Secuenciación de ARN procariota
Características
● El procesamiento de muestras de ARN implicó el agotamiento del ARNr seguido de la preparación de una biblioteca de ARN direccional.
● Análisis bioinformático basado en la alineación con un genoma de referencia
● El análisis incluye la expresión genética y los DEG, pero también la estructura de la transcripción y el análisis de ARNm.
Ventajas del servicio
●Control de calidad rigurosoImplementamos controles fundamentales en todas las etapas, desde la preparación de muestras y bibliotecas hasta la secuenciación y la bioinformática. Este meticuloso seguimiento garantiza la entrega de resultados consistentemente de alta calidad.
●Datos de secuenciación específicos de la cadena:debido a que la preparación de la biblioteca de ARN es direccional, lo que permite la identificación de transcripciones antisentido.
●Análisis completo adaptado a los transcriptomas procariotasEl proceso bioinformático incluye no solo el análisis de la expresión génica, sino también el análisis de la estructura de la transcripción, incluyendo la identificación de operones, UTR y promotores. También incluye el análisis de ARN pequeños, concretamente la anotación y predicción de la estructura secundaria y las dianas.
●Soporte posventaNuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para resolver cualquier duda relacionada con los resultados.
Requisitos de muestra y entrega
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| Biblioteca direccional agotada de ARNr | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Requisitos de muestra:
| Concentración (ng/μl) | Cantidad (μg) | Pureza | Integridad |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1,8-2,0 DO260/230=1,0-2,5 Se muestra contaminación limitada o nula de proteínas o ADN en el gel. | RIN≥6,5 |
Entrega de muestra recomendada
Envase: Tubo de centrífuga de 2 ml (no se recomienda usar papel de aluminio)
Etiquetado de muestra: Grupo+réplica p.ej. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Hielo seco: Las muestras deben empacarse en bolsas y enterrarse en hielo seco.
2. Tubos de estabilización de ARN: las muestras de ARN pueden secarse en un tubo de estabilización de ARN (por ejemplo, RNAstable®) y enviarse a temperatura ambiente.
Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestra
Construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Flujo de trabajo de análisis bioinformático
Incluye el siguiente análisis:
● Control de calidad de datos sin procesar
● Alineación con el genoma de referencia
● Evaluación de la calidad de la biblioteca: aleatoriedad de la fragmentación del ARN, tamaño de inserción y saturación de la secuenciación
● Anotación funcional de genes codificantes predichos
● Análisis de expresiones: correlación y análisis de componentes principales (PCA)
● Expresión genética diferencial (GED)
● Anotación funcional y enriquecimiento de DEG
● Análisis de ARNm: predicción, anotación, predicción de diana y estructura secundaria
● Análisis de la estructura de la transcripción: operones, posiciones iniciales y finales, región no traducida (UTS), promotor y análisis de SNP/InDel
Saturación de secuenciación
Anotación funcional de genes codificantes
Correlación entre muestras
Análisis de genes expresados diferencialmente (GED)
Análisis de enriquecimiento funcional
anotación de ARNs
Explore los avances facilitados por los servicios de secuenciación de ARNm de longitud completa Nanopore de BMKGene en esta publicación destacada.
Guan, CP et al. (2018) 'Cambios globales en el transcriptoma de Staphylococcus epidermidis formador de biopelículas en respuesta a alcaloides totales de Sophorea alopecuroides',Revista polaca de microbiología, 67(2), pág. 223.doi: 10.21307/PJM-2018-024.
