Secuenciación de bisulfito de representación reducida (RRBS)
La secuenciación de bisulfito de representación reducida (RRBS) se basa en el enriquecimiento de regiones ricas en islas CpG mediante la digestión con MspI, seguida de la selección de fragmentos de 200-500/600 pares de bases. En consecuencia, solo se secuencian las regiones próximas a las islas CpG, mientras que aquellas con islas CpG distantes se excluyen del análisis. Este proceso, combinado con la secuenciación de bisulfito, permite la detección de alta resolución de la metilación del ADN, y el método de secuenciación PE150 se centra específicamente en los extremos de los insertos en lugar de en la parte central, lo que aumenta la eficiencia del perfilado de metilación.
Esta técnica se ha consolidado como una alternativa rentable y eficiente a la secuenciación de bisulfito del genoma completo (WGBS) en la investigación de la metilación del ADN. Si bien la WGBS proporciona información exhaustiva al examinar todo el genoma con resolución de una sola base, su elevado coste puede ser un factor limitante. La técnica RRBS mitiga estratégicamente este problema mediante el análisis selectivo de una porción representativa del genoma. Esta metodología constituye una herramienta invaluable que permite realizar investigaciones rentables sobre la metilación del ADN y contribuye al avance del conocimiento de los mecanismos epigenéticos.
Características del servicio
● Secuenciación en Illumina NovaSeq.
● Requiere un genoma de referencia.
● El ADN lambda se utiliza para monitorizar la eficiencia de la conversión de bisulfito.
● También se controla la eficiencia de la digestión con MspI.
● Digestión con doble enzima para muestras vegetales.
Ventajas del servicio
●Alternativa rentable y eficiente a la WGBSPermite realizar el análisis a un menor coste y con menores requisitos de muestra.
●Plataforma completa:Ofrecemos un servicio integral excelente, desde el procesamiento de muestras, la construcción de bibliotecas y la secuenciación hasta el análisis bioinformático.
●Amplia experienciaTenemos éxito con una amplia variedad de especies. BMKGENE aporta más de una década de experiencia, un equipo de análisis altamente cualificado, contenido integral y un excelente servicio de atención al cliente posventa.
Especificaciones de servicio
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Salida de datos recomendada | Control de calidad |
| Biblioteca digerida con MspI y tratada con bisulfito | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Conversión de bisulfito > 99% Eficiencia de corte MspI > 95% |
Requisitos de muestra
| Concentración (ng/µL) | Cantidad total (µg) |
| |
| ADN genómico | ≥ 30 | ≥ 1 | Degradación o contaminación limitada |
Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestras
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
El análisis de BI incluye:
● Control de calidad de secuenciación en bruto;
● Mapeo al genoma de referencia;
● Detección de bases metiladas 5mC e identificación de motivos;
● Análisis de la distribución de la metilación y comparación de muestras;
● Análisis de regiones diferencialmente metiladas (DMR);
● Anotación funcional de genes asociados a DMR.
Control de calidad: eficiencia de digestión (en el mapeo del genoma)
Control de calidad: conversión con bisulfito (en la extracción de información de metilación)
Mapa de metilación: distribución de la metilación de 5mC en todo el genoma.
Comparación de muestras: Análisis de componentes principales
Análisis de regiones diferencialmente metiladas (DMR): mapa de calor
Descubra los avances en investigación facilitados por los servicios de secuenciación de bisulfito del genoma completo de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Li, Z. et al. (2022) 'Reprogramación de alta fidelidad en células similares a las de Leydig mediante la activación de CRISPR y factores paracrinos',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Análisis de metilación del ADN a nivel genómico de la composición corporal en gemelos monocigóticos chinos',Revista Europea de Investigación Clínica, 53(11), pág. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'Metilación del ADN y relación cintura-cadera: un estudio de asociación a nivel de epigenoma en gemelos monocigóticos chinos',Revista de Investigación Endocrinológica, 45(12), págs. 2365-2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
