Secuenciación de bisulfito de representación reducida (RRBS)
La secuenciación por bisulfito de representación reducida (RRBS) se basa en el enriquecimiento de las regiones ricas en islas CpG mediante la escisión con MspI, seguida de la selección por tamaño de fragmentos de 200-500/600 bps. En consecuencia, solo se secuencian las regiones próximas a las islas CpG, mientras que aquellas con islas CpG distantes se excluyen del análisis. Este proceso, combinado con la secuenciación por bisulfito, permite la detección de alta resolución de la metilación del ADN. El método de secuenciación, PE150, se centra específicamente en los extremos de los insertos en lugar de en el centro, lo que aumenta la eficiencia del perfil de metilación.
Esta técnica se ha convertido en una alternativa rentable y eficiente a la secuenciación de bisulfito del genoma completo (WGBS) en la investigación de la metilación del ADN. Si bien la WGBS proporciona información exhaustiva al examinar el genoma completo con una resolución de una sola base, su elevado coste puede ser un factor limitante. La RRBS mitiga estratégicamente este desafío mediante el análisis selectivo de una porción representativa del genoma. Esta metodología es una herramienta invaluable que permite una investigación rentable de la metilación del ADN y avanza en el conocimiento de los mecanismos epigenéticos.
Características del servicio
● Secuenciación en Illumina NovaSeq.
● Requiere un genoma de referencia.
● El ADN Lambda se utiliza para monitorear la eficiencia de conversión de bisulfito.
● También se monitorea la eficiencia de la digestión con MspI.
● Digestión enzimática doble para muestras de plantas.
Ventajas del servicio
●Alternativa rentable y eficiente al WGBS:Permite realizar el análisis a un menor coste y con menores requerimientos de muestra.
●Plataforma completa:Brindamos un excelente servicio integral desde el procesamiento de muestras, la construcción de bibliotecas y la secuenciación hasta el análisis bioinformático.
●Amplia experienciaHemos tenido éxito en una amplia gama de especies. BMKGENE cuenta con más de una década de experiencia, un equipo de análisis altamente capacitado, contenido completo y un excelente servicio posventa.
Especificaciones del servicio
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Salida de datos recomendada | Control de calidad |
| Biblioteca digerida con MspI y tratada con bisulfito | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Conversión de bisulfito > 99% Eficiencia de corte MspI > 95% |
Requisitos de muestra
| Concentración (ng/µL) | Cantidad total (µg) |
| |
| ADN genómico | ≥ 30 | ≥ 1 | Degradación o contaminación limitada |
Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestra
Construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
El análisis de BI incluye:
● Control de calidad de la secuenciación bruta;
● Mapeo al genoma de referencia;
● Detección de bases metiladas de 5mC e identificación de motivos;
● Análisis de la distribución de metilación y comparación de muestras;
● Análisis de regiones diferencialmente metiladas (DMR);
● Anotación funcional de genes asociados a DMR.
Control de calidad: eficiencia de la digestión (en el mapeo del genoma)
Control de calidad: conversión de bisulfito (en la extracción de información de metilación)
Mapa de metilación: distribución de la metilación de 5mC en todo el genoma
Comparación de muestras: análisis de componentes principales
Análisis de regiones metiladas diferencialmente (DMR): mapa de calor
Explore los avances de investigación facilitados por los servicios de secuenciación de bisulfito del genoma completo de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Li, Z. et al. (2022) 'Reprogramación de alta fidelidad en células tipo Leydig mediante activación de CRISPR y factores paracrinos',Nexus de PNAS, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Análisis de la metilación del ADN en todo el genoma de la composición corporal en gemelos monocigóticos chinos',Revista Europea de Investigación Clínica, 53(11), pág. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'Metilación del ADN y relación cintura-cadera: un estudio de asociación de todo el epigenoma en gemelos monocigóticos chinos',Revista de investigación endocrinológica, 45(12), págs. 2365-2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
