una porción mayor de la base de variación que los SNP y tienen un mayor impacto en el genoma, lo que tiene un efecto significativo en los organismos vivos.La resecuenciación de lectura larga permite una identificación más precisa de fragmentos grandes y variaciones complicadas porque las lecturas largas facilitan el cruce cromosómico de regiones complicadas como repeticiones en tándem, regiones ricas en GC/AT y regiones hipervariables.
Plataforma: Illumina, PacBio, Nanopore
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Transcriptoma espacial BMKMANU S1000
La transcriptómica espacial está a la vanguardia de la innovación científica y permite a los investigadores profundizar en intrincados patrones de expresión genética dentro de los tejidos preservando al mismo tiempo su contexto espacial.En medio de varias plataformas, BMKGene ha desarrollado el chip de transcriptoma espacial BMKManu S1000, que cuenta con unaresolución mejoradade 5 µM, alcanzando el rango subcelular, y permitiendoconfiguración de resolución multinivel.El chip S1000, que presenta aproximadamente 2 millones de puntos, emplea micropocillos en capas con perlas cargadas con sondas de captura con códigos de barras espaciales.Se prepara una biblioteca de ADNc, enriquecida con códigos de barras espaciales, a partir del chip S1000 y posteriormente se secuencia en la plataforma Illumina NovaSeq.La combinación de muestras con códigos de barras espaciales y UMI garantiza la precisión y especificidad de los datos generados.El atributo único del chip BMKManu S1000 radica en su versatilidad, ya que ofrece configuraciones de resolución de múltiples niveles que se pueden ajustar con precisión a diferentes tejidos y niveles de detalle.Esta adaptabilidad posiciona al chip como una excelente opción para diversos estudios de transcriptómica espacial, asegurando una agrupación espacial precisa con un ruido mínimo.
Utilizando el chip BMKManu S1000 y otras tecnologías de transcriptómica espacial, los investigadores pueden obtener una mejor comprensión de la organización espacial de las células y las complejas interacciones moleculares que ocurren dentro de los tejidos, proporcionando información invaluable sobre los mecanismos subyacentes a los procesos biológicos en una amplia gama de campos, incluyendo oncología, neurociencia, biología del desarrollo, inmunología y estudios botánicos.
Plataforma: chip BMKManu S1000 e Illumina NovaSeq
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Transcriptoma espacial 10x Genomics Visium
La transcriptómica espacial es una tecnología de vanguardia que permite a los investigadores investigar patrones de expresión genética dentro de los tejidos preservando al mismo tiempo su contexto espacial.Una plataforma poderosa en este dominio es 10x Genomics Visium junto con la secuenciación de Illumina.El principio de 10X Visium reside en un chip especializado con un área de captura designada donde se colocan secciones de tejido.Esta área de captura contiene puntos con códigos de barras, cada uno de los cuales corresponde a una ubicación espacial única dentro del tejido.Luego, las moléculas de ARN capturadas del tejido se etiquetan con identificadores moleculares únicos (UMI) durante el proceso de transcripción inversa.Estos puntos con códigos de barras y UMI permiten un mapeo espacial preciso y la cuantificación de la expresión genética con una resolución unicelular.La combinación de muestras con códigos de barras espaciales y UMI garantiza la precisión y especificidad de los datos generados.Al utilizar esta tecnología de transcriptómica espacial, los investigadores pueden obtener una comprensión más profunda de la organización espacial de las células y las complejas interacciones moleculares que ocurren dentro de los tejidos, ofreciendo información invaluable sobre los mecanismos subyacentes a los procesos biológicos en múltiples campos, incluida la oncología, la neurociencia, la biología del desarrollo y la inmunología. y estudios botánicos.
Plataforma: 10X Genomics Visium e Illumina NovaSeq
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Secuenciación de ARNm de longitud completa: nanoporos
Si bien la secuenciación de ARNm basada en NGS sirve como una herramienta versátil para la cuantificación de la expresión génica, su dependencia de lecturas cortas restringe su eficacia en análisis transcriptómicos complejos.La secuenciación de nanoporos, por otro lado, emplea tecnología de lectura larga, lo que permite la secuenciación de transcripciones de ARNm de longitud completa.Este enfoque facilita una exploración integral del empalme alternativo, las fusiones de genes, la poliadenilación y la cuantificación de isoformas de ARNm.
La secuenciación de nanoporos se basa en señales eléctricas en tiempo real de una sola molécula de nanoporos.Guiado por proteínas motoras, el ADN bicatenario se une a proteínas de nanoporos incrustadas en una biopelícula y se desenrolla a medida que pasa a través del canal de nanoporos bajo una diferencia de voltaje.Las señales eléctricas distintivas generadas por diferentes bases en la cadena de ADN se detectan y clasifican en tiempo real, lo que facilita una secuenciación de nucleótidos precisa y continua.Este enfoque innovador supera las limitaciones de lectura breve y proporciona una plataforma dinámica para análisis genómicos complejos e incluye estudios transcriptómicos complejos.
Plataforma: Nanopore Promethion P48
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Secuenciación de ARNm de longitud completa -PacBio
Si bien la secuenciación de ARNm basada en NGS es una herramienta versátil para cuantificar la expresión génica, su dependencia de lecturas cortas restringe su uso en análisis transcriptómicos complejos.La secuenciación PacBio (Iso-Seq), por otro lado, emplea tecnología de lectura larga, lo que permite la secuenciación de transcripciones de ARNm de longitud completa.Este enfoque facilita una exploración integral de empalmes alternativos, fusiones de genes y poliadenilación, aunque no es la opción principal para la cuantificación de la expresión génica, debido a la gran cantidad de datos necesarios.
La tecnología de secuenciación PacBio se basa en la secuenciación de una sola molécula en tiempo real (SMRT), lo que proporciona una clara ventaja en la captura de transcripciones de ARNm de longitud completa.Este enfoque innovador implica el uso de guías de ondas de modo cero (ZMW), pozos microfabricados que permiten la observación en tiempo real de la actividad de la ADN polimerasa durante la secuenciación.Dentro de estos ZMW, la ADN polimerasa de PacBio sintetiza una hebra complementaria de ADN, generando lecturas largas que abarcan la totalidad de las transcripciones de ARNm.El funcionamiento de PacBio en modo de secuenciación por consenso circular (CCS) mejora la precisión al secuenciar repetidamente la misma molécula.Las lecturas de alta fidelidad generadas tienen una precisión comparable a la de NGS, lo que contribuye aún más a un análisis completo y confiable de características transcriptómicas complejas.Plataforma: PacBio Secuela II
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Secuenciación de ARNm de eucariotas-Illumina
La secuenciación de ARNm permite la elaboración de perfiles completos de todas las transcripciones de ARNm dentro de las células en condiciones específicas.Esta tecnología de vanguardia sirve como una herramienta potente, que revela intrincados perfiles de expresión genética, estructuras genéticas y mecanismos moleculares asociados con diversos procesos biológicos.Ampliamente adoptada en la investigación fundamental, el diagnóstico clínico y el desarrollo de fármacos, la secuenciación de ARNm ofrece información sobre las complejidades de la dinámica celular y la regulación genética.
Plataforma: Illumina NovaSeq X
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Secuenciación de ARNm sin referencia: Illumina
La secuenciación de ARNm permite la elaboración de perfiles completos de todas las transcripciones de ARNm dentro de las células en condiciones específicas.Esta tecnología de vanguardia sirve como una herramienta potente, que revela intrincados perfiles de expresión genética, estructuras genéticas y mecanismos moleculares asociados con diversos procesos biológicos.Ampliamente adoptada en la investigación fundamental, el diagnóstico clínico y el desarrollo de fármacos, la secuenciación de ARNm ofrece información sobre las complejidades de la dinámica celular y la regulación genética.
Plataforma: Illumina NovaSeq X
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Secuenciación larga sin codificación-Illumina
Los ARN largos no codificantes (lncRNA) son ARN de más de 200 nucleótidos que poseen un potencial de codificación mínimo y son elementos fundamentales dentro del ARN no codificante.Estos ARN, que se encuentran en el núcleo y el citoplasma, desempeñan funciones cruciales en la regulación epigenética, transcripcional y postranscripcional, lo que subraya su importancia en la configuración de procesos celulares y moleculares.La secuenciación de LncRNA es una herramienta poderosa en la diferenciación celular, la ontogénesis y las enfermedades humanas.
Plataforma: Illumina NovaSeq
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Secuenciación de ARN pequeño-Illumina
Las moléculas pequeñas de ARN (ARNs), normalmente de menos de 200 nucleótidos de longitud, incluyen microARN (miARN), pequeños ARN de interferencia (siARN) y ARN que interactúan con piwi (piARN).Entre ellos, los miARN, de entre 20 y 24 nucleótidos de largo, son particularmente notables por sus funciones reguladoras fundamentales en diversos procesos celulares.Con patrones de expresión específicos de tejido y de etapa, los miARN exhiben una alta conservación en diferentes especies.
Plataforma: Illumina NovaSeq
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Secuenciación de circRNA-Illumina
La secuenciación de ARN circular (circRNA-seq) consiste en perfilar y analizar ARN circulares, una clase de moléculas de ARN que forman bucles cerrados debido a eventos de empalme no canónicos, lo que proporciona a estos ARN una mayor estabilidad.Si bien se ha demostrado que algunos ARNcirc actúan como esponjas de microARN, secuestrando microARN e impidiéndoles regular sus ARNm objetivo, otros ARNcirc pueden interactuar con proteínas, modular la expresión genética o desempeñar funciones en procesos celulares.El análisis de la expresión de circRNA proporciona información sobre las funciones reguladoras de estas moléculas y su importancia en diversos procesos celulares, etapas de desarrollo y enfermedades, lo que contribuye a una comprensión más profunda de la complejidad de la regulación del ARN en el contexto de la expresión génica.
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Secuenciación del transcriptoma completo – Illumina
La secuenciación del transcriptoma completo ofrece un enfoque integral para perfilar diversas moléculas de ARN, que abarca tanto ARN codificantes (ARNm) como no codificantes (ARNc, ARNcirc y miARN).Esta técnica captura el transcriptoma completo de células específicas en un momento dado, lo que permite una comprensión holística de los procesos celulares.También conocida como “secuenciación de ARN total”, su objetivo es revelar intrincadas redes reguladoras a nivel del transcriptoma, permitiendo análisis en profundidad como el ARN endógeno competitivo (ARNce) y el análisis conjunto de ARN.Esto marca el paso inicial hacia la caracterización funcional, particularmente para desentrañar las redes reguladoras que involucran interacciones de ARNce basadas en ARNm, miARN-circular.
