Secuenciación de ARN procariota
Características
● El procesamiento de las muestras de ARN implicó la eliminación del ARNr seguida de la preparación direccional de la biblioteca de ARN.
● Análisis bioinformático basado en la alineación con un genoma de referencia.
● El análisis incluye la expresión génica y los genes diferencialmente expresados (DEGs), pero también la estructura del transcrito y el análisis de ARN pequeño (sRNA).
Ventajas del servicio
●Control de calidad rigurosoImplementamos puntos de control esenciales en todas las etapas, desde la preparación de muestras y bibliotecas hasta la secuenciación y el análisis bioinformático. Este monitoreo meticuloso garantiza la obtención de resultados de alta calidad de forma constante.
●Datos de secuenciación específicos de la hebra: debido a que la preparación de la biblioteca de ARN es direccional, lo que permite la identificación de transcripciones antisentido.
●Análisis completo adaptado a los transcriptomas procariotas.El proceso bioinformático incluye no solo el análisis de la expresión génica, sino también el análisis de la estructura del transcrito, incluyendo la identificación de operones, UTR y promotores. Asimismo, abarca el análisis de ARN pequeños (sRNA), concretamente la anotación y predicción de su estructura secundaria y sus dianas.
●Soporte postventaNuestro compromiso va más allá de la finalización del proyecto, con un período de servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para aclarar cualquier duda relacionada con los resultados.
Requisitos y entrega de muestras
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| Biblioteca direccional con ARN ribosómico agotado | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Requisitos de muestra:
| Concentración (ng/μl) | Cantidad (μg) | Pureza | Integridad |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1,8-2,0 OD260/230=1,0-2,5 En el gel se observa una contaminación limitada o nula de proteínas o ADN. | RIN≥6,5 |
Entrega de muestras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (no se recomienda usar papel de aluminio).
Etiquetado de muestras: Grupo+réplica, por ejemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Hielo seco: Las muestras deben empaquetarse en bolsas y enterrarse en hielo seco.
2. Tubos RNAstable: Las muestras de ARN se pueden secar en tubos de estabilización de ARN (por ejemplo, RNAstable®) y enviarse a temperatura ambiente.
Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestras
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Flujo de trabajo de análisis bioinformático
Incluye el siguiente análisis:
● Control de calidad de datos brutos
● Alineación con el genoma de referencia
● Evaluación de la calidad de la biblioteca: aleatoriedad de la fragmentación del ARN, tamaño del inserto y saturación de la secuenciación.
● Anotación funcional de genes codificantes predichos
● Análisis de expresiones: correlación y análisis de componentes principales (ACP)
● Expresión génica diferencial (DEGs)
● Anotación funcional y enriquecimiento de genes diferencialmente expresados
● Análisis de ARN pequeño: predicción, anotación, predicción de dianas y estructura secundaria.
● Análisis de la estructura del transcrito: operones, posiciones de inicio y finalización, región no traducida (UTS), promotor y análisis de SNP/InDel.
Saturación de secuenciación
Anotación funcional de genes codificantes
Correlación entre muestras
Análisis de genes diferencialmente expresados (GDE).
Análisis de enriquecimiento funcional
Anotación de ARN pequeño
Descubra los avances que han supuesto los servicios de secuenciación de ARNm de longitud completa Nanopore de BMKGene en esta publicación destacada.
Guan, CP et al. (2018) 'Cambios globales en el transcriptoma de Staphylococcus epidermidis formador de biopelículas en respuesta a los alcaloides totales de Sophorea alopecuroides',Revista Polaca de Microbiología, 67(2), pág. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
